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鲟形目鱼类中微卫星Spl-106位点的复杂变异

致谢第1-5页
中文摘要第5-7页
英文摘要第7-21页
第一部分 文献综述第21-67页
 第一章 鲟形目鱼类的种类与分布第21-49页
  1 鲟形目鱼类的种类及主要形态特征第21-28页
   ·鲟形目鱼类的种类组成第21-25页
   ·现生鲟鱼类的主要形态特征第25-28页
     ·科属的鉴别特征第25页
     ·种的鉴别特征第25-28页
  2 鲟鱼类的系统发育关系及其争论性问题第28-40页
   ·鲟形目鱼类系统发育研究现状第28-37页
     ·形态学上的系统发育关系第28-29页
     ·骨骼学上的系统发育关系第29-30页
     ·细胞遗传学上的系统发育关系第30-31页
     ·分子水平上的系统发育关系第31-37页
   ·系统发育研究中的争议性问题第37-40页
     ·Huso 与Acipenser第37-38页
     ·A. medirostris 与A. mikadoi第38-39页
     ·A. sturio 与A. oxyrinchus第39页
     ·A. gueldenstaedtii 与A. persicus第39页
     ·关于鲟属的单源性问题第39-40页
     ·铲鲟与拟铲鲟第40页
  3 鲟鱼的起源与分布第40-46页
   ·鲟鱼的起源第40-42页
   ·现生鲟鱼的分布第42-46页
     ·亚欧大陆及沿海的鲟鱼分布第42-45页
     ·北美鲟鱼的分布第45-46页
  4 鲟鱼种类与分布之间的联系第46-49页
 第二章 微卫星DNA 的进化及应用第49-67页
  1 微卫星简介第49-51页
  2 微卫星进化第51-62页
   ·微卫星DNA 突变的分子机制第51-54页
   ·微卫星突变的偏向性第54-56页
   ·微卫星突变的理论模型第56-58页
   ·微卫星突变模型的检验第58-59页
   ·微卫星的产生与死亡第59-62页
  3 微卫星标记的局限性第62-63页
  4 鲟鱼类微卫星DNA 研究的现状及本研究的目的意义第63-67页
第二部分 Spl-106 位点特性的初步研究第67-123页
 第三章 鲟鱼中微卫星Spl-106 位点高度变异性的发现第67-87页
  1 前言第67-68页
  2 材料与方法第68-74页
   ·实验材料第68-70页
     ·鲟鱼分子材料的采集第68页
     ·引物来源第68-70页
   ·实验方法第70-74页
     ·中华鲟基因组DNA 的提取第70-71页
     ·PCR 扩增第71页
     ·电泳第71-72页
     ·PCR 产物片段回收与TA 克隆第72页
     ·重组质粒转化感受态细胞第72-74页
     ·PCR 鉴定连接转化效果和DNA 测序第74页
  3 实验结果第74-82页
   ·湖鲟和铲鲟微卫星引物在中华鲟上的扩增第74-77页
   ·影子带现象第77-78页
   ·各引物PCR 产物序列在鲟鱼间的差异比较第78页
   ·关于Spl-106 位点高度变异性的确认第78-82页
     ·引物As-100 与原引物Spl-106 扩增产物序列比较第78-80页
     ·Spl-106 位点在5 种鲟鱼中的序列比较第80-82页
  4 讨论第82-87页
   ·微卫星引物选用标准第82-84页
   ·Spl-106 位点在鲟鱼种间复杂变异的初步认定第84-87页
 第四章 Spl-106 位点多态性及异源同形现象第87-109页
  1 前言第87页
  2 材料与方法第87-94页
   ·实验材料第87-88页
     ·引物第87-88页
     ·鲟鱼材料第88页
   ·实验方法第88-92页
     ·基因组DNA 的提取第88页
     ·PCR 扩增第88-92页
     ·电泳第92页
     ·琼脂糖胶回收DNA 实验步骤第92页
     ·TA 克隆第92页
     ·重组质粒转化感受态细胞第92页
     ·蓝白显色与挑克隆第92页
     ·PCR 鉴定连接转化效果和DNA 测序第92页
   ·数据分析第92-94页
  3 结果第94-101页
   ·Spl-106 位点引物在各种鲟鱼中的交叉扩增第94页
   ·Spl-106 位点在各种鲟鱼种群中的多态性分析第94-96页
   ·等位基因的出现频率与长度分布第96-100页
     ·各鲟鱼种群内的等位基因频率分布第96-99页
     ·中华鲟家系内部的等位基因频率与分布第99-100页
   ·异源同形现象(Size homoplasy)第100-101页
  4 讨论第101-109页
   ·微卫星引物的种间交叉扩增及多态性分析第101-102页
   ·影响微卫星标记数据准确性的因素第102-104页
   ·中华鲟及其他鲟鱼的倍性分析第104-109页
 第五章 Spl-106 位点引物As-100 的多位点扩增现象第109-123页
  1 前言第109-110页
  2 材料与方法第110页
   ·材料第110页
   ·实验方法第110页
   ·序列数据分析第110页
  3 结果第110-119页
   ·引物As-100 在各种鲟鱼中的多位点扩增现象第110-114页
   ·20 个不同位点5’端侧翼序列的比较第114页
   ·欧洲鲟中多个位点的序列分析及与Spl-106 位点的比较第114-116页
   ·几个特殊位点的序列结构特点第116-119页
  4 讨论第119-123页
   ·多位点扩增现象对微卫星标记的影响第119-120页
   ·各位点序列比较分析第120-121页
   ·关于微卫星的产生和死亡第121-123页
第三部分 Spl-106 位点复杂变异的研究第123-159页
 第六章 Spl-106 位点等位基因序列在鲟鱼种内与种间的变异第123-145页
  1 前言第123页
  2 材料与方法第123-126页
   ·实验材料与方法第123-124页
     ·鲟鱼材料第123-124页
     ·实验步骤第124页
   ·数据分析第124-126页
     ·突变类型的统计方法第124-125页
     ·突变频率的计算第125-126页
  3 结果第126-141页
   ·中华鲟种群及家系Spl-106 位点的序列变异第126-128页
   ·其他鲟鱼Spl-106 位点的序列变异第128-137页
     ·达氏鲟第128页
     ·西伯利亚鲟第128-129页
     ·史氏鲟第129页
     ·俄罗斯鲟第129页
     ·达乌尔鳇第129-130页
     ·小体鲟第130页
     ·欧洲鳇第130页
     ·高首鲟第130-131页
     ·湖鲟第131页
     ·闪光鲟第131-137页
   ·Spl-106 位点等位基因序列在鲟鱼种间的比较第137-139页
     ·核心重复序列的比较第137-139页
     ·Spl-106 位点侧翼序列在各种鲟鱼间的变异第139页
   ·Spl-106 位点的突变类型分析及种间突变频率的比较第139-141页
  4 讨论第141-145页
   ·Spl-106 位点突变的复杂性及鲟鱼种间的亲缘度分析第141-143页
   ·Spl-106 位点突变类型及进化方向第143-145页
 第七章 Spl-106 位点的突变模式及鲟形目若干种类的演化关系第145-157页
  1 前言第145-146页
  2 材料与方法第146页
   ·实验材料和方法第146页
   ·数据分析第146页
  3 结果与讨论第146-157页
   ·Spl-106 位点的突变模式分析第146-150页
   ·鲟形目若干种类的系统发育关系分析第150-157页
     ·基于Spl-106 位点侧翼序列构建分子系统树第150-154页
     ·各鲟鱼种间的亲缘关系分析第154-155页
     ·微卫星侧翼序列用于物种系统进化关系研究的可行性第155-157页
 第八章 小结第157-159页
参考文献第159-181页
缩略语表第181-183页
附录第183-191页
发表文章第191页

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