非洲栽培稻细胞器基因组组装及其系统进化分析
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-27页 |
| 1.1 叶绿体基因组学研究 | 第11-17页 |
| 1.1.1 叶绿体基因组起源 | 第11-13页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组结构及特点 | 第13-15页 |
| 1.1.3 叶绿体基因组测序策略 | 第15-16页 |
| 1.1.4 叶绿体基因组分子进化研究 | 第16-17页 |
| 1.2 线粒体基因组学研究 | 第17-24页 |
| 1.2.1 线粒体基因组起源 | 第17-18页 |
| 1.2.2 线粒体基因组的结构及特点 | 第18-21页 |
| 1.2.3 线粒体基因组测序策略 | 第21-23页 |
| 1.2.4 线粒体基因组与雄性不育 | 第23-24页 |
| 1.3 植物细胞器基因组的基因片段迁移研究进展 | 第24-25页 |
| 1.4 植物细胞器在植物系统发育中的研究 | 第25-26页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第26-27页 |
| 1.5.1 研究的目的 | 第26页 |
| 1.5.2 研究的意义 | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-38页 |
| 2.1 实验材料及数据来源 | 第27-28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-38页 |
| 2.2.1 水稻基因组DNA提取 | 第28-29页 |
| 2.2.2 全基因组测序与序列拼接 | 第29-31页 |
| 2.2.3 生物信息学分析 | 第31-38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-72页 |
| 3.1 叶绿体基因组组装与序列分析 | 第38-54页 |
| 3.1.1 叶绿体基因组组装 | 第38-39页 |
| 3.1.2 叶绿体基因组注释 | 第39-41页 |
| 3.1.3 叶绿体基因组重复序列和SSR | 第41-45页 |
| 3.1.4 叶绿体基因组密码子偏好性 | 第45-46页 |
| 3.1.5 叶绿体基因组的比较与系统发育分析 | 第46-51页 |
| 3.1.6 叶绿体特异标记 | 第51-52页 |
| 3.1.7 对20个测序材料的分析研究 | 第52-54页 |
| 3.2 线粒体基因组组装与序列分析 | 第54-69页 |
| 3.2.1 线粒体基因组组装 | 第54-56页 |
| 3.2.2 线粒体基因组注释 | 第56-58页 |
| 3.2.3 线粒体基因组重复序列和SSR | 第58-63页 |
| 3.2.4 线粒体基因组密码子偏好性 | 第63-65页 |
| 3.2.5 线粒体基因组非编码区的A-T富集区 | 第65-66页 |
| 3.2.6 线粒体基因组tRNA二级结构 | 第66-67页 |
| 3.2.7 线粒体基因组基因选择压力分析 | 第67-68页 |
| 3.2.8 三个线粒体基因组之间的比较 | 第68-69页 |
| 3.3 基因组间序列迁移 | 第69-72页 |
| 3.3.1 基因组比较 | 第69-70页 |
| 3.3.2 细胞器基因组间序列迁移 | 第70-72页 |
| 4 讨论 | 第72-78页 |
| 4.1 叶绿体基因组组装 | 第72-73页 |
| 4.2 叶绿体基因组分析 | 第73-74页 |
| 4.3 线粒体基因组组装 | 第74-76页 |
| 4.4 线粒体基因组分析 | 第76页 |
| 4.5 细胞器基因组间的序列迁移 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
