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四品种小型猪SLA-DQA基因外显子2的群体遗传结构和分子进化分析

中文摘要第1-10页
英文摘要第10-12页
1.文献综述第12-20页
   ·猪主要组织相容性复合物(SLA)Ⅱ类基因的研究进展第12-15页
     ·SLAⅡ类基因的结构及其分布第12-13页
     ·SLAⅡ类基因参与抗原递呈第13-14页
     ·SLAⅡ类基因的多态性分析第14-15页
   ·经典MHCⅡ类基因DQA的研究进展第15-18页
     ·MHC-DQA基因在其它物种中的研究进展第15页
     ·SLAⅡ-DQA基因多态性的研究进展第15-17页
     ·DQA基因的进化机制第17-18页
     ·DQA基因与疾病的关系第18页
   ·中国小型猪种质资源及其培育第18-19页
   ·本试验研究的目的意义第19-20页
2.材料与方法第20-28页
   ·试验材料第20-21页
   ·所用仪器和试剂第21-22页
     ·主要仪器第21-22页
     ·主要试剂和药品第22页
     ·主要试剂溶液的配制第22页
   ·试验方法第22-26页
     ·基因组DNA的提取与纯化第22-23页
     ·目的片段的扩增和酶切第23页
     ·PCR产物的回收纯化第23-24页
     ·克隆测序第24-26页
   ·数据处理第26-28页
3.试验结果与分析第28-48页
   ·SLA-DQA基因外显子2PCR-RFLP多态性分析第28-35页
     ·猪基因组DNA第28页
     ·PCR扩增结果第28页
     ·SLA-DQA基因EcoR I及Alu I酶切多态性分析第28-29页
     ·基因及基因型频率的分布第29-35页
       ·各品种内基因型频率与基因频率分布第29-30页
       ·各品种内不同基因型分布的Hardy-Weinberg平衡检验第30页
       ·品种小型猪SLA-DQA基因的遗传特性分析第30-35页
   ·SLA-DQA基因部分序列的测序结果第35-42页
     ·4品种小型猪SLA-DQA基因外显子2序列的碱基组成第35页
     ·4品种小型猪SLA-DQA基因外显子2序列的多态位点变异第35-37页
       ·序列多态位点信息表现第35-37页
       ·核苷酸变异类型第37页
     ·SLA-DQA基因的基因多样性分析第37-41页
       ·SLA-DQA基因外显子2的等位基因多样度分析第37-39页
       ·4品种小型猪群体间SLA-DQA基因外显子2的核苷酸分歧度(Dxy)和净核苷酸分歧度(Da)第39页
       ·群体历史动态分析第39-40页
       ·SLA-DQA基因在各品种类群内和类群间的差异比较第40-41页
     ·重组和连锁不平衡第41-42页
   ·氨基酸序列变异的分析第42-43页
     ·氨基酸的组成含量分析第42页
     ·氨基酸位点的变异分析第42-43页
     ·SLA-DQA基因外显子2密码子使用偏倚性(Bias)第43页
   ·4个小型猪品种SLA-DQA基因的分子系统发育分析第43-46页
     ·4个小型猪品种SLA-DQA等位基因关系树第43-44页
     ·SLA-DQA基因的分子系统发育分析与等位基因的命名第44-46页
   ·猪DQA基因与不同物种DQA基因序列间的比较第46-48页
4.分析与讨论第48-51页
   ·4品种小型猪群体SLA-DQA基因PCR-RFLP多态性第48-49页
   ·SLA-DQA基因外显子2序列分析第49-50页
   ·4品种小型猪SLA-DQA基因的分子系统发育分析第50页
     ·猪SLA-DQA基因等位基因间的基因树和命名第50页
     ·猪品种间SLA-DQA基因的系统发育树第50页
     ·不同物种DQA基因的系统发育树第50页
   ·关于试验中的待印证序列第50-51页
5.结论第51-52页
参考文献第52-55页
致谢第55-56页
附录第56-58页
简历第58页

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