| 中文摘要 | 第1-4页 |
| 英文摘要 | 第4-7页 |
| 第一章 引言 | 第7-9页 |
| 第二章 基础理论和计算方法 | 第9-27页 |
| ·Ab initio理论 | 第9-17页 |
| ·分子轨道理论 | 第9-11页 |
| ·电子相关问题 | 第11-17页 |
| ·物理图象 | 第11-12页 |
| ·电子相关能 | 第12页 |
| ·组态相互作用(Configuration interaction,CI) | 第12-14页 |
| ·耦合簇方法(Coupled-cluster,CC) | 第14-15页 |
| ·微扰理论方法 | 第15-17页 |
| ·分子力学 | 第17-27页 |
| ·分子力学简介 | 第17-18页 |
| ·ABEEM/MM理论 | 第18-27页 |
| ·原子-键电负性均衡方法(ABEEM) | 第18-23页 |
| ·ABEEM模型应用于水分子体系(ABEEM-7P水模型) | 第23-25页 |
| ·原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM) | 第25-27页 |
| 第三章 水分子三聚体间相互作用的研究 | 第27-50页 |
| ·水分子三聚体间相互作用的从头计算研究 | 第27-38页 |
| ·引言 | 第27页 |
| ·计算方法 | 第27页 |
| ·结果与讨论 | 第27-38页 |
| ·水分子三聚体的平衡构型及其性质 | 第27-35页 |
| ·水分子三聚体的稳定结构及其性质 | 第35-38页 |
| ·水分子三聚体八种低能结构的ABEEM/MM方法研究 | 第38-50页 |
| ·引言 | 第38页 |
| ·计算方法与几何构型 | 第38-50页 |
| ·计算方法 | 第38-39页 |
| ·水分子三聚体的平衡结构及其性质 | 第39-42页 |
| ·ABEEM/MM力场的平衡几何结构 | 第39-40页 |
| ·ABEEM电荷分布 | 第40-41页 |
| ·相互作用能 | 第41-42页 |
| ·水分子三聚体的八种低能结构及其性质 | 第42-50页 |
| ·ABEEM/MM几何构型 | 第42-46页 |
| ·相互作用能比较 | 第46-50页 |
| 第四章 配体和受体间的结合自由能的计算方法 | 第50-63页 |
| ·引言 | 第50页 |
| ·各种自由能方法的简介 | 第50-56页 |
| ·定量结构活性关系(OSAR)方法 | 第50-53页 |
| ·已知受体三维结构的方法介绍 | 第53-56页 |
| ·自由能微扰(FEP)和热力学积分(TI)方法 | 第53-54页 |
| ·基于经验方程自由能预测方法 | 第54-55页 |
| ·M2方法 | 第55-56页 |
| ·计算结合自由能存在的挑战 | 第56-61页 |
| ·势能函数 | 第56-57页 |
| ·溶剂化模型 | 第57-58页 |
| ·熵损 | 第58-61页 |
| ·平动与转动熵损 | 第58-59页 |
| ·构型熵损 | 第59-61页 |
| ·近期工作与展望 | 第61-63页 |
| 第五章 结论与展望 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
