一种限定性模体发现问题的算法研究与实现
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 背景 | 第12-13页 |
| 1.1.1 生物信息 | 第12页 |
| 1.1.2 生物信息学的主要研究内容 | 第12-13页 |
| 1.2 限定性模体发现算法的研究背景与意义 | 第13-14页 |
| 1.3 挑战及研究内容 | 第14-16页 |
| 1.4 组织结构 | 第16-18页 |
| 第2章 相关理论与技术 | 第18-34页 |
| 2.1 模体定义 | 第18页 |
| 2.2 模体表示方法 | 第18-21页 |
| 2.2.1 一致序列模型表示法 | 第18-19页 |
| 2.2.2 位置权重矩阵表示法 | 第19-20页 |
| 2.2.3 可视化模型表示法 | 第20-21页 |
| 2.3 植入(l,d)模体问题介绍 | 第21-22页 |
| 2.4 PMS问题难度分析 | 第22-24页 |
| 2.5 打分函数 | 第24-25页 |
| 2.6 模体发现问题现状 | 第25-29页 |
| 2.6.1 近似模体发现算法 | 第26-28页 |
| 2.6.2 精确模体发现算法 | 第28-29页 |
| 2.7 MPI编程简介 | 第29-32页 |
| 2.7.1 最基本的MPI | 第30页 |
| 2.7.2 点对点通信 | 第30-31页 |
| 2.7.3 组通信 | 第31-32页 |
| 2.8 本章小结 | 第32-34页 |
| 第3章 PMS8算法介绍 | 第34-40页 |
| 3.1 算法分析 | 第34-36页 |
| 3.2 增加计算效率的方法 | 第36-39页 |
| 3.2.1 构造l-mer相邻序列树 | 第36-37页 |
| 3.2.2 后缀树的剪枝 | 第37-38页 |
| 3.2.3 按大小排列矩阵的行 | 第38页 |
| 3.2.4 压缩l-mer | 第38页 |
| 3.2.5 并行计算 | 第38-39页 |
| 3.3 运行时间和内存使用 | 第39页 |
| 3.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章 倒排索引算法 | 第40-48页 |
| 4.1 倒排索引问题介绍 | 第40-41页 |
| 4.2 问题描述 | 第41-43页 |
| 4.2.1 模式介绍 | 第41-42页 |
| 4.2.2 限定性模体发现问题 | 第42-43页 |
| 4.3 倒排索引算法 | 第43-44页 |
| 4.4 打分函数 | 第44-47页 |
| 4.5 本章小结 | 第47-48页 |
| 第5章 L-PMS算法 | 第48-54页 |
| 5.1 问题描述 | 第48页 |
| 5.2 寻找特定模式模体 | 第48-49页 |
| 5.3 正反例序列集合问题 | 第49-50页 |
| 5.4 模体打分函数 | 第50-53页 |
| 5.5 本章小结 | 第53-54页 |
| 第6章 实验设计与分析 | 第54-64页 |
| 6.1 实验设计 | 第54-56页 |
| 6.1.1 实验环境 | 第54页 |
| 6.1.2 测试数据 | 第54-55页 |
| 6.1.3 实验结果判断方法 | 第55-56页 |
| 6.2 实验结果与分析 | 第56-62页 |
| 6.2.1 模拟数据测试结果 | 第57-60页 |
| 6.2.2 生物数据测试结果 | 第60-62页 |
| 6.3 本章小结 | 第62-64页 |
| 第7章 结论与展望 | 第64-66页 |
| 7.1 结论 | 第64-65页 |
| 7.2 展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
