| 摘要 | 第4-8页 |
| abstract | 第8-13页 |
| 缩略词中英文对照 | 第21-23页 |
| 引言 | 第23-27页 |
| 第一部分 LNCRNA和CIRCRNA在胃癌中的表达谱及生物学信息 | 第27-86页 |
| 前言 | 第27-29页 |
| 1 分析MRNA、LNCRNA和CIRCRNA在胃癌中的表达谱 | 第29-74页 |
| 1.1 主要材料 | 第29-31页 |
| 1.1.1 胃癌患者癌及癌旁组织标本 | 第29-30页 |
| 1.1.2 主要实验试剂 | 第30页 |
| 1.1.3 主要实验仪器耗材 | 第30-31页 |
| 1.2 实验方法 | 第31-38页 |
| 1.2.1 患者标本收集 | 第31页 |
| 1.2.2 总RNA提取步骤 | 第31-32页 |
| 1.2.3 冰冻新鲜组织总RNA的纯化(QIAGEN RNeasy?Mini Kit) | 第32页 |
| 1.2.4 cDNA第一链和第二链一步法合成 | 第32-33页 |
| 1.2.5 用Cynine-3-CTP(Cy3)标记cRNA合成 | 第33-34页 |
| 1.2.6 cRNA纯化(QIAGEN RNeasy?Mini Kit) | 第34页 |
| 1.2.7 cRNA浓度测定 | 第34页 |
| 1.2.8 荧光分子浓度及掺入率计算 | 第34-35页 |
| 1.2.9 芯片洗涤 | 第35页 |
| 1.2.10 芯片扫描 | 第35页 |
| 1.2.11 对显著差异表达的lncRNAs在胃癌组织中进行样本验证,筛选出有特异性的lncRNA | 第35-37页 |
| 1.2.12 数据质控 | 第37页 |
| 1.2.13 GO数据分析 | 第37-38页 |
| 1.2.14 KEGG通路分析 | 第38页 |
| 1.3 结果 | 第38-74页 |
| 1.3.1 数据质控 | 第38-40页 |
| 1.3.2 mRNA,lncRNA以及circRNA的火山口分析 | 第40页 |
| 1.3.3 mRNA在胃癌组织与癌旁组织中的表达谱 | 第40-43页 |
| 1.3.4 mRNA表达量在胃癌组织中及癌旁组织中的热图 | 第43页 |
| 1.3.5 对显著富集的差异表达mRNA的GO分析结果 | 第43-55页 |
| 1.3.6 利用KEGG分析差异表达的mRNA的信号通路 | 第55-56页 |
| 1.3.7 利用KEGG分析Her-2阳性对比Her-2阴性胃癌差异表达的mRNA的信号通路 | 第56-57页 |
| 1.3.8 lncRNA在胃癌组织与癌旁组织中的表达谱 | 第57-60页 |
| 1.3.9 对预测到异常表达上调的5个和下调的5个lncRNA用qRT-PCR方法进行验证 | 第60页 |
| 1.3.10 lncRNA表达量在胃癌组织中及癌旁组织中的热图 | 第60-61页 |
| 1.3.11 对胃癌和癌旁组织差异lncRNA靶基因进行GO分析(包括生物学过程、分子功能及细胞组分) | 第61-63页 |
| 1.3.12 利用KEGG对胃癌和癌旁组织差异lncRNA靶基因进行分析 | 第63-64页 |
| 1.3.13 lncRNA-mRNA-TF(转录因子)三者之间的网络图以及lncRNA-TF两者之间的网络图 | 第64-65页 |
| 1.3.14 circRNA在胃癌组织与癌旁组织中的表达谱 | 第65-67页 |
| 1.3.15 circRNA表达量在胃癌组织中及癌旁组织中的热图 | 第67-68页 |
| 1.3.16 对胃癌和癌旁组织差异circRNA母源基因GO分析 | 第68-69页 |
| 1.3.17 对胃癌和癌旁组织差异circRNA母源基因进行KEGG分析 | 第69-71页 |
| 1.3.18 对Her-2阳性与Her-2阴性胃癌和癌旁组织mRNA,lncRNA以及circRNA的venn分析 | 第71页 |
| 1.3.19 对胃癌和癌旁组织miR-21表达的验证 | 第71-72页 |
| 1.3.20 对miR-21四个靶点qRT-PCR表达的验证 | 第72-74页 |
| 讨论 | 第74-80页 |
| 小结 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-86页 |
| 第二部分 TGF-β通路基因与MEG3之间的相互作用机制 | 第86-98页 |
| 前言 | 第86-88页 |
| 1 利用分子间特定序列的全基因组特征来分析TGF-β通路基因与MEG3 LNCRNA在人类癌症中的相互作用 | 第88-96页 |
| 1.1 材料与方法 | 第88-90页 |
| 1.1.1 选取DNA-RNA三聚体的结构和热能 | 第88-89页 |
| 1.1.2 DNA-RNA复合物结构特征和统计回归模型 | 第89-90页 |
| 1.1.3 RNA结合(非同源)DNA诱饵的能力测试 | 第90页 |
| 1.2 结果和讨论 | 第90-94页 |
| 1.2.1 基于统计模型的DNA-RNA亲和力预测 | 第90-92页 |
| 1.2.2 MEG3 RNA特异性地识别TGF-β相互作用的DNA序列 | 第92-94页 |
| 1.3 小结 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-98页 |
| 第三部分 瑞戈非尼调控TGF-β信号通路相关MIR-21 的机制研究 | 第98-109页 |
| 前言 | 第98-99页 |
| 1.1 材料与方法 | 第99-101页 |
| 1.1.1 制备miR-21前体的3D结构 | 第99-100页 |
| 1.1.2 分子对接与结合力的评价 | 第100页 |
| 1.1.3 分子动力学模拟 | 第100-101页 |
| 1.1.4 结合力分析和荧光试验测试结合力 | 第101页 |
| 1.2 结果与讨论 | 第101-105页 |
| 1.2.1 用miR-21前体模拟和瑞戈非尼相互作用的分析 | 第101-102页 |
| 1.2.2 miR-21与瑞戈非尼分子对接结构测试结果 | 第102-103页 |
| 1.2.3 设计突变型miR-21前体 | 第103-104页 |
| 1.2.4 对比野生型和突变型miR-21前体和瑞戈非尼荧光结合强度 | 第104-105页 |
| 1.3 小结 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-109页 |
| 全文结论 | 第109-110页 |
| 综述 非编码RNA和TGF-β通路在胃癌中的研究进展 | 第110-134页 |
| 参考文献 | 第125-134页 |
| 个人简历 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
