| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-12页 |
| 1.1 概述 | 第10-11页 |
| 1.2 研究对象 | 第11页 |
| 1.3 研究意义 | 第11-12页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第12-23页 |
| 2.1 Born-Oppenheimer 近似 | 第12-13页 |
| 2.2 力场 | 第13-14页 |
| 2.2.1 力场的组成和定义 | 第13-14页 |
| 2.2.2 力场的能量表示 | 第14页 |
| 2.2.3 常用的力场模型 | 第14页 |
| 2.3 分子力学 | 第14-16页 |
| 2.3.1 优化的概念 | 第15页 |
| 2.3.2 优化算法 | 第15-16页 |
| 2.4 分子动力学 | 第16-22页 |
| 2.4.1 分子动力学的基本原理 | 第16-17页 |
| 2.4.2 积分算法 | 第17-19页 |
| 2.4.3 长程相互作用 | 第19-20页 |
| 2.4.4 周期性边界条件 | 第20-21页 |
| 2.4.5 恒温恒压分子动力学模拟的实现 | 第21页 |
| 2.4.6 分子动力学模拟的基本步骤 | 第21-22页 |
| 2.5 主成分分析 | 第22-23页 |
| 第三章 分子动力学模拟研究环境对人类 防御素嵌合蛋白 C3 结构的影响 | 第23-42页 |
| 3.1 引言 | 第23-24页 |
| 3.2 计算方法和步骤 | 第24-25页 |
| 3.2.1 体系的建立 | 第24页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第24-25页 |
| 3.2.3 主成分分析 | 第25页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第25-41页 |
| 3.3.1 温度对 C3 蛋白动力学行为的影响 | 第25-35页 |
| 3.3.2 膜环境对 C3 蛋白动力学行为的影响以及蛋白抗菌机理的推测 | 第35-41页 |
| 3.4 结论 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-51页 |
| 个人简历及攻读学位期间发表论文 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52页 |