| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩写表 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-35页 |
| 1.1 海岛棉生产现状 | 第12-16页 |
| 1.1.1 海岛棉生产在我国棉花产业中的地位 | 第13页 |
| 1.1.2 我国海岛棉生产区自然生态条件 | 第13-15页 |
| 1.1.3 新疆海岛棉品质和产量 | 第15页 |
| 1.1.4 新疆海岛棉生产面临的困难 | 第15-16页 |
| 1.1.5 新疆海岛棉病害 | 第16页 |
| 1.2 棉花分子标记技术研究进展 | 第16-21页 |
| 1.2.1 分子标记技术简介 | 第16-18页 |
| 1.2.2 棉花抗病性分子标记技术研究进展 | 第18-20页 |
| 1.2.3 棉花纤维品质性状分子标记技术研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2.4 棉花其他性状分子标记技术研究进展 | 第21页 |
| 1.3 棉花遗传多样性研究进展 | 第21-25页 |
| 1.4 棉花纤维品质基因功能标记的开发 | 第25-27页 |
| 1.4.1 功能性分子标记的概念、特点 | 第25-26页 |
| 1.4.2 功能性分子标记的开发方法 | 第26-27页 |
| 1.4.3 棉花在纤维品质基因功能标记的开发 | 第27页 |
| 1.4.4 棉花在其他性状功能标记的开发 | 第27页 |
| 1.5 棉花蛋白组分析 | 第27-34页 |
| 1.5.1 棉纤维发育的蛋白质组分析 | 第27-29页 |
| 1.5.2 棉花逆境相关蛋白质组学研究进展 | 第29-31页 |
| 1.5.3 彩色棉相关蛋白质组学研究 | 第31页 |
| 1.5.4 蛋白质组学研究常用方法 | 第31-34页 |
| 1.6 研究目的和意义 | 第34-35页 |
| 第二章 海岛棉和陆地棉纤维发育 iTRAQ 定量蛋白组学分析 | 第35-56页 |
| 2.1 材料 | 第36页 |
| 2.2 方法 | 第36-40页 |
| 2.2.1 蛋白质提取过程 | 第36页 |
| 2.2.2 蛋白质浓度测量 | 第36页 |
| 2.2.3 SDS 电泳 | 第36-37页 |
| 2.2.4 蛋白质酶解 | 第37页 |
| 2.2.5 iTRAQ 标记 | 第37页 |
| 2.2.6 SCX 分离 | 第37-38页 |
| 2.2.7 基于 LTQ Orbitrap HCD 的 LC-ESI-MSMS 分析 | 第38页 |
| 2.2.8 蛋白数据的生物信息学分析 | 第38-40页 |
| 2.3 结果与分析 | 第40-53页 |
| 2.3.1 蛋白质鉴定 | 第40-44页 |
| 2.3.2 差异蛋白定量信息统计 | 第44-45页 |
| 2.3.3 蛋白质丰度比分布 | 第45-46页 |
| 2.3.4 蛋白质的 GO、COG 注释以及表达谱和差异蛋白的 overlap 关系 | 第46-49页 |
| 2.3.5 差异蛋白的功能聚类分析结果 | 第49-53页 |
| 2.4 讨论 | 第53-56页 |
| 2.4.1 苯丙烷和木质素代谢途径在棉花纤维发育中的重要作用 | 第53-54页 |
| 2.4.2 蛋白在棉花纤维发育中的功能 | 第54-56页 |
| 第三章 海岛棉表型遗传多样性分析 | 第56-65页 |
| 3.1 实验材料 | 第56-57页 |
| 3.1.1 供试材料 | 第56页 |
| 3.1.2 田间实验设计 | 第56-57页 |
| 3.2 实验方法 | 第57页 |
| 3.2.1 农艺性状的调查 | 第57页 |
| 3.2.2 数据分析 | 第57页 |
| 3.3 结果分析 | 第57-63页 |
| 3.3.1 海岛棉表型遗传多样性分析 | 第57-61页 |
| 3.3.2 群体结构分析 | 第61-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-65页 |
| 3.4.1 近 50 年来新疆海岛棉品种遗传多样性变化趋势 | 第63-64页 |
| 3.4.2 新疆海岛棉品种的遗传演变 | 第64-65页 |
| 第四章 海岛棉分子标记遗传多样性分析 | 第65-77页 |
| 4.1 实验材料 | 第65-66页 |
| 4.2 实验方法 | 第66-69页 |
| 4.2.1 CTAB 法提取棉花基因组 DNA | 第66页 |
| 4.2.2 棉花基因组 DNA 纯度和浓度检测 | 第66页 |
| 4.2.3 PCR 反应 | 第66-68页 |
| 4.2.4 PCR 扩增产物检测 | 第68-69页 |
| 4.2.5 数据分析 | 第69页 |
| 4.3 结果分析 | 第69-74页 |
| 4.3.1 不同类型种质间遗传多样性的比较 | 第69-72页 |
| 4.3.2 产量和品质性状的关联分析 | 第72-74页 |
| 4.4 讨论 | 第74-77页 |
| 4.4.1 关联分析对解析复杂数量性状的优势 | 第74-75页 |
| 4.4.2 关联分析方法发掘植物数量性状基因的趋势 | 第75-77页 |
| 第五章 全文结论 | 第77-81页 |
| 5.1 海岛棉和陆地棉棉纤维组织分别在开花 5、10、15、25 天的纤维差异蛋白 | 第77页 |
| 5.2 在表达谱水平上差异蛋白的功能聚类特点，富集区域及通道均不同 | 第77-78页 |
| 5.3 海岛棉表型遗传多样性丰富，无论是国内材料还是国外材料在产量和品质性状上都显示出丰富的变异 | 第78-79页 |
| 5.4 海岛棉不同类群具有各自独立的遗传结构，可充分利用不同类群间的遗传差异增强杂种优势 | 第79页 |
| 5.5 海岛棉种质间 SSR 标记的遗传多样性差异显著，吐鲁番地区农科所的品种遗传多样性显著高于其他地区的品种 | 第79页 |
| 5.6 SSR 标记与多个产量和品质性状显著关联，检测到 22 次关联达到显著水平 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-93页 |
| 附表 | 第93-96页 |
| 附图 | 第96-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 作者简介 | 第99页 |
