| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 目录 | 第11-15页 |
| 符号说明 | 第15-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-54页 |
| 1.1 深海微生物研究概况 | 第16-21页 |
| 1.2 Shewanella 菌属及深海 Shewanella 菌株的研究概况 | 第21-26页 |
| 1.3 Shewanella piezotolerans WP3 的概述与研究现状 | 第26-31页 |
| 1.4 兼性厌氧菌呼吸系统与其深海环境适应性的研究概述 | 第31-43页 |
| 1.5 铁稳态调控蛋白（Fur）的研究进展 | 第43-47页 |
| 1.6 RNA 伴侣蛋白（Hfq）的研究进展 | 第47-51页 |
| 1.7 本论文的研究目的和意义 | 第51-54页 |
| 第二章 材料与方法 | 第54-66页 |
| 2.1 实验材料 | 第54-60页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第54-55页 |
| 2.1.2 实验中的引物 | 第55-58页 |
| 2.1.3 主要实验试剂 | 第58页 |
| 2.1.4 主要培养基及试剂的配制 | 第58-59页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第59-60页 |
| 2.1.6 工具软件 | 第60页 |
| 2.2 实验方法 | 第60-66页 |
| 2.2.1 不同厌氧条件下的希瓦氏菌培养及其检测 | 第60-61页 |
| 2.2.2 突变菌株与回补菌株的构建 | 第61页 |
| 2.2.3 运动性检测 | 第61页 |
| 2.2.4 SDS 裂解法提取 WP3 基因组 DNA | 第61页 |
| 2.2.5 RNA 提取，转录组测序以及数据分析 | 第61页 |
| 2.2.6 总蛋白提取，蛋白组测序以及数据分析 | 第61-63页 |
| 2.2.7 Heme 染色实验 | 第63页 |
| 2.2.8 细胞色素 c 含量的测定 | 第63页 |
| 2.2.9 蛋白的表达与纯化 | 第63页 |
| 2.2.10 凝胶阻滞迁移（EMSA） | 第63-64页 |
| 2.2.11 矿物学分析 | 第64页 |
| 2.2.12 PCR 扩增反应 | 第64页 |
| 2.2.13 质粒提取 | 第64-65页 |
| 2.2.14 E.coli DH5α与 WM3064 感受态细胞的制备 | 第65页 |
| 2.2.15 质粒 pSW2 对 E. coli DH5α与 WM3064 的转化 | 第65页 |
| 2.2.16 E. coli WM3064 与 WP3 的接合转移 | 第65页 |
| 2.2.17 阳性克隆子的筛选与鉴定 | 第65-66页 |
| 第三章 静水压与厌氧环境对 WP3 厌氧呼吸系统和深海环境适应性的影响 | 第66-92页 |
| 3.1 前言 | 第66-67页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第67-90页 |
| 3.2.1 不同环境因子对 WP3 厌氧呼吸的影响 | 第67-71页 |
| 3.2.2 静水压对 WP3 不溶性铁呼吸系统的影响 | 第71-77页 |
| 3.2.3 氧化还原环境的变化对 WP3 厌氧呼吸系统与深海适应性的影响 | 第77-90页 |
| （一）呼吸系统与能量产生系统的转录组分析 | 第79-88页 |
| （二）信号转导与物质运输系统的转录组分析 | 第88-89页 |
| （三）与厌氧呼吸有关的调控因子的转录组分析 | 第89-90页 |
| 3.3 小结与展望 | 第90-92页 |
| 第四章 铁稳态调控蛋白（Fur）对 WP3 厌氧呼吸系统的调控和生物矿化的研究 | 第92-114页 |
| 4.1 前言 | 第92-93页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第93-111页 |
| 4.2.1 铁稳态蛋白 Fur 与深海环境适应性 | 第93-107页 |
| （一）WP3 中铁稳态蛋白 Fur 与其突变株的生理学特性鉴定 | 第93-96页 |
| （二）Δfur 转录组学分析 | 第96-107页 |
| 4.2.2 Fur 蛋白对深海中生物诱导矿化的影响 | 第107-111页 |
| （一）Δfur 铁还原过程的生理学鉴定 | 第107-108页 |
| （二）Δfur 还原产物的磁学性质分析 | 第108-111页 |
| 4.3 小结与展望 | 第111-114页 |
| 第五章 Small RNA 伴侣蛋白（Hfq）对 WP3 厌氧呼吸系统的调控和深海环境适应性的研究 | 第114-134页 |
| 5.1 背景 | 第114-115页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第115-132页 |
| 5.2.1 WP3 中 Hfq 蛋白的性质 | 第115页 |
| 5.2.2 Δhfq 的生理学特性鉴定 | 第115-118页 |
| 5.2.3 Δhfq 转录组学和蛋白组学分析 | 第118-132页 |
| （一）厌氧环境适应性 | 第124-126页 |
| （二）与钼的转运与合成相关的蛋白调控 | 第126页 |
| （三）运动性的调控 | 第126-127页 |
| （四）氨基酸代谢的调控 | 第127-128页 |
| （五）铁稳态及氧化压力的调控 | 第128-130页 |
| （六）信号转导系统和 sigma 因子的调控 | 第130-132页 |
| 5.3 小结与展望 | 第132-134页 |
| 第六章 噬菌体载体 SW2 的构建与应用 | 第134-150页 |
| 6.1 前言 | 第134页 |
| 6.2 实验结果 | 第134-148页 |
| 6.2.1 噬菌体 SW1 的分析 | 第134-135页 |
| 6.2.2 pSW2 的构建 | 第135-137页 |
| 6.2.3 pSW2 的序列分析 | 第137-138页 |
| 6.2.4 pSW2 在 WP3 中作为回补质粒 | 第138-139页 |
| 6.2.5 表达质粒 pSW2 在 Shewanella piezotolerans WP3 中的拷贝数定量 | 第139-140页 |
| 6.2.6 GFP 报告基因的克隆与表达 | 第140-141页 |
| 6.2.7 低温诱导表达载体启动子的选择 | 第141-143页 |
| 6.2.8 pSW2 表达载体在 E.coli 中表达棕黄色色素合成酶基因簇 | 第143-145页 |
| 6.2.9 WP3-pSW2 低温表达系统在 WP3 中表达 PLP 基因 | 第145-147页 |
| 6.2.10 pSW2 的宿主广谱性 | 第147-148页 |
| 6.3 小结与展望 | 第148-150页 |
| 第七章 结论与展望 | 第150-154页 |
| 参考文献 | 第154-173页 |
| 致谢 | 第173-174页 |
| 攻读学位期间已发表的学术论文 | 第174页 |
