| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-14页 |
| 缩写及全称 | 第14-15页 |
| 第一章 人体小肠微生态研究 | 第15-67页 |
| 引言 | 第15-18页 |
| 第一节 材料与方法 | 第18-33页 |
| ·实验样本的选择 | 第18-19页 |
| ·纳入标准 | 第18页 |
| ·排除标准 | 第18-19页 |
| ·样本的采集及预处理 | 第19-21页 |
| ·样本的采集 | 第19-20页 |
| ·小肠标本病理组织学检查 | 第20-21页 |
| ·小肠内容物样本细菌基因组DNA的提取方法 | 第21-22页 |
| ·小肠内容物细菌基因组DNA产量测定 | 第22页 |
| ·应用特异引物进行基因组DNA扩增、回溶纯化 | 第22-26页 |
| ·细菌宏基因组16S-rRNA特异引物扩增 | 第22-25页 |
| ·基因组DNA PCR产物回溶纯化 | 第25-26页 |
| ·Agilent 2100 BioanaLyzer检测文库产量 | 第26-27页 |
| ·参数设定 | 第26页 |
| ·准备胶-荧光染料混合 | 第26页 |
| ·准备检测芯片 | 第26-27页 |
| ·跑胶检测 | 第27页 |
| ·小肠内容物细菌基因组16S-rRNA基因V5-V6区bar coded454测序 | 第27-28页 |
| ·Bar coded454序列的处理及系统发育分析 | 第28-33页 |
| ·序列整理及归并 | 第29-30页 |
| ·序列的系统发育分析 | 第30-31页 |
| ·454序列的多样性评价 | 第31页 |
| ·小肠不同部位肠道菌群结构的多变量统计学比较分析 | 第31-33页 |
| 第二节 实验结果 | 第33-60页 |
| ·样本的采集及预处理 | 第33-35页 |
| ·样本的采集 | 第33页 |
| ·小肠标本病理组织学检查 | 第33-35页 |
| ·小肠内容物细菌DNA不同提取方法的比较 | 第35页 |
| ·提取的细菌基因组DNA产量测定 | 第35-36页 |
| ·应用特异引物进行基因组DNA扩增、回溶纯化 | 第36-37页 |
| ·Agilent 2100 BioanaLyzer检测文库产量的测定 | 第37-38页 |
| ·Bar coded454测序数据质控分析及处理 | 第38-42页 |
| ·原始数据的测序读长分布 | 第38-39页 |
| ·原始数据的GC含量分布 | 第39-40页 |
| ·测序质量分布 | 第40-41页 |
| ·Bar coded 454测序方法的可靠性检验 | 第41-42页 |
| ·人体小肠微生态多样性分析 | 第42-43页 |
| ·小肠内容物样本的测序量分布 | 第42页 |
| ·小肠内容物样本的多样性分析 | 第42-43页 |
| ·人体小肠微生态的构成及分布丰度 | 第43-57页 |
| ·微生态门水平分析 | 第43-48页 |
| ·微生态纲水平分析 | 第48-50页 |
| ·微生态目水平分析 | 第50-53页 |
| ·微生态科水平分析 | 第53-56页 |
| ·微生态属水平分析 | 第56-57页 |
| ·人体不同节段小肠微生态多样性统计分析比较 | 第57-60页 |
| 第三节 讨论 | 第60-63页 |
| 第四节 结论 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-67页 |
| 第二章 肝移植受者肠道微生态的研究 | 第67-100页 |
| 引言 | 第67-69页 |
| 第一节 材料与方法 | 第69-75页 |
| ·实验样本的选择 | 第69-70页 |
| ·样本的采集及预处理 | 第70页 |
| ·粪便标本细菌基因组DNA的提取方法 | 第70-72页 |
| ·不同提取方案的基因组DNA产量测定 | 第72-73页 |
| ·应用特异引物进行基因组DNA扩增、回溶纯化 | 第73-74页 |
| ·基因组DNA 16S-rRNA特异引物扩增 | 第73-74页 |
| ·Agilent 2100 BioanaLyzer检测文库产量 | 第74页 |
| ·基因组DNA的16S-rRNA基因V5-V6区bar coded454测序 | 第74页 |
| ·Bar coded454序列的处理及系统发育分析 | 第74-75页 |
| 第二节 实验结果 | 第75-94页 |
| ·样本的采集及预处理 | 第75页 |
| ·粪便样本细菌基因组DNA的提取方法的比较 | 第75-76页 |
| ·细菌基因组DNA产量测定 | 第76-77页 |
| ·应用特异引物进行基因组DNA扩增、回溶纯化 | 第77-78页 |
| ·Agilent 2100 BioanaLyzer检测文库产量的测定 | 第78-79页 |
| ·Bar coded454测序数据质控分析及处理 | 第79页 |
| ·肝移植受者肠道微生态多样性分析 | 第79-80页 |
| ·粪便样本的测序量分布 | 第79页 |
| ·粪便样本的多样性分析 | 第79-80页 |
| ·肝移植受者肠道微生态的构成及分布丰度 | 第80-92页 |
| ·微生态门水平分析 | 第80-83页 |
| ·微生态纲水平分析 | 第83-85页 |
| ·微生态目水平分析 | 第85-87页 |
| ·微生态科水平分析 | 第87-90页 |
| ·微生态属水平分析 | 第90-92页 |
| ·健康对照组、肝移植术前、术后组肠道微生态多样性分析比较 | 第92-94页 |
| 第三节 讨论 | 第94-97页 |
| 第四节 结论 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-100页 |
| 第三章 文献综述 | 第100-146页 |
| 综述一 微生物非培养技术的进步及肠道微生态的研究进展 | 第100-111页 |
| 参考文献 | 第107-111页 |
| 综述二 肠道微生态多样性及在宿主免疫与代谢中的作用 | 第111-129页 |
| 参考文献 | 第123-129页 |
| 综述三 肝脏疾病与肠道微生态 | 第129-146页 |
| 参考文献 | 第138-146页 |
| 第四章 参考文献 | 第146-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
| 附录1 仪器设备 | 第152-153页 |
| 附录2 实验试剂 | 第153-154页 |
| 附录3 实验材料 | 第154-155页 |
| 个人简历 | 第155-156页 |
