| 论文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-27页 |
| §1.1 生物信息学概述 | 第15-19页 |
| §1.2 酶的概述 | 第19-23页 |
| §1.2.1 酶的概念、组成及特点 | 第19-20页 |
| §1.2.2 酶的活性中心 | 第20-21页 |
| §1.2.3 酶与生活的关系 | 第21-23页 |
| §1.2.3.1 酶在生物体内 | 第21-22页 |
| §1.2.3.2 酶与疾病 | 第22-23页 |
| §1.2.3.3 酶在生活中 | 第23页 |
| §1.3 计算机分子模拟技术 | 第23-25页 |
| §1.4 研究目的及内容 | 第25-27页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第27-47页 |
| § 2.1 量子化学 | 第27-44页 |
| §2.1.1 定态 Shr dinger 方程 | 第27-28页 |
| §2.1.2 分子轨道法在物理模型上的三个基本近似 | 第28-33页 |
| §2.1.3 密度泛函理论(DFT) | 第33-39页 |
| §2.1.4 振动频率的计算 | 第39-41页 |
| §2.1.5 IRC 近似 | 第41-42页 |
| §2.1.6 溶剂效应 | 第42-44页 |
| §2.2 计算方法 | 第44-47页 |
| §2.2.1 量子化学方法 | 第44-45页 |
| §2.2.2 量子力学/分子力学方法(QM/MM methods) | 第45-47页 |
| 第三章 N5-羧基氨基咪唑核苷酸变位酶催化重排反应机理的理论研究 | 第47-65页 |
| §3.1 引言 | 第47-49页 |
| §3.2 计算方法 | 第49-50页 |
| §3.3 量子化学计算模型 | 第50-51页 |
| §3.4 结果与讨论 | 第51-64页 |
| §3.4.1 N5-CAIR 的脱羧反应 | 第51-57页 |
| §3.4.2 AIR 的羧化反应 | 第57-61页 |
| §3.4.3 Class II PurE——AIR 羧化酶 | 第61-64页 |
| §3.5 本章小结 | 第64-65页 |
| 第四章 关于α－甲酰基辅酶A消旋酶催化1,1-质子转移反应的量子化学计算研究 | 第65-79页 |
| §4.1 引言 | 第65-68页 |
| §4.2 计算方法 | 第68页 |
| §4.3 量子化学模型 | 第68-69页 |
| §4.4 结果与讨论 | 第69-77页 |
| §4.4.1 去质子化反应 | 第69-73页 |
| §4.4.2 中间体的质子化 | 第73-77页 |
| §4.5 本章小结 | 第77-79页 |
| 第五章 新型谷胱甘肽硫转移酶(Gtt2)中谷胱甘肽（GSH）激活机理的理论研究 | 第79-93页 |
| §5.1 引言 | 第79-82页 |
| §5.2 理论和方法 | 第82-83页 |
| §5.3 量子化学模型 | 第83页 |
| §5.4 结果与讨论 | 第83-91页 |
| §5.5 本章小结 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-119页 |
| 第一章 参考文献 | 第93-101页 |
| 第二章 参考文献 | 第101-107页 |
| 第三章 参考文献 | 第107-111页 |
| 第四章 参考文献 | 第111-115页 |
| 第五章 参考文献 | 第115-119页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121页 |
