| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-15页 |
| ·课题的学术背景 | 第10-12页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第10页 |
| ·计算机模拟 | 第10-12页 |
| ·课题的研究现状 | 第12-13页 |
| ·课题的研究目的和意义 | 第13-14页 |
| ·课题的来源和主要研究内容 | 第14-15页 |
| 第2章 理论基础和计算方法 | 第15-25页 |
| ·同源模建 | 第15-16页 |
| ·分子对接 | 第16-17页 |
| ·力场 | 第17-20页 |
| ·Born–Oppenheimer 近似 | 第18-19页 |
| ·力场的组成和定义 | 第19页 |
| ·能量表示 | 第19页 |
| ·力场参数化 | 第19-20页 |
| ·分子力学 | 第20-22页 |
| ·优化的概念 | 第20页 |
| ·优化算法 | 第20-21页 |
| ·优化中要注意的几点 | 第21-22页 |
| ·分子动力学 | 第22-24页 |
| ·积分算法 | 第23-24页 |
| ·本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 DDAH–2 的三维结构模建及与相关小分子的对接研究 | 第25-44页 |
| ·引言 | 第25-26页 |
| ·理论方法 | 第26-30页 |
| ·DDAH–2 氨基酸序列 | 第26-27页 |
| ·DDAH–2 三维结构的同源模建 | 第27-28页 |
| ·DDAH–2 三维结构优化和评估 | 第28-29页 |
| ·活性区的预测 | 第29页 |
| ·配体与受体的分子对接(Docking) | 第29-30页 |
| ·结果与讨论 | 第30-42页 |
| ·DDAH–2 三维结构模建 | 第30-34页 |
| ·活性位点的确定 | 第34页 |
| ·对接研究 | 第34-41页 |
| ·Ludi 值 | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-44页 |
| 第4章 DDAH–1 的三维结构优化及与相关小分子的对接研究 | 第44-58页 |
| ·引言 | 第44页 |
| ·理论方法 | 第44-46页 |
| ·DDAH–1 三维结构优化和评估 | 第45页 |
| ·活性区的预测 | 第45页 |
| ·配体与受体的分子对接(Docking) | 第45-46页 |
| ·结果与讨论 | 第46-56页 |
| ·构象分析 | 第46-48页 |
| ·对接研究 | 第48-55页 |
| ·Ludi 值 | 第55-56页 |
| ·小结 | 第56-58页 |
| 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67页 |