XAT软件系统设计与实现
| 第一章 绪论 | 第1-27页 |
| 1．1 课题的目的和意义 | 第8-17页 |
| 1．1．1 序列比对的意义 | 第8-9页 |
| 1．1．2 序列比对的数学模型 | 第9-10页 |
| 1．1．3 序列比对的算法 | 第10-13页 |
| 1．1．3．1 替代矩阵 | 第11-13页 |
| 1．1．3．2 空位罚分 | 第13页 |
| 1．1．4 序列比对的边界问题 | 第13-15页 |
| 1．1．5 课题的目的和意义 | 第15-17页 |
| 1．2 国内外研究现状 | 第17-26页 |
| 1．2．1 fasta软件算法 | 第17-19页 |
| 1．2．2 blast软件算法 | 第19-21页 |
| 1．2．2．1 MSP | 第19-20页 |
| 1．2．2．2 统计方法 | 第20页 |
| 1．2．2．3 序列压缩 | 第20页 |
| 1．2．2．4 重复序列 | 第20页 |
| 1．2．2．5 算法 | 第20-21页 |
| 1．2．3 sim4软件算法 | 第21-23页 |
| 1．2．4 blat软件算法 | 第23-24页 |
| 1．2．5 blastz软件算法 | 第24-26页 |
| 1．2．5．1 替代矩阵 | 第24-25页 |
| 1．2．5．2 种子模板 | 第25-26页 |
| 1．3 论文的主要内容 | 第26-27页 |
| 第二章 XAT软件算法 | 第27-53页 |
| 2．1 读入序列和参数，确定种子模板和替代矩阵 | 第28-29页 |
| 2．2 去除cDNA序列头尾的高A区域和高T区域 | 第29页 |
| 2．3 基因组序列窗口化 | 第29-31页 |
| 2．4 选择一组cDNA序列 | 第31页 |
| 2．5 对cDNA序列建立哈希表 | 第31-32页 |
| 2．6 搜索基因组 | 第32-33页 |
| 2．7 基因组序列延伸 | 第33-34页 |
| 2．8 获取 #MSP | 第34页 |
| 2．9 MSP转换成 EXON | 第34-35页 |
| 2．10 确定 EXON边界 | 第35-42页 |
| 2．10．1 EXON位于开始 | 第36页 |
| 2．10．2 EXON位于结尾 | 第36-37页 |
| 2．10．3 EXON位于中间 | 第37-42页 |
| 2．10．3．1 EXON之间存在间隔 | 第37-42页 |
| 2．10．3．2 EXON之间连续 | 第42页 |
| 2．10．3．3 EXON之间重叠 | 第42页 |
| 2．11 取得 EXON的联配信息 | 第42-47页 |
| 2．12 获取 EXON的统计值 | 第47-51页 |
| 2．13 序列坐标的调整 | 第51页 |
| 2．14 输出结果 | 第51-52页 |
| 小结 | 第52-53页 |
| 第三章 XAT软件实现 | 第53-62页 |
| 3．1 XAT软件的安装 | 第53页 |
| 3．2 XAT软件的输入 | 第53-54页 |
| 3．3 XAT软件的参数 | 第54-55页 |
| 3．4 XAT软件的配置文件 | 第55-58页 |
| 3．5 XAT软件的输出结果 | 第58-62页 |
| 第四章 XAT软件结果分析 | 第62-66页 |
| 4．1 评价方法 | 第62-63页 |
| 4．2 测试数据集的选择 | 第63页 |
| 4．3 跨物种的比对结果比较 | 第63-65页 |
| 4．4 基因组范围内的跨物种的比对结果比较 | 第65页 |
| 小结 | 第65-66页 |
| 第五章 总结 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |
