| 中文摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 中文文摘 | 第5-9页 |
| 绪论 | 第9-17页 |
| 一、研究背景 | 第9-10页 |
| 二、文献综述 | 第10-14页 |
| 2.1 甘蔗比较基因组学的研究进展 | 第10-13页 |
| 2.2 池化策略(BACs pooling)配合454二代测序平台 | 第13-14页 |
| 三、本研究的内容与意义 | 第14-17页 |
| 3.1 研究内容 | 第14-15页 |
| 3.2 研究意义 | 第15-17页 |
| 第一章 方法与材料 | 第17-25页 |
| 1.1 实验数据材料 | 第17页 |
| 1.2 实验方法 | 第17-25页 |
| 1.2.1 FT-like基因探针的构建 | 第17-19页 |
| 1.2.2 BAC文库筛选 | 第19-20页 |
| 1.2.3 Southern杂交验证 | 第20页 |
| 1.2.4 CHEF-gel钳位匀强脉冲电场系统估计插入子大小 | 第20-21页 |
| 1.2.5 BACs的454平台测序与原始读长组装 | 第21页 |
| 1.2.6 填补重叠群(Contigs)间的缺口(Gaps) | 第21-22页 |
| 1.2.7 甘蔗细菌人工染色体上的基因注释 | 第22页 |
| 1.2.8 甘蔗BACs之间以及甘蔗-高粱间的比较学分析和序列比对 | 第22-23页 |
| 1.2.9 核苷酸替换率的计算和同源序列分歧时间的估算 | 第23页 |
| 1.2.10 启动子区域查找 | 第23-25页 |
| 第二章 甘蔗与高粱间FT(Flowering Locus T)基因区段的比较学分析 | 第25-37页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-35页 |
| 2.2.1 甘蔗FT基因组片段的获得 | 第25-29页 |
| 2.2.2 FT-BAC上甘蔗基因组片段的序列分析 | 第29-35页 |
| 2.3 讨论 | 第35-36页 |
| 2.3.1 FT-like周边存有较为多数调控性质的基因 | 第35页 |
| 2.3.2 高粱、水稻和甘蔗的微共线关系 | 第35-36页 |
| 2.3.3 割手密种经历染色体重排序历程 | 第36页 |
| 2.4 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 热带种、割手密BAC与高粱同源区段上比较学分析 | 第37-61页 |
| 3.1 引言 | 第37-38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-56页 |
| 3.2.1 BAC序列的缺口填补 | 第38-40页 |
| 3.2.2 BAC上基因注释 | 第40-42页 |
| 3.2.3 甘蔗BAC与高粱基因组间同源序列的比较分析 | 第42-46页 |
| 3.2.4 甘蔗热带种与割手密种同源配对BAC上重复元件的比较 | 第46-48页 |
| 3.2.5 旁系同源区域的比较分析 | 第48-53页 |
| 3.2.6 热带种与割手密FRK果糖激酶基因家族成员的获取与比较 | 第53-55页 |
| 3.2.7 甘蔗热带种与割手密种进化分支时间的预测 | 第55-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-59页 |
| 3.3.1 热带种的基本基因组具有扩展的趋势 | 第56-57页 |
| 3.3.2 转座元件在甘蔗基因组上的特征 | 第57-59页 |
| 3.3.3 进化分支时间估测 | 第59页 |
| 3.4 小结 | 第59-61页 |
| 第四章 结论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-71页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第71-73页 |
| 致谢 | 第73-77页 |
