原核微生物热胁迫响应基因特征的研究
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-19页 |
| ·原核微生物生长的温度范围 | 第9页 |
| ·热适应与基因表达调控的研究价值 | 第9-10页 |
| ·热胁迫条件下基因表达调控机制的研究进展 | 第10-12页 |
| ·检测基因表达量的方法和基因表达数据库 | 第12-13页 |
| ·mRNA二级结构与蛋白质二级结构 | 第13-15页 |
| ·蛋白质折叠速率与聚集倾向性 | 第15-16页 |
| ·基因表达水平的预测指标 | 第16页 |
| ·机器学习 | 第16页 |
| ·主成分分析 | 第16-17页 |
| ·研究目的及内容 | 第17-19页 |
| 2 材料与方法 | 第19-28页 |
| ·数据来源 | 第19页 |
| ·方法 | 第19-26页 |
| ·不同碱基和不同性质的氨基酸的统计和比较 | 第19-22页 |
| ·差异表达基因(转录)在其操纵子中的分布 | 第22页 |
| ·mRNA二级结构的预测 | 第22页 |
| ·蛋白质序列二级结构的预测 | 第22页 |
| ·密码子的使用频率和CAI计算 | 第22-23页 |
| ·蛋白质序列的折叠速率与聚集系数的预测 | 第23页 |
| ·查找同源蛋白质 | 第23页 |
| ·利用Weka分类预测与R的主成分分析 | 第23-24页 |
| ·比较和统计 | 第24页 |
| ·原核基因热适应表达水平数据库构建 | 第24-26页 |
| ·技术路线 | 第25页 |
| ·硬件和软件配置 | 第25页 |
| ·后台交互程序 | 第25-26页 |
| ·生物分词库的构建 | 第26页 |
| ·BLAST本地化服务搭建 | 第26页 |
| ·基因表达数据库设计 | 第26页 |
| ·使用的软件和数据库简介 | 第26-28页 |
| 3 结果与讨论 | 第28-57页 |
| ·差异表达基因在其操纵子中的位置特征 | 第28页 |
| ·mRNA序列特征 | 第28-31页 |
| ·mRNA二级结构的特征 | 第31-35页 |
| ·密码子偏好和基因表达水平预测 | 第35-38页 |
| ·蛋白质序列特征 | 第38-43页 |
| ·蛋白质二级结构特征 | 第43-45页 |
| ·蛋白质折叠速率和聚集倾向性预测与比较 | 第45-46页 |
| ·差异表达基因上游区域序列的差异 | 第46-48页 |
| ·差异表达基因的分类预测与主成分分析 | 第48-52页 |
| ·数据库介绍 | 第52-57页 |
| 4 小结 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 附录 | 第64-77页 |
| 硕士期间发表论文情况 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78页 |
