单核苷酸多态性识别软件设计与实现
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第9-10页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第9-10页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第10页 |
| 1.2 单核苷酸多态性相关知识介绍 | 第10-12页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.4 当前检测SNP方法存在的问题 | 第14页 |
| 1.5 本课题研究内容 | 第14-16页 |
| 第二章 SNP识别相关基础知识 | 第16-29页 |
| 2.1 基因测序技术的发展 | 第16-20页 |
| 2.1.1 第一代测序技术 | 第16-17页 |
| 2.1.2 第二代测序技术 | 第17-20页 |
| 2.1.3 第三代测序技术 | 第20页 |
| 2.2 Linux Centos操作系统 | 第20-21页 |
| 2.3 计算机硬件 | 第21页 |
| 2.4 Torque-PBS管理系统 | 第21-23页 |
| 2.4.1 Torque-PBS系统结构 | 第22页 |
| 2.4.2 Torque-PBS作业调度执行过程 | 第22-23页 |
| 2.5 生物信息学编程语言 | 第23-24页 |
| 2.6 贝叶斯算法 | 第24-25页 |
| 2.6.1 贝叶斯理论的提出 | 第24-25页 |
| 2.6.2 贝叶斯理论的主要公式 | 第25页 |
| 2.7 算法复杂度理论分析 | 第25-26页 |
| 2.7.1 时间复杂度 | 第25-26页 |
| 2.7.2 空间复杂度 | 第26页 |
| 2.8 二代测序数据 | 第26-28页 |
| 2.8.1 FASTQ和FASTA文件 | 第26-27页 |
| 2.8.2 SAM和BAM文件 | 第27-28页 |
| 2.9 本章小结 | 第28-29页 |
| 第三章 软件设计 | 第29-38页 |
| 3.1 软件设计总体结构 | 第29-31页 |
| 3.2 数据预处理 | 第31-32页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第31页 |
| 3.2.2 数据转换 | 第31-32页 |
| 3.3 基因定位 | 第32-34页 |
| 3.4 SNP识别 | 第34-37页 |
| 3.4.1 SNP位点单独处理 | 第35-36页 |
| 3.4.2 SNP位点整体处理 | 第36-37页 |
| 3.5 本章小结 | 第37-38页 |
| 第四章 实验与结果分析 | 第38-45页 |
| 4.1 实验环境 | 第38-39页 |
| 4.2 数据测试 | 第39-44页 |
| 4.2.1 SNP位点单独处理测试 | 第40-41页 |
| 4.2.2 SNP位点整体处理测试 | 第41-42页 |
| 4.2.3 SNP的VCF文件 | 第42-43页 |
| 4.2.4 结果与分析 | 第43-44页 |
| 4.3 本章小结 | 第44-45页 |
| 第五章 总结与展望 | 第45-47页 |
| 5.1 总结 | 第45页 |
| 5.2 展望 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-50页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第50-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
