| 目录 | 第1-7页 |
| 表目录 | 第7-8页 |
| 图目录 | 第8-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-30页 |
| ·引言 | 第14-15页 |
| ·研究背景 | 第15-23页 |
| ·基因模块研究相关分子生物学概念 | 第15-20页 |
| ·基因模块研究相关生物实验技术 | 第20-21页 |
| ·基因模块识别和分析方法研究现状 | 第21-23页 |
| ·论文的研究内容和创新点 | 第23-27页 |
| ·主要研究内容 | 第23-25页 |
| ·主要创新点 | 第25-27页 |
| ·论文的结构 | 第27-30页 |
| 第二章 基于聚类的基因模块的识别 | 第30-50页 |
| ·引言 | 第30-31页 |
| ·线性流形类模型 | 第31-34页 |
| ·线性流形 | 第31-32页 |
| ·类模型 | 第32-33页 |
| ·距离度量 | 第33-34页 |
| ·算法 | 第34-40页 |
| ·线流形类搜索过程 | 第34-37页 |
| ·线流形类融合过程 | 第37页 |
| ·LSAFCLUS 算法的复杂度分析 | 第37-38页 |
| ·LMCLUS、ORCLUS 和LSAFCLUS 的简单比较 | 第38-39页 |
| ·聚类准确度度量 | 第39-40页 |
| ·实验与结果分析 | 第40-46页 |
| ·LSAFCLUS 算法的参数设置 | 第40页 |
| ·仿真数据 | 第40-45页 |
| ·实际数据 | 第45-46页 |
| ·基于LSAFCLUS 方法的基因表达模块的识别 | 第46-48页 |
| ·HeLa 数据 | 第46-47页 |
| ·胃癌数据 | 第47-48页 |
| ·本章小结 | 第48-50页 |
| 第三章 基因表达数据相似性度量相关问题研究 | 第50-64页 |
| ·引言 | 第50-51页 |
| ·基因表达数据的度量方式及其融合度量方式 | 第51-56页 |
| ·四种基本的相似性（距离）度量 | 第51-52页 |
| ·四种基本的相似性（距离）度量的简单比较 | 第52-54页 |
| ·两种新的相性度量的描述 | 第54-55页 |
| ·基因间关于GO 注释的相似性度量 | 第55-56页 |
| ·融合的度量方式 | 第56页 |
| ·不同度量方式及其融合度量方式的比较分析 | 第56-63页 |
| ·数据 | 第56-57页 |
| ·度量方式的统计评估 | 第57页 |
| ·实验结果和分析讨论 | 第57-63页 |
| ·本章小结 | 第63-64页 |
| 第四章 酵母转录调控模块的识别 | 第64-78页 |
| ·引言 | 第64-65页 |
| ·材料与方法 | 第65-69页 |
| ·实验数据 | 第65页 |
| ·方法 | 第65-69页 |
| ·模块功能类统计显著性评估 | 第69页 |
| ·结果 | 第69-77页 |
| ·算法所识别模块的简单分析 | 第70页 |
| ·与其它算法的比较 | 第70-72页 |
| ·模块的详细描述 | 第72-75页 |
| ·讨论 | 第75-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 第五章 简单网络motif 的建模与分析 | 第78-94页 |
| ·单输入motif | 第78-84页 |
| ·单输入motif 的模型 | 第78-79页 |
| ·单输入motif 模型的近似模型 | 第79-82页 |
| ·单输入motif 模型的性能分析 | 第82-84页 |
| ·前馈motif | 第84-88页 |
| ·前馈motif 的模型 | 第84-86页 |
| ·前馈motif 模型分析 | 第86-88页 |
| ·自反馈motif | 第88-93页 |
| ·自反馈motif 的模型 | 第88-89页 |
| ·自反馈motif 模型平衡点分析 | 第89-93页 |
| ·本章小结 | 第93-94页 |
| 第六章 基于转录调控模块的基因调控网络的研究 | 第94-122页 |
| ·基于转录调控模块的基因调控网络的构建 | 第94-97页 |
| ·向上建立基于模块的调控网络 | 第94-96页 |
| ·向下分析模块motif 的构成 | 第96-97页 |
| ·基于转录调控模块的微分方程模型 | 第97-106页 |
| ·模块微分方程模型的构建过程 | 第97-98页 |
| ·基于混沌蚁群优化的主微分分析方法 | 第98-102页 |
| ·酵母转录调控模块的微分方程模型 | 第102-106页 |
| ·基于模块的调控网络的微分方程模型 | 第106-121页 |
| ·横向扩展网络的微分方程模型 | 第106-109页 |
| ·纵向扩展网络的微分方程模型 | 第109-110页 |
| ·基于模块的酵母基因调控网络的研究 | 第110-121页 |
| ·本章小结 | 第121-122页 |
| 第七章 结束语 | 第122-126页 |
| ·论文工作总结 | 第122-123页 |
| ·未来工作展望 | 第123-126页 |
| 致谢 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-144页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第144-145页 |