| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第7-15页 |
| 1 绪论 | 第15-32页 |
| 1.1 蛋白质结构 | 第16-24页 |
| 1.1.1 蛋白质的结构模型 | 第17-19页 |
| 1.1.2 蛋白质结构的测定 | 第19-21页 |
| 1.1.3 蛋白质结构的预测 | 第21页 |
| 1.1.4 蛋白质结构数据库 | 第21-24页 |
| 1.2 蛋白质模型及其局限性 | 第24-28页 |
| 1.2.1 结构模型 | 第24-27页 |
| 1.2.1.1 原子模型 | 第24-25页 |
| 1.2.1.2 原子-键模型 | 第25-26页 |
| 1.2.1.3 骨架模型 | 第26-27页 |
| 1.2.2 表面模型 | 第27-28页 |
| 1.2.3 蛋白质几何模型的局限性 | 第28页 |
| 1.3 蛋白质活性位点预测 | 第28-30页 |
| 1.4 本文工作 | 第30-31页 |
| 1.5 本文的章节安排 | 第31-32页 |
| 2 蛋白质分子建模 | 第32-52页 |
| 2.1 引言 | 第32页 |
| 2.2 相关工作 | 第32-37页 |
| 2.2.1 量子化学 | 第32-34页 |
| 2.2.2 分子力学 | 第34-37页 |
| 2.2.2.1 分子力场 | 第34-36页 |
| 2.2.2.2 分子场 | 第36-37页 |
| 2.3 蛋白质分子场建模 | 第37-43页 |
| 2.3.1 静电势能场 | 第38-39页 |
| 2.3.2 范德华势能场 | 第39-41页 |
| 2.3.3 势能函数的改进 | 第41-42页 |
| 2.3.4 分子场计算参数 | 第42-43页 |
| 2.4 结果分析 | 第43-50页 |
| 2.4.1 HIV-1蛋白酶 | 第43-48页 |
| 2.4.2 Dps蛋白酶 | 第48-50页 |
| 2.5 本章总结 | 第50-52页 |
| 3 蛋白质分子场的触觉感知 | 第52-62页 |
| 3.1 引言 | 第52-53页 |
| 3.2 相关工作 | 第53-55页 |
| 3.2.1 分子场的可视化 | 第53-54页 |
| 3.2.2 触觉设备 | 第54-55页 |
| 3.3 分子场的触觉感知 | 第55-59页 |
| 3.3.1 触觉场景绘制 | 第55-57页 |
| 3.3.2 反馈力的计算 | 第57-59页 |
| 3.4 结果分析 | 第59-60页 |
| 3.5 本章总结 | 第60-62页 |
| 4 识别蛋白质的疏水区块 | 第62-80页 |
| 4.1 引言 | 第62-63页 |
| 4.2 相关工作 | 第63-66页 |
| 4.2.1 基于能量的疏水区块探测 | 第63-65页 |
| 4.2.2 基于结构的疏水区块检测 | 第65-66页 |
| 4.3 疏水区块的检测算法 | 第66-67页 |
| 4.4 实验结果与分析 | 第67-79页 |
| 4.4.1 人体免疫缺陷病毒HIV-1蛋白酶 | 第67-76页 |
| 4.4.2 胰岛素样生长因子结合蛋白IGFBP4蛋白 | 第76-79页 |
| 4.5 总结 | 第79-80页 |
| 5 基于Box样条的蛋白质分子场重构 | 第80-100页 |
| 5.1 引言 | 第80页 |
| 5.2 相关工作 | 第80-84页 |
| 5.3 背景知识介绍 | 第84-86页 |
| 5.3.1 Box样条的定义与性质 | 第84-86页 |
| 5.3.2 基于笛卡尔网格的7方向Box样条 | 第86页 |
| 5.4 蛋白质分子场的重构 | 第86-95页 |
| 5.4.1 Box样条的计算 | 第86-88页 |
| 5.4.2 基于Box样条的分子场表示 | 第88-91页 |
| 5.4.3 μ与逼近阶 | 第91-93页 |
| 5.4.4 F(X)的微分性质 | 第93-95页 |
| 5.5 结果分析 | 第95-99页 |
| 5.5.1 误差分析 | 第95-96页 |
| 5.5.2 HIV-1蛋白酶 | 第96-99页 |
| 5.6 小结 | 第99-100页 |
| 6 总结与展望 | 第100-103页 |
| 6.1 总结 | 第100-101页 |
| 6.2 展望 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-124页 |
| 攻博期间主要研究成果 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125页 |