| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第12-27页 |
| 1.1 半胱氨酸蛋白酶 | 第12-19页 |
| 1.1.1 组织蛋白酶B | 第14-18页 |
| 1.1.2 木瓜蛋白酶 | 第18-19页 |
| 1.2 含金化合物 | 第19-21页 |
| 1.2.1 金诺芬 | 第19-20页 |
| 1.2.2 金团簇 | 第20-21页 |
| 1.3 本文的研究方案及意义 | 第21-22页 |
| 1.3.1 研究方案 | 第21-22页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第22页 |
| 1.4 参考文献 | 第22-27页 |
| 第2章 研究方法 | 第27-36页 |
| 2.1 分子对接 | 第27-29页 |
| 2.1.1 简介 | 第27-28页 |
| 2.1.2 AutoDock Vina | 第28页 |
| 2.1.3 ZDOCK | 第28-29页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第29-33页 |
| 2.2.1 简介 | 第29页 |
| 2.2.2 力场函数 | 第29-30页 |
| 2.2.3 运动学方程 | 第30-31页 |
| 2.2.4 周期性边界条件 | 第31-32页 |
| 2.2.5 系综 | 第32页 |
| 2.2.6 步骤 | 第32-33页 |
| 2.3 副本交换 | 第33-34页 |
| 2.3.1 简介 | 第33页 |
| 2.3.2 原理 | 第33-34页 |
| 2.3.3 步骤 | 第34页 |
| 2.4 参考文献 | 第34-36页 |
| 第3章 金团簇与组织蛋白酶B结合的分子动力学模拟研究 | 第36-51页 |
| 3.1 组织蛋白酶B构象弛豫 | 第36-39页 |
| 3.1.1 模拟过程 | 第36-37页 |
| 3.1.2 模拟结果 | 第37-39页 |
| 3.2 金诺芬与组织蛋白酶B相互作用研究 | 第39-43页 |
| 3.2.1 对接软件验证 | 第39页 |
| 3.2.2 分子对接 | 第39-40页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟 | 第40-43页 |
| 3.3 金团簇与组织蛋白酶B相互作用研究 | 第43-50页 |
| 3.3.1 对接软件验证 | 第43-44页 |
| 3.3.2 分子对接 | 第44-46页 |
| 3.3.3 分子动力学模拟 | 第46-50页 |
| 3.4 参考文献 | 第50-51页 |
| 第4章 金团簇与木瓜蛋白酶结合的副本交换研究 | 第51-64页 |
| 4.1 木瓜蛋白酶构象弛豫 | 第51-52页 |
| 4.1.1 模拟过程 | 第51页 |
| 4.1.2 模拟结果 | 第51-52页 |
| 4.2 金团簇与木瓜蛋白酶相互作用研究 | 第52-63页 |
| 4.2.1 副本交换 | 第52-54页 |
| 4.2.2 结果分析 | 第54-63页 |
| 4.3 参考文献 | 第63-64页 |
| 第5章 总结与展望 | 第64-68页 |
| 5.1 主要结论 | 第64-66页 |
| 5.2 下一步工作 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68-70页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第70-71页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第71页 |