| 主要缩略语与符号一览表 | 第12-15页 |
| 中文摘要 | 第15-19页 |
| ABSTRACT | 第19-24页 |
| 第一章 文献综述 | 第25-70页 |
| 第一节 奶牛营养代谢研究现状 | 第26-36页 |
| 1 饲草资源开发及其利用现状 | 第26-30页 |
| 1.1 我国奶业发展现状 | 第26页 |
| 1.2 饲草利用现状分析 | 第26-30页 |
| 2 奶牛营养代谢研究进展及局限 | 第30-36页 |
| 2.1 机体层面奶牛营养代谢研究进展 | 第30-31页 |
| 2.2 器官组织层面奶牛营养代谢研究进展 | 第31-32页 |
| 2.3 细胞分子层面奶牛营养代谢研究进展 | 第32-35页 |
| 2.4 奶牛营养代谢研究局限 | 第35-36页 |
| 第二节 组学技术及其应用 | 第36-54页 |
| 1 代谢组学与代谢-外部表型关系研究 | 第36-42页 |
| 1.1 代谢组学概念 | 第36页 |
| 1.2 代谢组学研究流程 | 第36-39页 |
| 1.3 代谢组学在奶牛表型关系研究中的应用 | 第39-42页 |
| 2 宏基因组学与微生物代谢研究 | 第42-47页 |
| 2.1 宏基因组学的起源与发展 | 第42-43页 |
| 2.2 微生物宏基因组学分析流程 | 第43-45页 |
| 2.3 瘤胃微生物宏基因组学研究 | 第45-47页 |
| 3 基于RNA-Seq的转录组学及其应用 | 第47-54页 |
| 3.1 RNA-Seq的原理及基本步骤 | 第48-51页 |
| 3.2 RNA-Seq应用 | 第51-54页 |
| 第三节 系统生物学与奶牛营养研究 | 第54-68页 |
| 1 系统生物学的内涵及特点 | 第54-57页 |
| 2 多组学系统生物学研究 | 第57-61页 |
| 2.1 多组学在系统生物学中的应用 | 第57-58页 |
| 2.2 多组学整合分析的研究工具 | 第58-59页 |
| 2.3 代谢组学在多组学系统生物学中的优势 | 第59-61页 |
| 3 多组学系统生物学在动物研究中的应用 | 第61-68页 |
| 3.1 肠道微生物系统研究 | 第61-65页 |
| 3.2 系统生物学在动物基因组研究中的应用 | 第65-68页 |
| 第四节 本研究的目的、意义和内容 | 第68-70页 |
| 1 本研究的目的和意义 | 第68页 |
| 2 研究内容 | 第68-70页 |
| 第二章 基于不同体液代谢组研究奶牛机体系统代谢机理 | 第70-106页 |
| 第一节 饲喂不同质量粗饲料奶牛的泌乳性能和血液生化指标 | 第71-77页 |
| 1 材料与方法 | 第71-74页 |
| 1.1 试验动物 | 第71页 |
| 1.2 试验日粮及设计 | 第71-73页 |
| 1.3 样品采集与测定 | 第73-74页 |
| 1.4 统计分析 | 第74页 |
| 2 试验结果 | 第74-76页 |
| 2.1 采食量和泌乳性能 | 第74页 |
| 2.2 血液生化指标 | 第74-76页 |
| 3 讨论 | 第76页 |
| 4 小结 | 第76-77页 |
| 第二节 奶牛瘤胃液、血清、牛奶和尿液代谢组学分析 | 第77-97页 |
| 1 材料与方法 | 第77-80页 |
| 1.1 试验动物及试验设计 | 第77页 |
| 1.2 样品采集及保存 | 第77页 |
| 1.3 仪器与试剂 | 第77-78页 |
| 1.4 试验测定方法 | 第78页 |
| 1.5 数据前处理与分析 | 第78-79页 |
| 1.6 差异化合物和关键通路筛选 | 第79-80页 |
| 2 试验结果 | 第80-92页 |
| 2.1 不同体液代谢轮廓 | 第80-83页 |
| 2.2 四体液共有物质的代谢通路 | 第83-84页 |
| 2.3 日粮间代谢组多变量分析结果 | 第84-86页 |
| 2.4 两组日粮间显著差异的代谢物质和关键代谢通路 | 第86-91页 |
| 2.5 整合关键代谢通路 | 第91-92页 |
| 3 讨论 | 第92-96页 |
| 4 小结 | 第96-97页 |
| 第三节 不同体液代谢组学整合分析 | 第97-106页 |
| 1 材料与方法 | 第97-98页 |
| 1.1 试验基本概况 | 第97页 |
| 1.2 数据分析方法 | 第97-98页 |
| 2 试验结果 | 第98-103页 |
| 2.1 泌乳性能 | 第98页 |
| 2.2 四种体液间代谢物质的统计分析结果 | 第98-100页 |
| 2.3 显著差异代谢物质的鉴定 | 第100-102页 |
| 2.4 关键代谢通路和功能分析 | 第102-103页 |
| 3 讨论 | 第103-105页 |
| 4 小结 | 第105-106页 |
| 第三章 宏基因组-代谢组研究奶牛瘤胃代谢的分子机制 | 第106-130页 |
| 第一节 奶牛瘤胃微生物多样性和功能的宏基因组学研究 | 第108-123页 |
| 1 材料与方法 | 第108-111页 |
| 1.1 试验动物,试验日粮,试验设计及样品采集 | 第108页 |
| 1.2 试验方法 | 第108-110页 |
| 1.3 数据预处理与统计分析 | 第110-111页 |
| 1.4 微生物多样性与功能分析 | 第111页 |
| 2 试验结果 | 第111-121页 |
| 2.1 不同质量粗饲料条件下瘤胃液挥发性脂肪酸差异 | 第111-112页 |
| 2.2 不同质量粗饲料条件下瘤胃微生物多样性 | 第112-114页 |
| 2.3 不同质量粗饲料条件下差异微生物 | 第114-116页 |
| 2.4 不同质量粗饲料条件下瘤胃微生物功能差异 | 第116-121页 |
| 3 讨论 | 第121-122页 |
| 4 小结 | 第122-123页 |
| 第二节 瘤胃代谢组-宏基因组关联分析 | 第123-130页 |
| 1 材料与方法 | 第123页 |
| 1.1 数据来源 | 第123页 |
| 1.2 分析方法 | 第123页 |
| 2 试验结果 | 第123-126页 |
| 2.1 瘤胃微生物代谢物质及通路 | 第123-124页 |
| 2.2 瘤胃差异代谢物质及关键微生物关联 | 第124-126页 |
| 3 讨论 | 第126-129页 |
| 4 小结 | 第129-130页 |
| 第四章 代谢组-转录组研究奶牛肝脏关键代谢功能差异 | 第130-151页 |
| 第一节 肝脏组织代谢差异的代谢组学分析研究 | 第131-141页 |
| 1 材料与方法 | 第131-132页 |
| 1.1 试验动物,试验日粮,试验设计及样品采集 | 第131页 |
| 1.2 仪器与试剂 | 第131页 |
| 1.3 试验方法 | 第131-132页 |
| 1.4 数据前处理及多元变量分析 | 第132页 |
| 2 试验结果 | 第132-136页 |
| 2.1 奶牛肝脏组织GC-TOF/MS代谢组学轮廓 | 第132-133页 |
| 2.2 不同质量粗饲料下肝脏代谢组多变量分析结果 | 第133页 |
| 2.3 不同质量粗料下奶牛肝脏组织中差异代谢物质 | 第133-135页 |
| 2.4 不同质量粗料下奶牛肝脏组织中代谢通路分析 | 第135-136页 |
| 3 讨论 | 第136-139页 |
| 4 小结 | 第139-141页 |
| 第二节 肝脏关键代谢功能的代谢组与转录组整合分析 | 第141-151页 |
| 1 材料与方法 | 第141-143页 |
| 1.1 试验动物,试验日粮,试验设计及样品采集 | 第141页 |
| 1.2 转录组数据分析 | 第141-142页 |
| 1.3 代谢组-转录组整合分析 | 第142-143页 |
| 2 试验结果 | 第143-147页 |
| 2.1 不同质量粗料下奶牛肝脏组织RNA-Seq结果 | 第143-144页 |
| 2.2 代谢组-转录组整合分析 | 第144-147页 |
| 3 讨论 | 第147-150页 |
| 4 小结 | 第150-151页 |
| 第五章 代谢组-转录组研究奶牛乳腺关键代谢功能差异 | 第151-168页 |
| 第一节 乳腺组织代谢差异的代谢组学分析研究 | 第152-159页 |
| 1 材料与方法 | 第152页 |
| 1.1 试验动物,试验日粮,试验设计及样品采集 | 第152页 |
| 1.2 代谢组学测定方法 | 第152页 |
| 2 试验结果 | 第152-156页 |
| 2.1 奶牛乳腺组织GC-TOF/MS代谢组学轮廓 | 第152-153页 |
| 2.2 不同质量粗饲料下乳腺代谢组多变量分析结果 | 第153-154页 |
| 2.3 不同质量粗料下奶牛乳腺组织中差异代谢物质 | 第154-155页 |
| 2.4 不同质量粗料下奶牛乳腺组织中代谢通路分析 | 第155-156页 |
| 3 讨论 | 第156-158页 |
| 4 小结 | 第158-159页 |
| 第二节 乳腺关键代谢功能的代谢组与转录组整合分析 | 第159-168页 |
| 1 材料与方法 | 第159页 |
| 1.1 试验动物,试验日粮,试验设计及样品采集 | 第159页 |
| 1.2 试验方法及数据分析 | 第159页 |
| 2 试验结果 | 第159-164页 |
| 2.1 不同质量粗料下奶牛乳腺组织RNA-Seq结果 | 第159-160页 |
| 2.2 代谢组-转录组整合分析 | 第160-164页 |
| 3 讨论 | 第164-167页 |
| 4 小结 | 第167-168页 |
| 第六章 基于多组学结果的奶牛营养调控研究 | 第168-176页 |
| 1 材料与方法 | 第168-170页 |
| 1.1 试验动物及日粮设计 | 第168-169页 |
| 1.2 数据分析 | 第169页 |
| 1.3 经济和环境效益评估 | 第169-170页 |
| 2 试验结果 | 第170-172页 |
| 2.1 生产性能结果 | 第170-171页 |
| 2.2 经济及环境指标评价 | 第171-172页 |
| 3 讨论 | 第172-175页 |
| 4 小结 | 第175-176页 |
| 提示、创新点及后续研究展望 | 第176-178页 |
| 参考文献 | 第178-203页 |
| 致谢 | 第203-206页 |
| 个人简历 | 第206-208页 |
| 博士期间发表论文情况 | 第208-209页 |
