| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论: 基因解码与RNA | 第13-27页 |
| 1.1 引言 | 第13-15页 |
| 1.2 RNA及RNA分类 | 第15-21页 |
| 1.2.1 信使RNA(message RNA,mRNA)及转录后加工 | 第15-17页 |
| 1.2.2 核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)及转录后加工 | 第17-19页 |
| 1.2.3 转运RNA(transfer RNA,tRNA)及转录后加工 | 第19-20页 |
| 1.2.4 非编码RNA(non-coding RNA)及生物学意义 | 第20-21页 |
| 1.3 核糖体(RIBOSOME)是蛋白质合成工厂 | 第21-26页 |
| 1.3.1 原核生物核糖体的组成 | 第21页 |
| 1.3.2 原核生物核糖体内部结构 | 第21-22页 |
| 1.3.3 核糖体内的肽链合成 | 第22-23页 |
| 1.3.4 原核生物rRNA修饰与成熟 | 第23-25页 |
| 1.3.5 23S rRNA修饰 | 第25-26页 |
| 1.4 甲基化修饰是重要的转录后修饰 | 第26-27页 |
| 第2章 RRNA甲基转移酶与SPRLMCD | 第27-45页 |
| 2.1 核酸甲基转移酶及分类 | 第27-30页 |
| 2.1.1 Rossmann-fold甲基转移酶家族 | 第28-29页 |
| 2.1.2 SPOUT甲基转移酶家族 | 第29-30页 |
| 2.2 大肠杆菌23S RRNA的甲基转移酶 | 第30-34页 |
| 2.2.1 RumA结构及功能简介 | 第30-32页 |
| 2.2.2 RlmB结构及功能简介 | 第32-34页 |
| 2.3 肺炎链球菌(STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE) 23S RRNA甲基化修饰及甲基转移酶 | 第34-35页 |
| 2.4 RLMCD研究背景 | 第35-36页 |
| 2.5 总结 | 第36-38页 |
| 参考文献 | 第38-45页 |
| 第3章 实验材料与实验方法 | 第45-63页 |
| 3.1 肺炎链球菌RLMCD蛋白边界的选择和克隆 | 第45-53页 |
| 3.1.1 蛋白边界确定 | 第45页 |
| 3.1.2 克隆载体的选择 | 第45页 |
| 3.1.3 双引物法扩增目的基因片段 | 第45-46页 |
| 3.1.4 PCR扩增程序 | 第46-47页 |
| 3.1.5 PCR产物回收 | 第47页 |
| 3.1.6 双引物法PCR产物处理 | 第47页 |
| 3.1.7 质粒载体准备 | 第47-48页 |
| 3.1.8 质粒载体双酶切 | 第48页 |
| 3.1.9 目的基因片段连接至载体 | 第48页 |
| 3.1.10 连接产物转化进BL21 DE3感受态细胞 | 第48-49页 |
| 3.1.11 单克隆菌落鉴定 | 第49页 |
| 3.1.12 单点突变蛋白构建 | 第49-50页 |
| 3.1.13 BL21 DE3感受态细胞制备 | 第50-51页 |
| 3.1.14 野生型及突变体蛋白表达 | 第51-52页 |
| 3.1.15 大肠杆菌细胞裂解,初步纯化 | 第52页 |
| 3.1.16 Ni-NTA亲和纯化 | 第52-53页 |
| 3.1.17 分子筛色谱 | 第53页 |
| 3.2 肺炎链球菌核糖体23S RRNA体外转录及纯化 | 第53-55页 |
| 3.2.1 转录引物设计 | 第53-54页 |
| 3.2.2 转录条件摸索 | 第54页 |
| 3.2.3 大规模转录及纯化 | 第54-55页 |
| 3.3 蛋白核酸相互作用实验 | 第55-56页 |
| 3.3.1 凝胶迁移泳动实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay,EMSA) | 第55页 |
| 3.3.2 等温滴定量热(Isothermal Titration Calorimetry,ITC) | 第55-56页 |
| 3.3.3 蛋白核酸配体复合物制备 | 第56页 |
| 3.4 体外甲基转移转移酶活测定 | 第56-58页 |
| 3.5 蛋白质单体和复合物晶体生长 | 第58-60页 |
| 3.5.1 晶体生长条件摸索 | 第58页 |
| 3.5.2 晶体生长条件优化 | 第58-59页 |
| 3.5.3 种晶优化方法 | 第59-60页 |
| 3.6 晶体数据收集与结构解析 | 第60-61页 |
| 3.6.1 晶体数据收集 | 第60页 |
| 3.6.2 晶体相位获得 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-63页 |
| 第4章 RLMCD结构与功能研究 | 第63-94页 |
| 4.1 肺炎链球菌RLMCD边界选择 | 第63-64页 |
| 4.2 SPRLMCD全长及截短边界蛋白质表达 | 第64-65页 |
| 4.3 SPRLMCD 1-454结构获得 | 第65-67页 |
| 4.4 SPRLMCDS结构描述 | 第67-68页 |
| 4.5 SPRLMCDs中央结构域 | 第68-70页 |
| 4.6 SPRLMCDS与23S RNA HELIX35相互作用的研究 | 第70-73页 |
| 4.7 SPRLMCDS与23S RNA HELIX35复合物结构 | 第73页 |
| 4.8 SPRLMCDS酶活结构域 | 第73-75页 |
| 4.9 SPRLMCDS甲基转移酶活保守残基分析 | 第75-76页 |
| 4.10 SPRLMCDS M~5U747甲基转移特异性讨论 | 第76-80页 |
| 4.11 SPRLMCD具有双底物酶活的讨论 | 第80-84页 |
| 4.12 SPRLMCD对于不同RNA底物的结合策略 | 第84-86页 |
| 4.13 小结 | 第86-87页 |
| 4.14 缺陷与展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-94页 |
| 第5章 人源去泛素化酶USP7与泛素连接酶RNF169复合物的结构与功能研究 | 第94-114页 |
| 5.1 背景介绍 | 第94-99页 |
| 5.1.1 DNA损伤与53BP1 | 第94-95页 |
| 5.1.2 组蛋白翻译后修饰响应DNA损伤 | 第95-96页 |
| 5.1.3 USP家族及USP7背景介绍 | 第96-97页 |
| 5.1.4 USP7病理研究现状 | 第97-98页 |
| 5.1.5 RNF家族背景介绍 | 第98-99页 |
| 5.1.6 RNF169研究现状 | 第99页 |
| 5.2 USP7与RNF169相互作用研究结果 | 第99-111页 |
| 5.2.1 USP7与RNF169在体内存在相互作用 | 第99-100页 |
| 5.2.2 USP7通过UBL1-3结构域与RNF169 C6区域相互作用 | 第100-101页 |
| 5.2.3 RNF169相互作用肽段确定 | 第101-102页 |
| 5.2.4 USP7与RNF169复合物获得 | 第102-103页 |
| 5.2.5 UBL1-3与RNF169 13-mer小肽复合物结构描述 | 第103-105页 |
| 5.2.6 蛋白质与小肽相互作用保守残基分析 | 第105-107页 |
| 5.2.7 RNF169通过一段核定位序列与USP7相互作用 | 第107-110页 |
| 5.2.8 USP7能够去泛素化RNF169并促进其定位到DSB位点 | 第110页 |
| 5.2.9 小结与展望 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-114页 |
| 附录 原核生物核糖体RNA修饰及研究现状 | 第114-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第119页 |
