| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 缩略词表（Abbreviation） | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-34页 |
| 1 研究问题的由来 | 第13-14页 |
| 2 文献综述 | 第14-33页 |
| 2.1 选择信号检测概述 | 第14-21页 |
| 2.1.1 选择信号的概念 | 第14页 |
| 2.1.2 选择信号的检测方法 | 第14-17页 |
| 2.1.3 高通量技术在畜禽选择信号中的应用 | 第17-20页 |
| 2.1.4 选择信号研究展望 | 第20-21页 |
| 2.2 拷贝数变异概述 | 第21-33页 |
| 2.2.1 拷贝数变异（CNV）的发现 | 第21-22页 |
| 2.2.2 CNV的形成机制 | 第22-24页 |
| 2.2.3 CNV的作用机制 | 第24-25页 |
| 2.2.4 CNV的研究方法 | 第25-30页 |
| 2.2.5 CNV在畜禽中的研究进展 | 第30-32页 |
| 2.2.6 猪中CNV的研究现状与不足 | 第32-33页 |
| 3 研究的目的与意义 | 第33-34页 |
| 第二章 中外猪品种全基因组选择区域分析 | 第34-66页 |
| 1 引言 | 第34-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-40页 |
| 2.1 技术路线 | 第35页 |
| 2.2 材料 | 第35-37页 |
| 2.3 方法 | 第37-40页 |
| 2.3.1 中国野猪和欧洲野猪SNP数据获取及与芯片数据合并 | 第37页 |
| 2.3.2 遗传多样性分析 | 第37页 |
| 2.3.3 群体结构分析 | 第37-38页 |
| 2.3.4 纯合度运行分析 | 第38页 |
| 2.3.5 选择信号分析 | 第38-40页 |
| 3 结果 | 第40-63页 |
| 3.1 SNP数据筛选结果 | 第40-41页 |
| 3.2 群体结构及遗传距离分析 | 第41-47页 |
| 3.2.1 各家猪品种遗传变异情况 | 第41页 |
| 3.2.2 各家猪品种和野猪的群体结构分析 | 第41-44页 |
| 3.2.3 主成分判别分析 | 第44页 |
| 3.2.4 中外野猪、家猪品种286个体的邻接树分析 | 第44-45页 |
| 3.2.5 中外猪品种的ROH分析 | 第45-47页 |
| 3.3 中外猪品种全基因组选择区域 | 第47-63页 |
| 3.3.1 中外猪品种常染色体选择区域 | 第47-49页 |
| 3.3.2 中国地方猪群体常染色体上选择区域 | 第49-52页 |
| 3.3.3 巴马香猪和五指山猪常染色体选择区域分析 | 第52-59页 |
| 3.3.4 莱芜猪常染色体选择区域分析 | 第59-63页 |
| 4 讨论 | 第63-66页 |
| 4.1 中西方猪种经历了不同模式的驯化和选择 | 第63页 |
| 4.2 ROH与iHS方法及其与选择信号的关系 | 第63-64页 |
| 4.3 中国地方猪种选择区域与免疫性状分析 | 第64-65页 |
| 4.4 中国地方猪种选择区域与繁殖性状分析 | 第65-66页 |
| 第三章 中外猪种全基因组拷贝数变异分析 | 第66-94页 |
| 1 引言 | 第66-67页 |
| 2 材料与方法 | 第67-79页 |
| 2.1 技术路线 | 第67页 |
| 2.2 材料 | 第67-69页 |
| 2.2.1 样本来源 | 第67-68页 |
| 2.2.2 仪器与设备 | 第68页 |
| 2.2.3 主要试剂及配制 | 第68-69页 |
| 2.2.4 主要分子生物学软件和统计软件 | 第69页 |
| 2.3 方法 | 第69-79页 |
| 2.3.1 猪全基因组DNA提取 | 第69-71页 |
| 2.3.2 猪DNA样品与SNP芯片杂交 | 第71-72页 |
| 2.3.3 猪SNP位点的分型与筛选 | 第72-73页 |
| 2.3.4 使用PennCNV检测样本CNV | 第73-74页 |
| 2.3.5 CNVR的合并与CNV图谱的绘制 | 第74-75页 |
| 2.3.6 CNVR中功能基因的发掘 | 第75页 |
| 2.3.7 qPCR验证猪CNV | 第75-79页 |
| 3 结果 | 第79-91页 |
| 3.1 SNP芯片分型质量控制 | 第79-80页 |
| 3.2 中外猪品种基因组CNV检测结果 | 第80-89页 |
| 3.2.1 使用PennCNV方法在中外不同品种中检测CNV | 第80-81页 |
| 3.2.2 猪全基因组CNVs图谱构建 | 第81-83页 |
| 3.2.3 CNV在品种和个体间的差异 | 第83-84页 |
| 3.2.4 CNV区域内包含的基因及其功能划分 | 第84-86页 |
| 3.2.5 CNV区域的QPCR验证 | 第86-88页 |
| 3.2.6 两个中国小型猪与其他中国地方猪种的CNV差异 | 第88-89页 |
| 3.2.7 CNV在中外猪种中的差异 | 第89页 |
| 3.3 拷贝数变异区域与中国地方品种选择区域的联合分析 | 第89-91页 |
| 4 讨论 | 第91-94页 |
| 4.1 关于使用SNP芯片及PennCNV算法检测猪全基因组CNV | 第91-92页 |
| 4.2 CNVR内基因及功能 | 第92-93页 |
| 4.3 CNV与品种特性 | 第93-94页 |
| 第四章 全文小结 | 第94-96页 |
| 1 本研究的主要结论 | 第94-95页 |
| 2 本研究的创新点与特色 | 第95页 |
| 3 本研究的不足之处与进一步工作的建议 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-110页 |
| 附录 | 第110-143页 |
| 致谢 | 第143-147页 |
| 个人简历 | 第147-154页 |
