| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第11-29页 |
| 1. 丹参主要活性成分 | 第11-14页 |
| 1.1 丹参水溶性成分 | 第11-14页 |
| 1.2 丹参脂溶性活性成分 | 第14页 |
| 2. 丹参主要活性成分的合成途径 | 第14-16页 |
| 2.1 水溶性物质合成途径 | 第14-15页 |
| 2.2 脂溶性丹参酮合成途径 | 第15-16页 |
| 3. 丹参基因组研究概况 | 第16-17页 |
| 4. 丹参表达谱分析研究进展 | 第17页 |
| 5. Solexa测序原理及实验流程 | 第17-18页 |
| 6. 数字基因表达谱 | 第18-21页 |
| 7. 基因工程技术在丹参次生代谢物生产中的应用研究 | 第21-22页 |
| 8. 萜类相关转录因子的研究 | 第22-23页 |
| 9. 拟南芥TPS共表达信息分析 | 第23-24页 |
| 10. 本研究相关的其他关键酶基因研究进展 | 第24-27页 |
| 10.1 FPPS基因简介 | 第24页 |
| 10.2 IPI基因及其功能概述 | 第24-25页 |
| 10.3 GGPP合酶基因 | 第25-27页 |
| 10.3.1 丹参中GGPPS研究进展 | 第26-27页 |
| 11. 本项目的研究意义 | 第27-29页 |
| 第二章 丹参转录组高通量测序及数字表达谱分析 | 第29-68页 |
| 1. 转录组测序材料和方法 | 第29-35页 |
| 1.1 材料 | 第29-30页 |
| 1.2 总RNA提取 | 第30页 |
| 1.3 残余DNA的去除 | 第30页 |
| 1.4 RNA测序 | 第30-31页 |
| 1.5 数据分析 | 第31-32页 |
| 1.6 部分新转录本的表达模式分析 | 第32-35页 |
| 1.6.1 各个样品总RNA提取(用于qPCR) | 第32-33页 |
| 1.6.2 cDNA第一链的合成 | 第33-34页 |
| 1.6.3 利用实时定量PCR分析新转录本在丹参中的表达 | 第34-35页 |
| 1.6.4 实验数据处理 | 第35页 |
| 2.DGE测序材料与方法 | 第35-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第35-36页 |
| 2.3 HPLC检测样品提取 | 第36页 |
| 2.4 标准品的配制 | 第36页 |
| 2.5 HPLC检测分析方法 | 第36-37页 |
| 2.6 差异基因qPCR验证 | 第37页 |
| 3.试验结果及讨论 | 第37-48页 |
| 3.1 测序产量统计 | 第37-38页 |
| 3.2 序列拼接 | 第38-39页 |
| 3.3 丹参unigene的注释及GO分类 | 第39-41页 |
| 3.4 丹参unigene中转录因子的识别 | 第41-42页 |
| 3.5 丹参unigene pathway分析 | 第42-44页 |
| 3.6 涉及萜类和酚酸类两大类物质合成的基因识别 | 第44-45页 |
| 3.7 测序及拼接质量的验证 | 第45-46页 |
| 3.8 与NCBIEST序列的拼接 | 第46-47页 |
| 3.9 部分丹参活性成分合成相关新转录本表达模式研究 | 第47-48页 |
| 3.10 转录组分析小结 | 第48页 |
| 4. 数字表达谱分析结果 | 第48-68页 |
| 4.1 MeJA处理及YE处理后丹参中次生代谢物含量变化 | 第48-49页 |
| 4.2 测序样品测序统计 | 第49-51页 |
| 4.3 基因的表达注释 | 第51页 |
| 4.4 差异基因筛选 | 第51页 |
| 4.5 GO功能分类分析 | 第51-57页 |
| 4.6 Pathway富集分析 | 第57-59页 |
| 4.7 差异表达基因中转录因子分析 | 第59-62页 |
| 4.8 丹参次生代谢相关的差异表达基因 | 第62-64页 |
| 4.9 丹参表达谱差异基因验证 | 第64-66页 |
| 4.10 基因数字表达谱小结及讨论 | 第66-68页 |
| 第三章 丹参酮合成相关功能基因的克隆 | 第68-93页 |
| 1. 材料和方法 | 第68-78页 |
| 1.1 植物材料 | 第68页 |
| 1.2 主要试剂 | 第68-69页 |
| 1.3 基因克隆 | 第69-75页 |
| 1.3.1 SmFPPS1基因的克隆 | 第69-70页 |
| 1.3.2 SmIPI1基因的克隆 | 第70页 |
| 1.3.1 SmGGPPS3基因的克隆 | 第70-75页 |
| 1.4 SmFPPS1和:SmGGPPS3编码蛋白GGPP合酶活性检测 | 第75-77页 |
| 1.4.1 载体的构建 | 第75-77页 |
| 1.5 序列分析 | 第77页 |
| 1.6 表达模式检测 | 第77-78页 |
| 2. 结果及讨论 | 第78-93页 |
| 2.1 SmFPPS1序列分析及表达特征 | 第78-82页 |
| 2.1.1 SmFPPS1基因的序列分析 | 第78页 |
| 2.1.2 SmFPPS1的GGPP合酶活性检测 | 第78-80页 |
| 2.1.3 SmFPPS1在丹参各器官中的表达 | 第80-81页 |
| 2.1.4 SmFPPS1在MeJA和XC诱导下的表达 | 第81页 |
| 2.1.5 讨论及小结 | 第81-82页 |
| 2.2 SmIPI1基因的克隆及序列分析 | 第82-86页 |
| 2.2.1 SmIPI1基因的克隆及序列分析 | 第82-84页 |
| 2.2.2 SmIPI1在丹参不同发育时期、不同器官中的表达 | 第84-85页 |
| 2.2.4 SmIPI1在MeJA和XC诱导下的表达 | 第85页 |
| 2.2.5 小结及讨论 | 第85-86页 |
| 2.3 SmGGPPS3基因的克隆及分析 | 第86-93页 |
| 2.3.1 SmGGPPS3基因的克隆及分析 | 第86-89页 |
| 2.3.2 GGPP合酶活性检测 | 第89页 |
| 2.3.3 SmGGPPS3在丹参不同发育时期、不同器官中的表达 | 第89-90页 |
| 2.2.4 SmGGPPS3在MeJA和XC诱导下的表达 | 第90页 |
| 2.3.5 丹参GGPPS与拟南芥GGPP合酶蛋白比较分析 | 第90-91页 |
| 2.3.6 小结及讨论 | 第91-93页 |
| 第四章 丹参过表达SmGGPPS1和AtMYB40研究 | 第93-120页 |
| 1. 材料及方法 | 第93-106页 |
| 1.1 植物材料 | 第93页 |
| 1.2 基因克隆及过表达载体的构建 | 第93-96页 |
| 1.2.1 SmGGPPS1基因的克隆及过表达载体的构建 | 第93-95页 |
| 1.2.2 AtMYB40基因的克隆 | 第95-96页 |
| 1.3 重组质粒转化丹参 | 第96-99页 |
| 1.3.1 重组质粒导入农杆菌五EHA105 | 第96-97页 |
| 1.3.2 农杆菌EHA105介导的的丹参转化 | 第97页 |
| 1.3.3 转基因株系的分子检测 | 第97-99页 |
| 1.4 转基因株系活性成分含量的变化 | 第99-100页 |
| 1.4.1 丹参转基因株系的移栽 | 第99-100页 |
| 1.4.3 丹参转基因株系有效成分检测 | 第100页 |
| 1.4.4 丹参转基因株系总丹参酮的含量检测 | 第100页 |
| 1.5 叶绿素、类胡萝卜素含量的测定 | 第100页 |
| 1.6 转基因株系叶中总黄酮、总酚酸含量的变化 | 第100-101页 |
| 1.6.1 样品提取 | 第100-101页 |
| 1.6.2 总黄酮含量测定 | 第101页 |
| 1.6.3 总酚酸含量测定 | 第101页 |
| 1.7 转基因株系相关基因的变化 | 第101-103页 |
| 1.8 AtMYB40与SmGGPPS1调控关系检测 | 第103-106页 |
| 1.8.1 检测载体的构建 | 第103-105页 |
| 1.8.2 检测载体转化烟草 | 第105页 |
| 1.8.3 GUS基因表达活性检测 | 第105-106页 |
| 2. 结果与讨论 | 第106-120页 |
| 2.1 丹参过表达SmGGPPS1基因 | 第106-112页 |
| 2.1.1 过表达SmGGPPS1基因载体构建及转化 | 第106页 |
| 2.1.2 SmGGPPS1基因的分子检测 | 第106-108页 |
| 2.1.3 过表达SmGGPPS1株系次生代谢物含量的变化 | 第108-109页 |
| 2.1.4 过表达株系中总酚酸及总黄酮含量的测定 | 第109页 |
| 2.1.5 过表达SmGGPPS1株系叶绿素含量的测定 | 第109-110页 |
| 2.1.6 过表达SmGGPPS1株系中其他萜类合酶基因的表达情况 | 第110页 |
| 2.1.7 过表达SmGGPPS1小结及讨论 | 第110-112页 |
| 2.2 丹参过表达AtMYB40 | 第112-120页 |
| 2.2.1 AtMYB40基因的获得 | 第112页 |
| 2.2.2 表达载体的构建及转化丹参 | 第112-113页 |
| 2.2.3 转基因株系的分子检测 | 第113-114页 |
| 2.2.4 过表达AtMYB40株系次生代谢物含量的变化 | 第114-115页 |
| 2.2.5 过表达株系中总酚酸及总黄酮含量的测定 | 第115页 |
| 2.2.6 过表达株系中叶绿素和类胡萝卜素的含量 | 第115-116页 |
| 2.2.7 过表达株系中SmGGPPS表达的变化 | 第116页 |
| 2.2.8 过表达株系中萜类合成相关的其它基因表达变化 | 第116-117页 |
| 2.2.9 过表达株系中类胡萝卜素合成相关的基因表达变化 | 第117-118页 |
| 2.2.10 小结及讨论 | 第118-120页 |
| 第五章 总结与展望 | 第120-123页 |
| 参考文献 | 第123-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 攻读博士学位期间科研成果 | 第132页 |
