| 中文摘要 | 第1-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 第一章 多序列对齐在生物学研究中的意义 | 第12-22页 |
| ·什么是多序列对齐 | 第12页 |
| ·多序列对齐是生物学研究必需的一种计算机工具 | 第12-14页 |
| ·多序列对齐在后基因组时代中的核心作用 | 第14-22页 |
| ·功能确认(Functional assignments) | 第16页 |
| ·ORF验证(ORF validation) | 第16-18页 |
| ·保守模式分化(Differential conservation patterns) | 第18-19页 |
| ·进化研究(Evolutionary studies) | 第19页 |
| ·结构域布局(Domain organization) | 第19页 |
| ·同源结构建模(Homology structure modeling) | 第19-20页 |
| ·信息繁殖(Information propagation) | 第20-22页 |
| 第二章 多序列对齐的一些基本概念 | 第22-38页 |
| ·两序列对齐(Pairwire(Sequence)Alignment) | 第22-24页 |
| ·多序列对齐(Multiple(Sequence)Alignment) | 第24-25页 |
| ·对齐积分(Alignment Scores) | 第25-30页 |
| ·替代点阵(Substitution matrix) | 第25-26页 |
| ·两序列对齐积分(Pairwise Alignment Score) | 第26-28页 |
| ·多序列对齐积分(Multiple Alignment Score) | 第28-30页 |
| ·对齐的优化(Alignment Optimalizing) | 第30-31页 |
| ·序列权重(Sequence Weithting) | 第31-32页 |
| ·动态规划(Dynamic programming) | 第32-34页 |
| ·两序列的最优对齐 | 第33-34页 |
| ·Needleman-Wunsch(N-W)算法和Smith-Waterma(S-W)算法 | 第34-38页 |
| ·N-W算法 | 第35-36页 |
| ·S-W算法 | 第36-38页 |
| 第三章 多序列对齐的研究进展 | 第38-49页 |
| ·渐进算法(progressive algorithms) | 第39-40页 |
| ·精确算法(Exact algorithms) | 第40-41页 |
| ·迭代算法(Iterative algorithms) | 第41-45页 |
| ·随机迭代算法(Stochastic iterative algorithm) | 第41-43页 |
| ·非随机迭代算法(Non-stochastic iterative algorithm) | 第43-45页 |
| ·基于一致性的算法(Consistency-based algorithm) | 第45-49页 |
| 第四章 LSS-DCA算法及其计算机实现 | 第49-60页 |
| ·DCA算法 | 第49-52页 |
| ·LSS-DCA总体算法 | 第52-56页 |
| ·LSS计算 | 第53-54页 |
| ·序列归类 | 第54-56页 |
| ·LSS-DCA的计算机实现 | 第56-60页 |
| 第五章 结果与讨论 | 第60-66页 |
| ·LSS-DCA的计算时间和内存占用 | 第60页 |
| ·LSS-DCA与其它对齐程序的结果比较 | 第60-64页 |
| ·结论 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-73页 |
| 附录 | 第73页 |
