| 第一章 绪论 | 第1-10页 |
| ·研究目的与意义 | 第7-9页 |
| ·论文的研究工作 | 第9-10页 |
| 第二章 生物信息学中的隐马尔可夫模型 | 第10-23页 |
| ·生物信息学概述 | 第10-13页 |
| ·生物信息学简介 | 第10-11页 |
| ·生物序列分析概述 | 第11-12页 |
| ·序列分析的难点和序列比对 | 第12-13页 |
| ·多序列比对 | 第13-17页 |
| ·引言 | 第13-14页 |
| ·多序列比对的定义 | 第14-16页 |
| ·多序列比对的算法 | 第16-17页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第17-23页 |
| ·隐马尔可夫模型简介 | 第17-18页 |
| ·隐马尔可夫模型的三个基本问题 | 第18-23页 |
| 第三章 基于隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第23-30页 |
| ·多重序列比对的隐马尔可夫模型 | 第23-24页 |
| ·基于HMM 的多序列比对算法 | 第24-28页 |
| ·初始模型 | 第25页 |
| ·训练算法 | 第25-27页 |
| ·Model surgery | 第27-28页 |
| ·多序列比对过程 | 第28页 |
| ·多序列比对算法的相关讨论 | 第28-30页 |
| 第四章 基于混合智能算法与隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第30-40页 |
| ·粒子群优化算法 | 第30-32页 |
| ·粒子群与模拟退火的混合智能算法 | 第32-34页 |
| ·基于混合智能算法的多序列比对 | 第34-37页 |
| ·模拟实验及结果 | 第37-40页 |
| ·Balibase2.0 基准库(benchmark) | 第37-38页 |
| ·数值模拟结果 | 第38-40页 |
| 第五章 基于人工免疫系统与隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第40-48页 |
| ·人工免疫系统 | 第40-41页 |
| ·基于人工免疫系统的HMM 学习算法 | 第41-45页 |
| ·克隆选择与克隆抑制 | 第41-42页 |
| ·变异操作 | 第42-43页 |
| ·疫苗接种 | 第43-44页 |
| ·基于免疫系统的HMM 学习算法的流程 | 第44-45页 |
| ·基于人工免疫系统与隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第45页 |
| ·模拟实验及结果 | 第45-48页 |
| 第六章 结论与展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 摘要 | 第54-57页 |
| ABSTRACT | 第57-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 导师及作者简介 | 第61页 |
