| 摘要 | 第1-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-33页 |
| 1. 鲌亚科鱼类研究进展 | 第15-22页 |
| ·鲌亚科系统位置及其单系性 | 第15-17页 |
| ·鲌亚科鱼类属间系统发育关系 | 第17-19页 |
| ·形态学研究 | 第17-19页 |
| ·分子系统学研究 | 第19页 |
| ·鲌亚科鱼类地理分布 | 第19-20页 |
| ·鲌亚科鱼类生态学研究概况 | 第20-21页 |
| ·鲌亚科鱼类起源与演化 | 第21-22页 |
| 2. 厚颌鲂及其遗传多样性研究 | 第22-24页 |
| ·厚颌鲂繁殖生态学研究 | 第23页 |
| ·厚颌鲂种群资源利用现状与保护 | 第23-24页 |
| ·厚颌鲂遗传多样性研究 | 第24页 |
| 3. 分子标记 | 第24-30页 |
| ·线粒体基因组 | 第24-26页 |
| ·线粒体基因组的结构与特点 | 第24-25页 |
| ·不同线粒体DNA片段的系统重建能力比较研究 | 第25-26页 |
| ·微卫星标记及其在鱼类遗传学中的应用 | 第26-30页 |
| ·微卫星的结构及类型 | 第26-27页 |
| ·微卫星的特点 | 第27-28页 |
| ·基于454测序技术开发微卫星 | 第28-30页 |
| 4. 本研究的目的及意义 | 第30-33页 |
| 第2章 狭义鲌亚科及其相关类群系统发育关系研究 | 第33-73页 |
| 1. 引言 | 第33-35页 |
| 2. 材料与方法 | 第35-40页 |
| ·实验样品 | 第35-36页 |
| ·实验方法 | 第36-37页 |
| ·总DNA提取 | 第36页 |
| ·PCR扩增 | 第36-37页 |
| ·测序 | 第37页 |
| ·数据分析 | 第37-38页 |
| ·序列拼接与注释 | 第37页 |
| ·数据集的分区处理及其进化模型选择 | 第37-38页 |
| ·序列的初步分析 | 第38页 |
| ·系统发育分析 | 第38-40页 |
| ·贝叶斯推断法(BI)分析 | 第38-39页 |
| ·最大似然法(ML)分析 | 第39页 |
| ·拓扑结构的检验 | 第39页 |
| ·单基因片段的贡献度(Partitioned Bremer Support,PBS)分析 | 第39-40页 |
| ·分子钟估算 | 第40页 |
| ·标定点的选择 | 第40页 |
| 3. 结果 | 第40-45页 |
| ·线粒体基因组特征 | 第40-41页 |
| ·序列分析 | 第41-42页 |
| ·不同分区策略下的系统发育结果比较 | 第42页 |
| ·分子系统发育结果 | 第42-44页 |
| ·鲤科系统发育关系 | 第43页 |
| ·狭义鲌亚科及相关类群系统发育关系 | 第43-44页 |
| ·拓扑结构检验 | 第44页 |
| ·单基因片段系统发育能力的评估结果 | 第44-45页 |
| ·鲤科鱼类的支系分化时间 | 第45页 |
| 4. 讨论 | 第45-52页 |
| ·不同分区策略对系统发育分析的影响 | 第45-46页 |
| ·线粒体基因组中单基因片段的系统发育重建能力 | 第46-48页 |
| ·狭义鲌亚科及其相关类群的系统发育关系 | 第48-51页 |
| ·狭义鲌亚科的单系性 | 第48页 |
| ·狭义鲌亚科及其相关类群的系统发育关系 | 第48-49页 |
| ·鲂属、华鳊属的单系性 | 第49-51页 |
| ·分化时间 | 第51-52页 |
| 5. 小结 | 第52-54页 |
| 附图表 | 第54-73页 |
| 第3章 基于454高通量测序技术开发厚颌鲂微卫星标记 | 第73-97页 |
| 1. 引言 | 第73-74页 |
| 2. 材料与方法 | 第74-77页 |
| ·实验样品 | 第74页 |
| ·总DNA提取 | 第74页 |
| ·基于454测序技术的厚颌鲂基因组测序 | 第74页 |
| ·厚颌鲂基因组微卫星数据分析 | 第74页 |
| ·微卫星筛选原则 | 第74-75页 |
| ·微卫星引物设计 | 第75-76页 |
| ·微卫星多态性筛选及跨种扩增 | 第76-77页 |
| ·PCR扩增 | 第76页 |
| ·微卫星多态性检测 | 第76-77页 |
| ·跨种扩增检测 | 第77页 |
| ·数据分析 | 第77页 |
| 3. 结果 | 第77-79页 |
| ·厚颌鲂基因组中微卫星含量统计 | 第77-78页 |
| ·厚颌鲂多态性微卫星标记开发 | 第78-79页 |
| ·跨种扩增结果 | 第79页 |
| 4. 讨论 | 第79-82页 |
| ·基于454测序技术的微卫星标记筛选 | 第79-80页 |
| ·厚颌鲂不同类型微卫星的多态性比较 | 第80页 |
| ·无效等位基因 | 第80-81页 |
| ·哈迪-温伯格平衡 | 第81页 |
| ·厚颌鲂龙溪河群体遗传多样性分析 | 第81-82页 |
| ·跨种扩增分析 | 第82页 |
| 5. 小结 | 第82-84页 |
| 附图表 | 第84-97页 |
| 第4章 厚颌鲂两个野生群体遗传多样性分析 | 第97-107页 |
| 1. 引言 | 第97-98页 |
| 2. 材料与方法 | 第98-100页 |
| ·实验样品 | 第98页 |
| ·引物设计 | 第98页 |
| ·实验方法 | 第98-100页 |
| ·总DNA提取 | 第98-99页 |
| ·PCR扩增 | 第99页 |
| ·测序 | 第99-100页 |
| ·数据分析 | 第100页 |
| ·群体遗传结构的微卫星分析 | 第100页 |
| ·群体遗传结构的线粒体DNA分析 | 第100页 |
| 3. 结果 | 第100-101页 |
| ·厚颌鲂龙溪河群体与球溪河群体的遗传多样性 | 第100-101页 |
| ·厚颌鲂龙溪河群体与球溪河群体间的遗传分化 | 第101页 |
| 4. 讨论 | 第101-102页 |
| ·遗传标记的选择 | 第101页 |
| ·哈迪-温伯格平衡 | 第101-102页 |
| ·遗传多样性 | 第102页 |
| ·遗传分化 | 第102页 |
| 5. 小结 | 第102-104页 |
| 附表 | 第104-107页 |
| 参考文献 | 第107-127页 |
| 致谢 | 第127-129页 |
| 在校期间科研实践情况 | 第129-130页 |