| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-14页 |
| ·研究背景与意义 | 第10-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-12页 |
| ·论文结构 | 第12-14页 |
| 第2章 RNA 及其二级结构相关内容 | 第14-27页 |
| ·RNA 及其结构基本知识 | 第14-17页 |
| ·RNA 的构成 | 第14-15页 |
| ·RNA 的种类和功能 | 第15-16页 |
| ·RNA 的分子结构 | 第16-17页 |
| ·RNA 二级结构表示方法 | 第17-20页 |
| ·平面图表示法 | 第17-18页 |
| ·点括号表示法 | 第18-19页 |
| ·三元组表示法 | 第19页 |
| ·弧线图表示法 | 第19-20页 |
| ·RNA 二级结构相关定义及各部分能量计算 | 第20-25页 |
| ·茎区 | 第20-21页 |
| ·发卡环 | 第21-22页 |
| ·凸环 | 第22-23页 |
| ·内环 | 第23-24页 |
| ·多分枝环 | 第24-25页 |
| ·RNA 二级结构中的假结 | 第25-27页 |
| 第3章 RNA 二级结构预测算法分析 | 第27-35页 |
| ·多序列比对算法 | 第27-28页 |
| ·共变模型 | 第27-28页 |
| ·随机上下文无关语法模型 | 第28页 |
| ·动态规划算法 | 第28-29页 |
| ·启发式算法 | 第29-33页 |
| ·贪婪算法 | 第29-30页 |
| ·遗传算法 | 第30-31页 |
| ·神经网络算法 | 第31-32页 |
| ·Hotknots 算法 | 第32页 |
| ·DotKnot 算法 | 第32-33页 |
| ·算法优缺点分析 | 第33-35页 |
| 第4章 RNA 二级结构中假结的预测算法研究 | 第35-49页 |
| ·假结数据收集 | 第35-36页 |
| ·假结结构特征分析 | 第36-41页 |
| ·假结个数与长度的关系 | 第36-37页 |
| ·假结茎区特征分析 | 第37-40页 |
| ·特征分析总结 | 第40-41页 |
| ·假结能量模型优化 | 第41-43页 |
| ·假结能量模型 | 第41-42页 |
| ·能量参数优化 | 第42-43页 |
| ·假结特征算法描述 | 第43-46页 |
| ·使用最小自由能算法筛选出最优结构 | 第43-45页 |
| ·使用假结能量模型选择假结 | 第45-46页 |
| ·实验结果与比较 | 第46-49页 |
| ·评测标准 | 第46-47页 |
| ·与 Hotknots、PknotsRG 实验结果对比 | 第47-49页 |
| 第5章 总结与展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-53页 |
| 作者简介 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54页 |