| 中文摘要 | 第1-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 第一章 水稻基因组和假基因 | 第12-15页 |
| ·水稻基因组的研究状况 | 第12-13页 |
| ·假基因介绍 | 第13-14页 |
| ·水稻基因组中的假基因研究 | 第14-15页 |
| 第二章 假基因的研究 | 第15-22页 |
| ·假基因的定义 | 第15页 |
| ·假基因的分类 | 第15-16页 |
| ·非加工假基因 | 第15页 |
| ·加工假基因 | 第15-16页 |
| ·假基因的群体分析 | 第16页 |
| ·假基因在染色体上的分布区域 | 第16-17页 |
| ·假基因的组成分析 | 第17页 |
| 表2.2 四个物种假基因，基因间序列与基因的序列差异 | 第17页 |
| ·假基因分布与GC含量的关系 | 第17-18页 |
| ·假基因与同源基因编码的蛋白家族 | 第18页 |
| ·假基因在进化研究中的应用 | 第18-22页 |
| ·假基因与Ka／Ks比 | 第19页 |
| ·利用多序列对比分析物种亲缘关系 | 第19页 |
| ·分析假基因自身的进化趋势 | 第19-20页 |
| ·DNA突变的类别和成因 | 第20-22页 |
| 第三章 假基因的研究手段和工具 | 第22-28页 |
| ·假基因的搜索 | 第22-25页 |
| ·获取基因组DNA数据 | 第22-23页 |
| ·六框(six-frame)BLAST | 第23-24页 |
| ·利用FASTA程序重新联配 | 第24-25页 |
| ·去除已知基因的冗余 | 第25页 |
| ·与已知假基在合并 | 第25页 |
| ·加工假基因的筛选 | 第25页 |
| ·假基因的分析工具 | 第25-28页 |
| ·Bioperl | 第25-26页 |
| ·CLUSTALW | 第26页 |
| ·GO分类 | 第26-27页 |
| ·其他生物信息学工具 | 第27-28页 |
| 第四章 获取水稻基因组的假基因数据 | 第28-32页 |
| ·序列数据的收集 | 第28页 |
| ·BLAST程序 | 第28-30页 |
| ·解析BLAST结果文件 | 第30页 |
| ·去除重复候选序列 | 第30页 |
| ·加工假基因、非加工假基因的筛选 | 第30-31页 |
| ·假基因序列的提取 | 第31页 |
| ·统计假基因在不同染色体上分布 | 第31页 |
| ·假基因在染色体上的位置分布 | 第31页 |
| ·假基因的GC含量统计 | 第31页 |
| ·假基因的序列长度统计 | 第31-32页 |
| 第五章 结果与分析 | 第32-49页 |
| ·水稻基因组中的假基因 | 第32-33页 |
| ·水稻假基因的染色体分布 | 第33-35页 |
| ·水稻基因组中假基因的长度分布 | 第35-37页 |
| ·水稻基因组中假基因的GC含量分布 | 第37-39页 |
| ·水稻基因组中假基因的染色体区域分布 | 第39-47页 |
| ·水稻基因组中假基因编码的同源蛋白家族 | 第47-49页 |
| 参考文献(REFERENCE) | 第49-51页 |
| 附表 | 第51-52页 |
| 附图 | 第52页 |