| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 1 引言 | 第13-26页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第13-19页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第19-24页 |
| 1.2.1 下一代测序技术的应用 | 第19-20页 |
| 1.2.2 肝癌基因组研究进展 | 第20-24页 |
| 1.2.3 肿瘤基因组公共数据 | 第24页 |
| 1.3 本课题研究思路 | 第24-26页 |
| 2 ccHCC样本的选取及高通量测序 | 第26-41页 |
| 2.1 ccHCC样本收集 | 第26-28页 |
| 2.2 DNA提取 | 第28-29页 |
| 2.2.1 材料 | 第28页 |
| 2.2.2 ccHCC组织基因组DNA提取 | 第28-29页 |
| 2.3 全基因组和外显子组测序 | 第29-30页 |
| 2.3.1 全基因组测序 | 第29-30页 |
| 2.3.2 全外显子组测序 | 第30页 |
| 2.4 生物信息学初步分析 | 第30-33页 |
| 2.5 测序数据质量评估 | 第33-35页 |
| 2.6 ccHCC体细胞突变(SNV,Indel) | 第35-37页 |
| 2.7 ccHCC突变负荷分析 | 第37-39页 |
| 2.8 小结 | 第39-41页 |
| 3 ccHCC驱动基因及驱动信号通路的识别 | 第41-63页 |
| 3.1 ccHCC高频突变基因分析 | 第41-44页 |
| 3.2 ccHCC肿瘤驱动基因的筛选 | 第44-49页 |
| 3.2.1 基于MutsigCV算法的ccHCC肿瘤驱动基因的筛选 | 第45-46页 |
| 3.2.2 基于OncodriveCLUST算法的ccHCC肿瘤驱动基因的筛选 | 第46-48页 |
| 3.2.3 基于OncodriveFM算法的ccHCC肿瘤驱动基因的筛选 | 第48-49页 |
| 3.3 ccHCC驱动通路的识别 | 第49-61页 |
| 3.4 小结 | 第61-63页 |
| 4 ccHCC突变模式分析 | 第63-75页 |
| 4.1 ccHCC突变图谱分析 | 第64-66页 |
| 4.2 ccHCC突变模式分析 | 第66-74页 |
| 4.3 小结 | 第74-75页 |
| 5 HCC进展过程中关键基因和通路的系统分析 | 第75-91页 |
| 5.1 HCC发生不同阶段的比较 | 第75-76页 |
| 5.2 鉴定肝硬化、癌旁和HCC癌组织中的差异表达基因 | 第76-81页 |
| 5.3 HCC进展过程中关键通路分析 | 第81-85页 |
| 5.4 FOXO1和DCN基因在HCC中低表达而且与患者的临床特征密切相关 | 第85-88页 |
| 5.5 小结 | 第88-91页 |
| 6 肝癌抗体药物靶点分子CD147的系统生物学分析 | 第91-111页 |
| 6.1 CD147在癌症细胞系中的表达 | 第92-94页 |
| 6.2 CD147与参与癌细胞系中免疫应答相关通路和生物学过程的基因共表达 | 第94-100页 |
| 6.3 癌细胞系中CD147负向调控免疫应答 | 第100-106页 |
| 6.4 FOXC1、CD147与免疫相关基因的显著相关性 | 第106-107页 |
| 6.5 CD147的转录调控与FOXC1密切相关 | 第107-109页 |
| 6.6 小结 | 第109-111页 |
| 7 结论与展望 | 第111-113页 |
| 附录A | 第113-119页 |
| 附录B | 第119-124页 |
| 参考文献 | 第124-132页 |
| 作者简历及攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第132-134页 |
| 学位论文数据集 | 第134页 |
