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胃肠癌非编码RNA调控TGF-β信号通路新机制研究

摘要第4-8页
abstract第8-13页
缩略词中英文对照第21-23页
引言第23-27页
第一部分 LNCRNA和CIRCRNA在胃癌中的表达谱及生物学信息第27-86页
    前言第27-29页
    1 分析MRNA、LNCRNA和CIRCRNA在胃癌中的表达谱第29-74页
        1.1 主要材料第29-31页
            1.1.1 胃癌患者癌及癌旁组织标本第29-30页
            1.1.2 主要实验试剂第30页
            1.1.3 主要实验仪器耗材第30-31页
        1.2 实验方法第31-38页
            1.2.1 患者标本收集第31页
            1.2.2 总RNA提取步骤第31-32页
            1.2.3 冰冻新鲜组织总RNA的纯化(QIAGEN RNeasy?Mini Kit)第32页
            1.2.4 cDNA第一链和第二链一步法合成第32-33页
            1.2.5 用Cynine-3-CTP(Cy3)标记cRNA合成第33-34页
            1.2.6 cRNA纯化(QIAGEN RNeasy?Mini Kit)第34页
            1.2.7 cRNA浓度测定第34页
            1.2.8 荧光分子浓度及掺入率计算第34-35页
            1.2.9 芯片洗涤第35页
            1.2.10 芯片扫描第35页
            1.2.11 对显著差异表达的lncRNAs在胃癌组织中进行样本验证,筛选出有特异性的lncRNA第35-37页
            1.2.12 数据质控第37页
            1.2.13 GO数据分析第37-38页
            1.2.14 KEGG通路分析第38页
        1.3 结果第38-74页
            1.3.1 数据质控第38-40页
            1.3.2 mRNA,lncRNA以及circRNA的火山口分析第40页
            1.3.3 mRNA在胃癌组织与癌旁组织中的表达谱第40-43页
            1.3.4 mRNA表达量在胃癌组织中及癌旁组织中的热图第43页
            1.3.5 对显著富集的差异表达mRNA的GO分析结果第43-55页
            1.3.6 利用KEGG分析差异表达的mRNA的信号通路第55-56页
            1.3.7 利用KEGG分析Her-2阳性对比Her-2阴性胃癌差异表达的mRNA的信号通路第56-57页
            1.3.8 lncRNA在胃癌组织与癌旁组织中的表达谱第57-60页
            1.3.9 对预测到异常表达上调的5个和下调的5个lncRNA用qRT-PCR方法进行验证第60页
            1.3.10 lncRNA表达量在胃癌组织中及癌旁组织中的热图第60-61页
            1.3.11 对胃癌和癌旁组织差异lncRNA靶基因进行GO分析(包括生物学过程、分子功能及细胞组分)第61-63页
            1.3.12 利用KEGG对胃癌和癌旁组织差异lncRNA靶基因进行分析第63-64页
            1.3.13 lncRNA-mRNA-TF(转录因子)三者之间的网络图以及lncRNA-TF两者之间的网络图第64-65页
            1.3.14 circRNA在胃癌组织与癌旁组织中的表达谱第65-67页
            1.3.15 circRNA表达量在胃癌组织中及癌旁组织中的热图第67-68页
            1.3.16 对胃癌和癌旁组织差异circRNA母源基因GO分析第68-69页
            1.3.17 对胃癌和癌旁组织差异circRNA母源基因进行KEGG分析第69-71页
            1.3.18 对Her-2阳性与Her-2阴性胃癌和癌旁组织mRNA,lncRNA以及circRNA的venn分析第71页
            1.3.19 对胃癌和癌旁组织miR-21表达的验证第71-72页
            1.3.20 对miR-21四个靶点qRT-PCR表达的验证第72-74页
    讨论第74-80页
    小结第80-81页
    参考文献第81-86页
第二部分 TGF-β通路基因与MEG3之间的相互作用机制第86-98页
    前言第86-88页
    1 利用分子间特定序列的全基因组特征来分析TGF-β通路基因与MEG3 LNCRNA在人类癌症中的相互作用第88-96页
        1.1 材料与方法第88-90页
            1.1.1 选取DNA-RNA三聚体的结构和热能第88-89页
            1.1.2 DNA-RNA复合物结构特征和统计回归模型第89-90页
            1.1.3 RNA结合(非同源)DNA诱饵的能力测试第90页
        1.2 结果和讨论第90-94页
            1.2.1 基于统计模型的DNA-RNA亲和力预测第90-92页
            1.2.2 MEG3 RNA特异性地识别TGF-β相互作用的DNA序列第92-94页
        1.3 小结第94-96页
    参考文献第96-98页
第三部分 瑞戈非尼调控TGF-β信号通路相关MIR-21 的机制研究第98-109页
    前言第98-99页
    1.1 材料与方法第99-101页
        1.1.1 制备miR-21前体的3D结构第99-100页
        1.1.2 分子对接与结合力的评价第100页
        1.1.3 分子动力学模拟第100-101页
        1.1.4 结合力分析和荧光试验测试结合力第101页
    1.2 结果与讨论第101-105页
        1.2.1 用miR-21前体模拟和瑞戈非尼相互作用的分析第101-102页
        1.2.2 miR-21与瑞戈非尼分子对接结构测试结果第102-103页
        1.2.3 设计突变型miR-21前体第103-104页
        1.2.4 对比野生型和突变型miR-21前体和瑞戈非尼荧光结合强度第104-105页
    1.3 小结第105-106页
    参考文献第106-109页
全文结论第109-110页
综述 非编码RNA和TGF-β通路在胃癌中的研究进展第110-134页
    参考文献第125-134页
个人简历第134-135页
致谢第135页

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