| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 研究背景 | 第20-40页 |
| 1.1 粉虱传双生病毒 | 第20-25页 |
| 1.1.1 粉虱传双生病毒及其危害 | 第20-23页 |
| 1.1.2 烟粉虱及其危害 | 第23-25页 |
| 1.2 双生病毒检测方法 | 第25-39页 |
| 1.2.1 生物学检测 | 第25-26页 |
| 1.2.2 分子生物学检测 | 第26-29页 |
| 1.2.2.1 核酸杂交技术 | 第26-27页 |
| 1.2.2.2 多聚酶链式反应 | 第27-28页 |
| 1.2.2.3 双链RNA电泳技术 | 第28页 |
| 1.2.2.4 DNA微阵列技术 | 第28-29页 |
| 1.2.3 电子显微镜技术 | 第29-30页 |
| 1.2.4 血清学检测 | 第30-32页 |
| 1.2.5 高通量测序 | 第32-39页 |
| 1.2.5.1 主要的高通量测序平台及其现状 | 第33-35页 |
| 1.2.5.2 高通量测序在病毒研究中的应用 | 第35-39页 |
| 1.3 研究的目的和意义 | 第39-40页 |
| 2 实验材料与实验方法 | 第40-52页 |
| 2.1 烟粉虱采集 | 第40-42页 |
| 2.1.1 烟粉虱采集点的确定 | 第40页 |
| 2.1.2 样品采集的方法 | 第40-41页 |
| 2.1.3 样品采集信息 | 第41-42页 |
| 2.2 烟粉虱样品前处理 | 第42-43页 |
| 2.2.1 试剂盒法提取病毒DNA前处理 | 第42-43页 |
| 2.2.2 快速提取烟粉虱总DNA法 | 第43页 |
| 2.3 QIAamp MinElute Virus Spin kit(QIAGEN)提纯病毒 | 第43-45页 |
| 2.4 病毒DNA的富集 | 第45-46页 |
| 2.5 PCR扩增 | 第46-48页 |
| 2.6 PCR产物纯化 | 第48页 |
| 2.7 连接 | 第48-49页 |
| 2.8 感受态细胞的制备 | 第49-50页 |
| 2.9 转化 | 第50页 |
| 2.10 菌落PCR筛选 | 第50-51页 |
| 2.11 阳性克隆的测序鉴定及序列分析 | 第51-52页 |
| 3 宏基因组测序检测烟粉虱中双生病毒 | 第52-72页 |
| 3.1 材料与方法 | 第52-55页 |
| 3.1.1 测序样品信息 | 第52页 |
| 3.1.2 双生病毒DNA提取与富集 | 第52页 |
| 3.1.3 病毒DNA质量检测 | 第52-53页 |
| 3.1.4 样品的混合及寄送 | 第53-54页 |
| 3.1.5 病毒DNA宏基因组测序及组装 | 第54-55页 |
| 3.1.6 病毒组成的分析 | 第55页 |
| 3.2 结果与分析 | 第55-69页 |
| 3.2.1 病毒DNA的质量检测 | 第55-58页 |
| 3.2.1.1 DNA浓度及总量 | 第55-56页 |
| 3.2.1.2 病毒DNA完整性分析 | 第56-57页 |
| 3.2.1.3 烟粉虱基因组检测 | 第57-58页 |
| 3.2.2 Miseq测序数据产出及质量控制 | 第58-59页 |
| 3.2.3 SPAdes组装结果 | 第59-62页 |
| 3.2.4 病毒种类注释结果 | 第62-69页 |
| 3.3 讨论 | 第69-72页 |
| 4 PCR验证宏基因组测序结果及分析 | 第72-136页 |
| 4.1 材料与方法 | 第72-84页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第72页 |
| 4.1.2 烟粉虱中双生病毒DNA提纯及富集 | 第72页 |
| 4.1.3 引物设计 | 第72-73页 |
| 4.1.4 病毒全长序列的测定 | 第73页 |
| 4.1.5 病毒序列分析 | 第73-74页 |
| 4.1.6 病毒分子的同源性分析 | 第74页 |
| 4.1.7 病毒分子的变异进化研究 | 第74-84页 |
| 4.2 结果与分析 | 第84-133页 |
| 4.2.1 宏基因组测序结果PCR验证 | 第84-97页 |
| 4.2.1.1 粉虱中双生病毒基因组DNAA的检测 | 第84-92页 |
| 4.2.1.2 DNA B检测 | 第92页 |
| 4.2.1.3 病毒卫星检测 | 第92-94页 |
| 4.2.1.4 缺陷型小分子 | 第94-97页 |
| 4.2.2 烟粉虱携带的双生病毒变异进化分析 | 第97-133页 |
| 4.2.2.1 中国胜红蓟黄脉病毒(AYVCNV) | 第97-100页 |
| 4.2.2.2 丁香黄脉病毒(LuYVV) | 第100-102页 |
| 4.2.2.3 云南赛葵黄脉病毒(MYVYnV) | 第102-104页 |
| 4.2.2.4 中国番木瓜曲叶病毒(PaLCuCNV) | 第104-107页 |
| 4.2.2.5 雾水葛金色花叶病毒(PGMV) | 第107-109页 |
| 4.2.2.6 黄花稔曲叶病毒(SiLCV) | 第109-111页 |
| 4.2.2.7 中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV) | 第111-113页 |
| 4.2.2.8 甘薯曲叶病毒(SPLCV) | 第113-118页 |
| 4.2.2.9 云南烟草曲叶病毒(TbLCYnV) | 第118-120页 |
| 4.2.2.10 中国番茄曲叶病毒(ToLCCNV) | 第120-122页 |
| 4.2.2.11 广西番茄曲叶病毒(ToLCGxV) | 第122-124页 |
| 4.2.2.12 中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCCNV) | 第124-127页 |
| 4.2.2.13 番茄黄化曲叶病毒(TYLCV) | 第127-133页 |
| 4.3 讨论 | 第133-136页 |
| 5 粉虱传双生病毒A和越南丁香黄脉病毒的分子鉴定及致病性测定 | 第136-164页 |
| 5.1 材料与方法 | 第136-145页 |
| 5.1.1 病毒来源 | 第136页 |
| 5.1.2 病毒DNA提取 | 第136页 |
| 5.1.3 PCR扩增、克隆以及全基因组DNAA序列测定和分析 | 第136-137页 |
| 5.1.4 DNAB组分、betasatellite和alphasatellite分子的检测 | 第137页 |
| 5.1.5 序列分析 | 第137页 |
| 5.1.6 粉虱传双生病毒A侵染性克隆构建 | 第137-138页 |
| 5.1.7 越南丁香黄脉病毒的侵染性克隆构建 | 第138页 |
| 5.1.8 重组质粒的提取 | 第138-139页 |
| 5.1.9 重组质粒的酶切鉴定 | 第139页 |
| 5.1.10 重组质粒电击转化EHA105 | 第139-140页 |
| 5.1.11 农杆菌接种 | 第140页 |
| 5.1.12 病毒DNA的检测 | 第140-141页 |
| 5.1.13 Southern印迹分析 | 第141-145页 |
| 5.1.13.1 探针标记 | 第141页 |
| 5.1.13.2 DNA转膜 | 第141-142页 |
| 5.1.13.3 杂交 | 第142-143页 |
| 5.1.13.4 显色检测 | 第143-145页 |
| 5.2 结果与分析 | 第145-161页 |
| 5.2.1 双生病毒新种—粉虱传双生病毒A的分子鉴定及致病性测定 | 第145-153页 |
| 5.2.1.1 病毒基因组检测 | 第145-146页 |
| 5.2.1.2 病毒基因组DNAA结构分析 | 第146-147页 |
| 5.2.1.3 病毒基因组DNAA、IR区及ORFs同源性分析 | 第147-148页 |
| 5.2.1.4 病毒基因组DNAA系统进化分析 | 第148-150页 |
| 5.2.1.5 WTGA侵染性克隆在本氏烟上的致病性测定 | 第150-153页 |
| 5.2.2 我国首次发现的双生病毒—越南丁香黄脉病毒的分子鉴定及致病性测定 | 第153-161页 |
| 5.2.2.1 病毒基因组检测 | 第153-154页 |
| 5.2.2.2 病毒基因组DNAA结构分析 | 第154-155页 |
| 5.2.2.3 病毒基因组DNAA、IR区及ORFs同源性分析 | 第155-156页 |
| 5.2.2.4 病毒基因组DNAA系统关系进化分析 | 第156-157页 |
| 5.2.2.5 LuYVVNV侵染性克隆在本氏烟上的致病性测定 | 第157-161页 |
| 5.3 讨论 | 第161-164页 |
| 6 全文小结 | 第164-166页 |
| 参考文献 | 第166-175页 |
| 附录 Ⅰ 论文所用病毒缩写词及中英文对照 | 第175-178页 |
| 附录 Ⅱ 论文所用缩写及中英文对照 | 第178-180页 |
| 附录 Ⅲ 常用缓冲液和培养基配方 | 第180-183页 |
