| 符号说明 | 第5-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第1章 禾本科植物基因组进化的研究进展 | 第12-20页 |
| 摘要 | 第12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 1.1 禾本科基因组 | 第13-14页 |
| 1.2 禾本科植物的全基因组复制 | 第14-15页 |
| 1.3 禾本科植物基因家族的分子进化 | 第15-17页 |
| 1.3.1 基因家族物种特异性扩张机制 | 第16页 |
| 1.3.2 基因家族成员功能分化 | 第16-17页 |
| 1.4 展望 | 第17-18页 |
| 参考文献 | 第18-20页 |
| 第2章 植物AEE基因的起源、适应性进化及在水稻中的非生物胁迫表达分析 | 第20-38页 |
| 摘要 | 第20页 |
| Abstract | 第20-23页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-24页 |
| 2.1.1 序列数据来源 | 第23页 |
| 2.1.2 多序列比对和构建系统进化树 | 第23页 |
| 2.1.3 正选择作用检测 | 第23-24页 |
| 2.1.4 水稻AEE基因的表达分析 | 第24页 |
| 2.2 结果 | 第24-34页 |
| 2.2.1 陆生植物AEE基因 | 第24-28页 |
| 2.2.2 陆生植物AEE基因的起源 | 第28-30页 |
| 2.2.3 陆生植物AEE基因经历的选择压力 | 第30-33页 |
| 2.2.4 水稻AEE基因的非生物胁迫表达模式分析 | 第33-34页 |
| 2.3 讨论 | 第34-36页 |
| 参考文献 | 第36-38页 |
| 第3章 禾本科植物BETA-淀粉酶基因家族的分子进化研究以及非生物胁迫下表达分析 | 第38-54页 |
| 摘要 | 第38页 |
| Abstract | 第38-40页 |
| 3.1 材料与方法 | 第40-41页 |
| 3.1.1 禾本科植物BAM基因鉴定 | 第40页 |
| 3.1.2 序列分析 | 第40页 |
| 3.1.3 功能分化分析 | 第40页 |
| 3.1.4 微阵列数据分析 | 第40-41页 |
| 3.2 结果与分析 | 第41-51页 |
| 3.2.1 BAM基因系统进化分析 | 第41-47页 |
| 3.2.2 BAM同源簇之间的功能分化分析 | 第47页 |
| 3.2.3 BAM同源簇之间的适应性进化分析 | 第47-49页 |
| 3.2.4 禾本科植物BAM基因的适应性进化 | 第49-50页 |
| 3.2.5 非生物胁迫下水稻BAM基因的表达谱分析 | 第50-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-54页 |
| 第4章 禾本科植物HSF的适应性进化研究和非生物胁迫下的表达分析 | 第54-72页 |
| 摘要 | 第54页 |
| Abstract | 第54-56页 |
| 4.1 材料与方法 | 第56-60页 |
| 4.1.1 禾本科植物Hsf基因家族成员鉴定 | 第56页 |
| 4.1.2 多序列比对和系统发育树构建 | 第56页 |
| 4.1.3 共线性分析 | 第56-57页 |
| 4.1.4 正选择作用检测 | 第57页 |
| 4.1.5 微阵列数据分析 | 第57页 |
| 4.1.6 基因表达分析 | 第57-60页 |
| 4.1.6.1 植物材料培养与处理 | 第57-58页 |
| 4.1.6.2 实验引物 | 第58页 |
| 4.1.6.3 总RNA提取 | 第58页 |
| 4.1.6.4 第一链cDNA合成 | 第58-59页 |
| 4.1.6.5 PCR扩增 | 第59页 |
| 4.1.6.6 Real-time PCR | 第59-60页 |
| 4.2 结果与分析 | 第60-68页 |
| 4.2.1 禾本科植物Hsf基因系统发育关系 | 第60-62页 |
| 4.2.2 Hsf同源基因簇的适应性进化 | 第62-64页 |
| 4.2.3 重复基因的适应性进化 | 第64页 |
| 4.2.4 水稻Hsf基因在非生物胁迫下的表达谱分析 | 第64-65页 |
| 4.2.5 玉米Hsf基因在非生物胁迫下的表达模式 | 第65-68页 |
| 4.3 讨论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-72页 |
| 附录 | 第72-96页 |
| 附表1 禾本科植物BAM同源基因簇之间功能分化分析 | 第72-74页 |
| 附表2 “分枝-位点”特异性模型下五种禾本科植物BAM因的正选择作用检测 | 第74-80页 |
| 附表3 REAL-TIME PCR中用到的引物 | 第80-82页 |
| 附表4 5种禾本科植物共123个HSF基因信息 | 第82-89页 |
| 附表5 “分枝-位点”特异性模型下禾本科植物HSF重复基因对正选择的检测 | 第89-95页 |
| 附表6 不同非生物胁迫下水稻HSF基因表达模式 | 第95-96页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第96-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
