| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第11-22页 |
| 1.1 水体的富营养化和成因 | 第11-12页 |
| 1.2 湖泊内源氮污染及危害 | 第12页 |
| 1.3 氮循环中微生物的作用 | 第12-14页 |
| 1.3.1 氮循环过程 | 第12-13页 |
| 1.3.2 氮循环中微生物的作用 | 第13-14页 |
| 1.4 好氧氨氧化微生物研究进展 | 第14-17页 |
| 1.4.1 氨氧化古菌国内外研究现状 | 第14-15页 |
| 1.4.2 氨氧化细菌国内外研究现状 | 第15-16页 |
| 1.4.3 对环境因子的响应 | 第16-17页 |
| 1.5 环境微生物丰度及多样性研究方法 | 第17-20页 |
| 1.5.1 实时荧光定量PCR | 第17-18页 |
| 1.5.2 高通量测序 | 第18-19页 |
| 1.5.2.1 高通量测序技术及其发展现状 | 第18页 |
| 1.5.2.2 高通量测序技术的特点 | 第18页 |
| 1.5.2.3 Illumina测序技术 | 第18-19页 |
| 1.5.3 16S rRNA/DNA分析技术在微生物的分类和鉴定中的应用 | 第19-20页 |
| 1.6 研究目的与研究内容 | 第20-22页 |
| 1.6.1 研究目的 | 第20页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第20-21页 |
| 1.6.3 技术路线图 | 第21-22页 |
| 第2章 东湖表层水、上覆水和间隙水理化因子周年动态监测 | 第22-29页 |
| 2.1 研究区域概况 | 第22页 |
| 2.2 样品的采集与保存 | 第22-23页 |
| 2.3 实验方法 | 第23页 |
| 2.4 结果与分析 | 第23-28页 |
| 2.5 讨论 | 第28-29页 |
| 第3章 沉积物氨氧化微生物丰度及与环境因子相关性研究 | 第29-48页 |
| 3.1 实验材料 | 第29-31页 |
| 3.1.1 实验试剂 | 第29-30页 |
| 3.1.2 实验试剂盒 | 第30页 |
| 3.1.3 实验培养基 | 第30页 |
| 3.1.4 实验主要的引物 | 第30-31页 |
| 3.2 实验方法 | 第31-34页 |
| 3.2.1 沉积物样品DNA提取 | 第31-32页 |
| 3.2.2 标准质粒的构建 | 第32-33页 |
| 3.2.2.1 amoA基因PCR扩增 | 第32页 |
| 3.2.2.2 目的片段的切胶纯化 | 第32-33页 |
| 3.2.2.3 连接 | 第33页 |
| 3.2.2.4 转化、筛选和测序 | 第33页 |
| 3.2.2.5 质粒提取 | 第33页 |
| 3.2.3 amoA基因标准曲线的构建 | 第33-34页 |
| 3.2.4 沉积物中AOA和AOB amoA基因定量 | 第34页 |
| 3.3 结果与分析 | 第34-45页 |
| 3.3.1 质粒比对结果 | 第34页 |
| 3.3.2 AOA amoA基因标准曲线 | 第34-35页 |
| 3.3.3 氨氧化细菌amoA基因标准曲线 | 第35-36页 |
| 3.3.4 氨氧化微生物数量时空分布 | 第36-41页 |
| 3.3.5 AOA/AOB时空分布 | 第41-44页 |
| 3.3.6 氨氧化微生物丰度与间隙水理化性质相关性 | 第44-45页 |
| 3.4 讨论 | 第45-48页 |
| 第4章 东湖沉积物微生物群落结构多样性研究 | 第48-65页 |
| 4.1 实验方法 | 第48页 |
| 4.2 16S rRNA测序结果处理 | 第48页 |
| 4.3 测序结果分析 | 第48-52页 |
| 4.3.1 沉积物微生物16S rRNA基因扩增结果 | 第48-49页 |
| 4.3.2 沉积物微生物16S rRNA基因测序结果预处理 | 第49-50页 |
| 4.3.3 OTUs分析 | 第50-51页 |
| 4.3.4 16S rRNA基因稀释曲线 | 第51-52页 |
| 4.4 东湖沉积物细菌群落结构的α多样性研究 | 第52-56页 |
| 4.5 氨氧化古菌多样性研究 | 第56-60页 |
| 4.5.1 氨氧化古菌的α多样性研究 | 第56-58页 |
| 4.5.2 氨氧化古菌16SrRNA基因系统进化分析 | 第58-60页 |
| 4.6 氨氧化细菌多样性研究 | 第60-63页 |
| 4.6.1 氨氧化细菌的α多样性研究 | 第60-61页 |
| 4.6.2 氨氧化细菌16S rRNA基因系统进化分析 | 第61-63页 |
| 4.7 讨论 | 第63-65页 |
| 第5章 结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-73页 |
| 致谢 | 第73页 |
