猪分子生物学数据库的建立及其初步应用
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 生物信息学与数据库技术简介 | 第8-29页 |
| ·生物信息学简介及其产生 | 第8-17页 |
| ·生物信息学及其产生 | 第8-9页 |
| ·现代生物信息学的主要研究领域及其进展 | 第9-11页 |
| ·基因组学 | 第9-10页 |
| ·蛋白组学 | 第10-11页 |
| ·基因组和蛋白组研究中的生物信息学 | 第11页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第11-13页 |
| ·生物信息学研究的基本方法和前沿技术 | 第13-15页 |
| ·基本方法 | 第13-14页 |
| ·前沿技术 | 第14-15页 |
| ·有关生物信息学的几点误区 | 第15-17页 |
| ·数据库技术及生物数据库简介 | 第17-29页 |
| ·数据库技术简介 | 第17-25页 |
| ·数据库基本知识 | 第17-19页 |
| ·应用程序和DBMS之间的关系 | 第19页 |
| ·数据库处理系统与文件处理系统的区别 | 第19-20页 |
| ·关于数据库定义的说明 | 第20-21页 |
| ·数据库处理的简要历史 | 第21-22页 |
| ·关系模型 | 第22-23页 |
| ·客户机服务器数据库应用 | 第23-24页 |
| ·分布式数据库处理 | 第24页 |
| ·面向对象的数据库管理系统(ODBMS) | 第24页 |
| ·电子表格并非数据库 | 第24-25页 |
| ·重要的生物数据库简介 | 第25-29页 |
| 2 本研究的目的与意义 | 第29-32页 |
| 3 材料与方法 | 第32-42页 |
| ·猪EST数据库的建立 | 第32-33页 |
| ·数据来源 | 第32-33页 |
| ·过滤程序算法描述 | 第33页 |
| ·其它猪序列数据库的建立 | 第33页 |
| ·中国地方猪表型资源数据库的建立 | 第33-35页 |
| ·建立目标 | 第33页 |
| ·数据库E-R模型设计 | 第33-34页 |
| ·从E-R模型到数据库设计的转换 | 第34页 |
| ·数据库的录入 | 第34-35页 |
| ·基于Web的BLAST程序本地化实现 | 第35-37页 |
| ·Linux操作系统的安装和局域网的组建 | 第35页 |
| ·Web界面的BLAST软件的安装 | 第35页 |
| ·检索用数据库的准备 | 第35-36页 |
| ·BLAST软件的配置 | 第36-37页 |
| ·BLAST分析环境的建立与使用 | 第37页 |
| ·核酸序列电子自动延伸系统的建立 | 第37-39页 |
| ·电子延伸的生物信息学策略 | 第37-38页 |
| ·程序设计 | 第38-39页 |
| ·程序运行要求 | 第39页 |
| ·参照数据库的建立 | 第39-41页 |
| ·建立目标 | 第39页 |
| ·数据来源 | 第39页 |
| ·建立方法 | 第39-41页 |
| ·获得数据 | 第39页 |
| ·数据的解压缩 | 第39-40页 |
| ·数据库E-R模型 | 第40页 |
| ·模型到数据库设计的转换 | 第40页 |
| ·数据库的录入 | 第40-41页 |
| ·其它数据库的建立 | 第41页 |
| ·检索系统的建立 | 第41页 |
| ·实验室专业网站的建立 | 第41-42页 |
| ·建立网站目的 | 第41-42页 |
| ·建立方法 | 第42页 |
| ·操作系统选择 | 第42页 |
| ·硬件要求 | 第42页 |
| ·安装和提供服务 | 第42页 |
| 4 结果与分析 | 第42-44页 |
| ·数据库大小 | 第42-43页 |
| ·本地化BLAST检索系统 | 第43页 |
| ·核酸序列电子自动延伸系统 | 第43-44页 |
| ·中国地方猪品种资源数据库 | 第44页 |
| ·检索系统 | 第44页 |
| ·参照数据库 | 第44页 |
| ·实验室网站 | 第44页 |
| ·生物信息学研究平台 | 第44页 |
| 5 讨论 | 第44-58页 |
| ·计算机硬件对本研究的影响 | 第44-45页 |
| ·电子自动延伸系统的验证 | 第45-47页 |
| ·种子序列 | 第45-46页 |
| ·电子延伸 | 第46-47页 |
| ·对照比较 | 第47页 |
| ·数据库的安全 | 第47-48页 |
| ·BLAST检索的敏感性 | 第48页 |
| ·数据库的规范化及泛式 | 第48-50页 |
| ·生物信息学分析平台综合应用两例 | 第50-58页 |
| ·psmel基因的生物信息学分析 | 第50-54页 |
| ·cDNA可读框架分析 | 第50页 |
| ·全长cDNA序列的获得 | 第50页 |
| ·全长cDNA可读框架分析 | 第50-51页 |
| ·蛋白质基本性质分析 | 第51-54页 |
| ·利用对应分析评估6个中国地方猪品种的遗传结构 | 第54-58页 |
| ·数据获得 | 第54-55页 |
| ·对应分析 | 第55-58页 |
| 参考文献 | 第58-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
