| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 主要縮写含义对照表 | 第12-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-30页 |
| 1.1 线粒体基因组 | 第14-15页 |
| 1.2 转录组与转录组学 | 第15-16页 |
| 1.2.1 基因组学 | 第15页 |
| 1.2.2 转录组 | 第15-16页 |
| 1.2.3 转录组学 | 第16页 |
| 1.3 转录组学研究技术平台 | 第16-20页 |
| 1.3.1 表达序列标签技术(EST) | 第16-18页 |
| 1.3.2 基因芯片技术(Gene Chips)或DNA微阵列技术 | 第18-19页 |
| 1.3.3 基因表达序列分析技术(SAGE) | 第19-20页 |
| 1.3.4 大规模平行测序技术(MPSS) | 第20页 |
| 1.4 基于高通量测序技术的转录组学研究 | 第20-23页 |
| 1.4.1 高通量测序技术 | 第20-22页 |
| 1.4.2 基于高通量测序技术的转录组测序RNA-seq | 第22-23页 |
| 1.5 线粒体转录组作图研究 | 第23-25页 |
| 1.6 直翅目线粒体基因组和转录组研究进展 | 第25-28页 |
| 1.6.1 直翅目线粒体基因组研究进展 | 第25-26页 |
| 1.6.2 直翅目转录组研究进展 | 第26-28页 |
| 1.7 研究目的和意义 | 第28-30页 |
| 1.7.1 黄脸油葫芦简介 | 第28页 |
| 1.7.2 黄脸油葫芦研究现状 | 第28-29页 |
| 1.7.3 研究目的和意义 | 第29-30页 |
| 第2章 实验材料和方法 | 第30-44页 |
| 2.1 实验材料 | 第30-33页 |
| 2.1.1 实验标本 | 第30页 |
| 2.1.2 主要实验仪器 | 第30-31页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第31-32页 |
| 2.1.4 常用试剂的配制 | 第32-33页 |
| 2.2 实验方法 | 第33-44页 |
| 2.2.1 线粒体基因组的测序及注释 | 第33-35页 |
| 2.2.2 总RNA的提取、纯化 | 第35-37页 |
| 2.2.3 总RNA样品质量检测 | 第37-38页 |
| 2.2.4 转录组cDNA文库的构建方法 | 第38-40页 |
| 2.2.5 转录组的生物信息学分析流程 | 第40-44页 |
| 第3章 线粒体基因组的测序结果及分析 | 第44-58页 |
| 3.1 总DNA提取的电泳检测结果 | 第44页 |
| 3.2 线粒体基因组全序列的注释结果及分析 | 第44-54页 |
| 3.2.1 基因组结构与基因顺序 | 第44-47页 |
| 3.2.2 基因间隔区与重叠区 | 第47页 |
| 3.2.3 AT含量及偏斜率 | 第47-48页 |
| 3.2.4 蛋白质编码基因 | 第48-50页 |
| 3.2.5 tRNA基因 | 第50页 |
| 3.2.6 rRNA基因 | 第50-54页 |
| 3.2.7 控制区 | 第54页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第54-58页 |
| 3.3.1 线粒体基因组概况 | 第54页 |
| 3.3.2 AT含量 | 第54-55页 |
| 3.3.3 直翅目基因组排列顺序 | 第55页 |
| 3.3.4 控制区 | 第55-57页 |
| 3.3.5 黄脸油葫芦的线粒体基因组的比较 | 第57-58页 |
| 第4章 黄脸油葫芦转录组数据的全局分析 | 第58-82页 |
| 4.1 总RNA质量检测 | 第58-60页 |
| 4.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第58页 |
| 4.1.2 紫外分光光度计检测 | 第58-59页 |
| 4.1.3 Agilent 2100 Bioanalyzer检测 | 第59-60页 |
| 4.2 RNA-Seq测序产量统计 | 第60-61页 |
| 4.3 测序数据的组装结果 | 第61-65页 |
| 4.4 All-Unigene功能注释 | 第65-74页 |
| 4.4.1 All-Unigene的COG分类 | 第66-68页 |
| 4.4.2 All-Unigene的GO分类 | 第68-70页 |
| 4.4.3 All-Unigene的SSR分析 | 第70-72页 |
| 4.4.4 All-Unigene的SNP分析 | 第72-73页 |
| 4.4.5 All-Unigene的代谢通路分析 | 第73-74页 |
| 4.5 黄脸油葫芦雌雄成虫转录组基因的差异表达分析 | 第74-79页 |
| 4.5.1 差异表达基因的筛选 | 第74-76页 |
| 4.5.2 差异基因的GO功能分析 | 第76-78页 |
| 4.5.3 差异基因的代谢通路分析 | 第78-79页 |
| 4.6 小结 | 第79-82页 |
| 第5章 黄脸油葫芦线粒体转录组作图 | 第82-86页 |
| 结论 | 第86-90页 |
| 参考文献 | 第90-98页 |
| 致谢 | 第98-100页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第100页 |
