| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-25页 |
| 1.1 绿肥和秸秆还田研究背景 | 第15-16页 |
| 1.2 植物-微生物互作主要根际过程 | 第16-22页 |
| 1.2.1 土壤微生物碳循环过程 | 第17-18页 |
| 1.2.2 微生物氮循环过程 | 第18-19页 |
| 1.2.3 微生物磷循环过程 | 第19-21页 |
| 1.2.4 微生物在铁、硫及其它金属等养分循环过程 | 第21页 |
| 1.2.5 微生物植物激素等信号调节相关过程 | 第21-22页 |
| 1.3 生物信息学相关技术在绿肥体系及微生物关键功能过程研究中的应用情况 | 第22页 |
| 1.4 研究问题 | 第22-23页 |
| 1.5 研究目的及内容 | 第23页 |
| 1.5.1 研究目的 | 第23页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第23页 |
| 1.6 技术路线 | 第23-25页 |
| 第二章 材料与方法 | 第25-72页 |
| 2.1 实验内容 | 第25-26页 |
| 2.1.1 田间试验 | 第25页 |
| 2.1.2 样品采集 | 第25页 |
| 2.1.3 理化性质测定 | 第25-26页 |
| 2.1.4 土壤DNA提取及宏基因组测序 | 第26页 |
| 2.1.5 宏基因组序列分析 | 第26页 |
| 2.1.6 序列数据的处理流程 | 第26页 |
| 2.2 植物-微生物互作关键过程相关主要功能基因 | 第26-71页 |
| 2.2.1 微生物碳循环相关功能基因 | 第27-38页 |
| 2.2.2 微生物氮养分循环相关主要功能基因 | 第38-45页 |
| 2.2.3 微生物磷养分循环相关主要功能基因 | 第45-48页 |
| 2.2.4 微生物铁、硫及重金属耐受抗性等其它养分循环相关主要功能基因 | 第48-70页 |
| 2.2.5 微生物植物激素等信号传导相关主要功能基因 | 第70-71页 |
| 2.3 数据统计分析 | 第71-72页 |
| 第三章 试验结果 | 第72-106页 |
| 3.1 土壤理化性质 | 第72-73页 |
| 3.2 基于METAPHLAN2 分析的微生物物种组成 | 第73-76页 |
| 3.2.1 微生物物种多样性指数及主成分(PCoA)分析 | 第73页 |
| 3.2.2 微生物物种相对丰度在绿肥处理间的差异 | 第73-76页 |
| 3.3 功能基因多样性指数及主成分(PCOA)分析 | 第76-80页 |
| 3.3.1 微生物碳循环功能基因多样性指数及主成分(PCoA)分析 | 第76页 |
| 3.3.2 微生物氮循环功能基因多样性指数及主成分(PCoA)分析 | 第76-77页 |
| 3.3.3 微生物磷循环功能基因多样性指数及主成分(PCoA)分析 | 第77-78页 |
| 3.3.4 微生物铁、硫循环及重金属等其他相关功能基因多样性指数及主成分(PCoA)分析 | 第78-79页 |
| 3.3.5 微生物植物激素相关功能基因多样性指数及主成分(PCoA)分析 | 第79-80页 |
| 3.4 微生物宏基因组功能基因相对丰度 | 第80-86页 |
| 3.4.1 微生物碳循环功能基因相对丰度 | 第80-82页 |
| 3.4.2 微生物氮循环功能基因相对丰度 | 第82-83页 |
| 3.4.3 微生物磷循环功能基因相对丰度 | 第83-84页 |
| 3.4.4 微生物铁、硫等其他养分循环相关功能基因相对丰度 | 第84-85页 |
| 3.4.5 微生物植物激素等信号调节功能基因相对丰度 | 第85-86页 |
| 3.5 土壤理化性质与功能基因相对丰度的相关性和RDA冗余分析 | 第86-97页 |
| 3.5.1 理化性质与碳功能基因相对丰度相关性和RDA冗余分析 | 第86-88页 |
| 3.5.2 理化性质与氮功能基因相对丰度相关性和RDA冗余分析 | 第88-89页 |
| 3.5.3 理化性质与磷功能基因相对丰度相关性和RDA冗余分析 | 第89-91页 |
| 3.5.4 理化性质与硫铁等其它相关功能基因相对丰度相关性和RDA冗余分析 | 第91-96页 |
| 3.5.5 理化性质与信号调节相关功能基因相对丰度相关性和RDA冗余分析 | 第96-97页 |
| 3.6 微生物直系同源功能基因KO相对丰度 | 第97-106页 |
| 第四章 讨论 | 第106-112页 |
| 4.1 绿肥及秸秆还田对土壤理化性质的影响 | 第106页 |
| 4.2 绿肥及稻草还田对微生物的影响 | 第106-110页 |
| 4.2.1 绿肥及稻草还田对微生物组成的影响 | 第106-107页 |
| 4.2.2 绿肥及稻草还田对微生物-植物互作相关功能基因的影响 | 第107-110页 |
| 4.3 微生物宏基因组学在研究应用中的优势 | 第110-112页 |
| 第五章 全文结论 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 作者简历 | 第147页 |
