| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 裂殖酵母Dis312的结构功能研究进展 | 第11-33页 |
| 1.1 RNA的降解过程简介 | 第11-15页 |
| 1.1.1 RNA的降解代谢 | 第11页 |
| 1.1.2 RNA降解过程中的酶 | 第11-12页 |
| 1.1.3 真核生物主要的RNA降解途径 | 第12-15页 |
| 1.2 exosome复合物的结构和功能介绍 | 第15-23页 |
| 1.2.1 exosome的组成以及功能 | 第15页 |
| 1.2.2 古细菌exosome的结构 | 第15-17页 |
| 1.2.3 真核生物Exo-9的结构和功能 | 第17-19页 |
| 1.2.4 酿酒酵母Rrp44复合物的结构 | 第19-21页 |
| 1.2.5 真核生物Exo-11复合物的研究 | 第21-23页 |
| 1.3 Dis3以及同源物在高等真核生物中的研究 | 第23-33页 |
| 1.3.1 人源Dis31的发现 | 第23-24页 |
| 1.3.2 人源Dis3三个亚型的同源性分析 | 第24-25页 |
| 1.3.3 DIS3L2基因的发现和突变的病理性状 | 第25页 |
| 1.3.4 Dis312的生化功能研究 | 第25-26页 |
| 1.3.5 Dis312对底物的选择性 | 第26页 |
| 1.3.6 Dis312在裂殖酵母中的发现 | 第26-29页 |
| 1.3.7 Dis312的结构生物学研究 | 第29-33页 |
| 第2章 实验过程和数据处理 | 第33-73页 |
| 2.1 基因克隆及质粒构建 | 第33-35页 |
| 2.1.1 裂殖酵母Dis312各片段的基因克隆和质粒构建 | 第33-34页 |
| 2.1.2 连接产物的转化 | 第34页 |
| 2.1.3 质粒抽提和鉴定 | 第34页 |
| 2.1.4 突变体质粒的构建 | 第34-35页 |
| 2.2 重组蛋白的表达 | 第35-38页 |
| 2.2.1 天然重组蛋白的表达 | 第35-36页 |
| 2.2.2 SeMet蛋白的表达 | 第36页 |
| 2.2.3 毕赤酵母重组蛋白的分泌表达 | 第36-38页 |
| 2.2.3.1 质粒的构建和线性化 | 第36-37页 |
| 2.2.3.2 GS115感受态的制备 | 第37页 |
| 2.2.3.3 电击转化法 | 第37页 |
| 2.2.3.4 阳性克隆的筛选 | 第37页 |
| 2.2.3.5 毕赤酵母诱导表达 | 第37-38页 |
| 2.3 重组蛋白的表达 | 第38-42页 |
| 2.3.1 Dis312全长以及截短各片段的纯化 | 第38-40页 |
| 2.3.2 Dis312及截短片段突变体的纯化 | 第40页 |
| 2.3.3 蛋白表达和纯化过程中的优化 | 第40-42页 |
| 2.4 荧光偏振实验(FPA) | 第42页 |
| 2.5 结晶 | 第42-46页 |
| 2.5.1 Dis312~((120-927))晶体生长 | 第42-44页 |
| 2.5.2 SeMet-Dis312~((120-927))晶体生长 | 第44页 |
| 2.5.3 Dis312~((120-927))-U_(14)复合物晶体生长 | 第44-46页 |
| 2.5.3.1 晶体生长条件初筛 | 第44-45页 |
| 2.5.3.2 复合物晶体生长过程中提高衍射分辨率的优化尝试 | 第45-46页 |
| 2.6 Dis312~((170-927)~(晶体))和SeMet-Dis312(170-927)晶体的X射线衍射和数据收集 | 第46-49页 |
| 2.6.1 Dis312~((170-927))晶体衍射数据收集 | 第46-47页 |
| 2.6.2 SeMet-Dis312~((170-927))晶体衍射数据收集 | 第47-49页 |
| 2.7 Dis312~((170-927))和SeMet-Dis312~((170-927))晶体衍射数据的处理 | 第49-50页 |
| 2.8 Dis312~((170-927))和SeMet-Dis312~((170-927))晶体相位解析及其初始模型构建 | 第50-51页 |
| 2.9 Dis312~((170-927))模型的进一步精修 | 第51-54页 |
| 2.9.1 模型的修正过程概述 | 第51-52页 |
| 2.9.2 模型的修正结果 | 第52-54页 |
| 2.10 关于模型质量完善与评估若干情况的概述 | 第54-67页 |
| 2.10.1 模型拉氏构象图以及电子密度的吻合情况 | 第54-56页 |
| 2.10.2 模型修正过程的部分参数指标的变化情况 | 第56-58页 |
| 2.10.2.1 修正过程中R因子的变化趋势 | 第56-57页 |
| 2.10.2.2 修正过程中温度因子的变化趋势 | 第57-58页 |
| 2.10.3 电子密度缺陷区域模型的修正和改善情况 | 第58-67页 |
| 2.10.3.1 小部分区域电子密度缺失的分析 | 第58-64页 |
| 2.10.3.2 缺失电子密度残基的占有率修正 | 第64-65页 |
| 2.10.3.3 部分侧链的原子占有率的修正 | 第65-67页 |
| 2.11 Dis312~((170-927))-U1_4复合物晶体衍射数据收集与处理以及结构测定 | 第67-73页 |
| 第3章 结果和讨论 | 第73-99页 |
| 3.1 晶体单位晶胞不对称单位内部分子的比较 | 第73-75页 |
| 3.2 Dis312~((170-927))的整体结构 | 第75页 |
| 3.3 裂殖酵母Dis312和同源蛋白序列保守性分析 | 第75-78页 |
| 3.4 裂殖酵母Dis312~((170-927))和小鼠Dis312结构域的比较 | 第78-85页 |
| 3.5 裂殖酵母和小鼠Dis312整体结构的比较 | 第85-86页 |
| 3.6 裂殖酵母Dis312和小鼠Dis312结构差异原因的分析 | 第86-91页 |
| 3.6.1 序列差异因素的分析 | 第87-89页 |
| 3.6.2 晶体堆积因素的分析 | 第89-90页 |
| 3.6.3 RNA的结合是引起两者结构差异的原因 | 第90-91页 |
| 3.7 裂殖酵母Dis312的RNA结合特性 | 第91-92页 |
| 3.8 裂殖酵母Dis312的RNA结合模式的推断 | 第92-96页 |
| 3.9 裂殖酵母Dis312的RNA结合过程的推测 | 第96-99页 |
| 小结 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-107页 |
| 附录 | 第107-111页 |
| 致谢 | 第111页 |
