| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第13-42页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 多肽的分子结构 | 第14-18页 |
| 1.2.1 带电荷残基分布 | 第15-16页 |
| 1.2.2 亲疏水残基分布 | 第16-17页 |
| 1.2.3 氨基酸组成（氨基酸构象倾向） | 第17页 |
| 1.2.4 多肽分子拓扑结构 | 第17-18页 |
| 1.3 多肽的自组装结构 | 第18-22页 |
| 1.3.1 纳米纤维 | 第18-19页 |
| 1.3.2 纳米管 | 第19-20页 |
| 1.3.3 纳米带（介于纳米纤维与纳米管之间的结构） | 第20-21页 |
| 1.3.4 球形纳米结构（纳米球和囊泡） | 第21-22页 |
| 1.4 多肽自组装中的微观作用力 | 第22-28页 |
| 1.4.1 氢键作用 | 第24页 |
| 1.4.2 静电作用 | 第24-25页 |
| 1.4.3 范德华力 | 第25页 |
| 1.4.4 疏水作用 | 第25页 |
| 1.4.5 芳香作用 | 第25-26页 |
| 1.4.6 共价键作用 | 第26-27页 |
| 1.4.7 分子间作用力和分子内作用力 | 第27-28页 |
| 1.5 多肽自组装中的二级结构 | 第28-32页 |
| 1.5.1 α-helix二级结构 | 第28-29页 |
| 1.5.2 β-sheet二级结构 | 第29-30页 |
| 1.5.3 β-turn二级结构 | 第30-31页 |
| 1.5.4 α-sheet二级结构 | 第31页 |
| 1.5.5 Random coil二级结构 | 第31-32页 |
| 1.6 多肽自组装模型 | 第32-34页 |
| 1.6.1 多级自组装模型 | 第32-33页 |
| 1.6.2 纳米带状结构到管状结构转变模型 | 第33页 |
| 1.6.3 表面活性剂自组装模型 | 第33-34页 |
| 1.7 分子模拟在多肽自组装研究中的应用 | 第34-38页 |
| 1.7.1 分子动力学模拟在多肽组装体的结构和性质研究中的应用 | 第34-36页 |
| 1.7.2 加强采样方法在多肽构象研究方面的应用 | 第36-37页 |
| 1.7.3 非平衡动力学模拟在多肽自组装的自由能差计算中的应用 | 第37-38页 |
| 1.7.4 粗粒化方法在多肽自组装中介观尺度问题研究中的应用 | 第38页 |
| 1.8 存在的问题与展望 | 第38-40页 |
| 1.9 选题依据与主要研究内容 | 第40-42页 |
| 第二章 单纯调节序列对多肽自组装形貌的影响 | 第42-84页 |
| 2.1 引言 | 第42-43页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第43-48页 |
| 2.2.1 实验仪器与试剂 | 第43-45页 |
| 2.2.2 多肽固相合成 | 第45页 |
| 2.2.3 多肽纯度鉴定 | 第45-46页 |
| 2.2.4 多肽自组装结构表征 | 第46-47页 |
| 2.2.5 多肽自组装二级结构表征 | 第47-48页 |
| 2.3 分子模拟方法 | 第48-49页 |
| 2.3.1 隐式水模型分子动力学模拟 | 第48页 |
| 2.3.2 显式水模型分子动力学模拟 | 第48-49页 |
| 2.4 模型分子设计 | 第49-51页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第51-82页 |
| 2.5.1 多肽纯度分析 | 第51-53页 |
| 2.5.2 多肽自组装结构 | 第53-60页 |
| 2.5.3 多肽自组装二级结构 | 第60-61页 |
| 2.5.4 β-strand间排列方式 | 第61-74页 |
| 2.5.5 β-sheet间排列方式 | 第74-77页 |
| 2.5.6 分子排列方式确认 | 第77-82页 |
| 2.6 小结 | 第82-84页 |
| 第三章 同分异构氨基酸残基（Isomeric residue）对多肽自组装行为的影响 | 第84-102页 |
| 3.1 引言 | 第84-85页 |
| 3.2 分子模拟方法 | 第85-87页 |
| 3.3 实验方法 | 第87-88页 |
| 3.4 模型分子X3K | 第88-89页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第89-100页 |
| 3.5.1 X3K多肽分子单体的构象倾向 | 第89-93页 |
| 3.5.2 分子间相互作用对X3K分子构象的影响 | 第93-99页 |
| 3.5.3 实验与模拟结果确认 | 第99-100页 |
| 3.6 小结 | 第100-102页 |
| 第四章 旋光异构氨基酸残基（Enantiomeric residue）对多肽自组装形貌的影响 | 第102-122页 |
| 4.1 引言 | 第102-103页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第103-104页 |
| 4.2.1 实验仪器与试剂 | 第103页 |
| 4.2.2 多肽固相合成纯度鉴定 | 第103-104页 |
| 4.2.3 多肽分子自组装结构及二级结构表征 | 第104页 |
| 4.3 分子模拟方法 | 第104页 |
| 4.4 模型分子及分子设计 | 第104-106页 |
| 4.5 结果与讨论 | 第106-121页 |
| 4.5.1 多肽纯度分析 | 第106-107页 |
| 4.5.2 L_4K和L~DLL~DLK多肽分子单体分子结构倾向 | 第107-109页 |
| 4.5.3 分子排列方式REMD模拟结果 | 第109-113页 |
| 4.5.4 实验二级结构分析 | 第113-114页 |
| 4.5.5 自组装结构实验表征 | 第114-115页 |
| 4.5.6 三聚体常规MD模拟结果 | 第115-118页 |
| 4.5.7 MD计算分子排列方式自组装结构倾向 | 第118-121页 |
| 4.6 小结 | 第121-122页 |
| 第五章 多肽自组装中微观相互作用力的竞争效应 | 第122-137页 |
| 5.1 引言 | 第122-123页 |
| 5.2 β-sheet内部相互作用力的竞争 | 第123-126页 |
| 5.3 分子固有构象结构倾向与分子间相互作用的竞争 | 第126-135页 |
| 5.3.1 L_mK模型分子 | 第126-127页 |
| 5.3.2 模拟方法 | 第127页 |
| 5.3.3 分子长度对分子聚集的影响 | 第127-130页 |
| 5.3.4 分子间相互作用力对残基构象的影响 | 第130-131页 |
| 5.3.5 分子间相互作用力对分子主链几何形状的影响 | 第131-132页 |
| 5.3.6 分子间相互作用力对氢键形成的影响 | 第132-133页 |
| 5.3.7 分子间相互作用力对分子伸展状态的影响 | 第133-134页 |
| 5.3.8 LmK（m=4 和 5）模拟与实验结果确认 | 第134-135页 |
| 5.4 小结 | 第135-137页 |
| 结论 | 第137-140页 |
| 参考文献 | 第140-154页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第154-156页 |
| 致谢 | 第156-157页 |
| 作者简介 | 第157页 |
