| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-25页 |
| 1.1 系统生物学 | 第7-8页 |
| 1.2 生物信息学 | 第8-9页 |
| 1.2.1 生物信息学简介 | 第8页 |
| 1.2.2 生物信息学在代谢网络构建中的应用 | 第8-9页 |
| 1.3 基因组尺度代谢网络模型 | 第9-23页 |
| 1.3.1 基因组尺度代谢网络模型的应用 | 第9-10页 |
| 1.3.2 基因组尺度代谢网络模型的发展现状 | 第10-16页 |
| 1.3.3 基因组尺度代谢网络模型的模拟计算原理 | 第16-17页 |
| 1.3.4 基因组尺度代谢网络模型的构建过程 | 第17-23页 |
| 1.4 德氏乳杆菌简介 | 第23-24页 |
| 1.5 本论文研究内容与研究意义 | 第24-25页 |
| 第二章 德氏乳杆菌基因组尺度代谢网络模型的构建 | 第25-35页 |
| 2.1 德氏乳杆菌基因组注释信息获取与比对 | 第25-26页 |
| 2.1.1 德氏乳杆菌基因组注释信息获取 | 第25-26页 |
| 2.1.2 注释信息比对 | 第26页 |
| 2.2 建立初步反应列表 | 第26-27页 |
| 2.3 反应列表的修正 | 第27-35页 |
| 第三章 德氏乳杆菌基因组尺度代谢网络模型计算 | 第35-58页 |
| 3.1 网络模型的初步计算与修正 | 第35-41页 |
| 3.1.1 网络模型转化 | 第35-39页 |
| 3.1.2 模型验证与修正 | 第39-41页 |
| 3.2 模拟与分析 | 第41-58页 |
| 3.2.1 生长速率的计算 | 第41-42页 |
| 3.2.2 ATP最大合成速率 | 第42页 |
| 3.2.3 鲁棒性分析（Robustness analysis） | 第42-51页 |
| 3.2.3.1 碳源吸收速率的影响 | 第42-45页 |
| 3.2.3.2 氧气吸收速率的影响 | 第45-49页 |
| 3.2.3.3 稀释率对网络性状的影响 | 第49-51页 |
| 3.2.4 表型相平面分析（Phenotypic phase plane analysis） | 第51-54页 |
| 3.2.5 基因敲除实验(Simulating gene knockouts) | 第54-58页 |
| 3.2.5.1 单基因敲除实验 | 第54-56页 |
| 3.2.5.2 双基因敲除实验 | 第56-58页 |
| 第四章 结论和展望 | 第58-60页 |
| 4.1 结论 | 第58页 |
| 4.2 展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 附录 利用VBA程序对基因组注释信息数据操作示例 | 第65-69页 |
| 附件 文章附件信息 | 第69-70页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
