| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 乳腺癌 | 第11-12页 |
| 1.2 乳腺癌微环境 | 第12-13页 |
| 1.3 基因芯片 | 第13页 |
| 1.4 复杂网络 | 第13-15页 |
| 1.4.1 蛋白—蛋白相互作用网络 | 第13-14页 |
| 1.4.2 转录调控网络 | 第14-15页 |
| 1.4.3 代谢网络 | 第15页 |
| 1.4.4 信号通路网络 | 第15页 |
| 1.5 生物网络分析 | 第15-17页 |
| 第二章 乳腺癌上皮和间质细胞中差异表达的线粒体相关基因 | 第17-37页 |
| 2.1 引言 | 第17-20页 |
| 2.2 实验方法与过程 | 第20-25页 |
| 2.2.1 数据的选择与处理 | 第20-22页 |
| 2.2.2 人类线粒体蛋白质组的选择与处理 | 第22页 |
| 2.2.3 筛选差异表达的编码线粒体相关蛋白的基因 | 第22-23页 |
| 2.2.4 差异表达基因的功能分析 | 第23-25页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第25-36页 |
| 2.3.1 上皮细胞中差异表达的线粒体相关基因的检验与分析 | 第25-30页 |
| 2.3.2 间质细胞中差异表达的线粒体相关基因的检验与分析 | 第30-34页 |
| 2.3.3 共同差异表达的线粒体相关基因 | 第34-36页 |
| 2.4 实验小结 | 第36-37页 |
| 第三章 功能模块找寻与分析 | 第37-48页 |
| 3.1 引言 | 第37-41页 |
| 3.2 实验方法和过程 | 第41-44页 |
| 3.2.1 构造蛋白-蛋白相互作用网络 | 第41页 |
| 3.2.2 蛋白-蛋白相互作用网络和芯片数据进行整合 | 第41页 |
| 3.2.3 找寻高置信的功能模块 | 第41-43页 |
| 3.2.4 功能模块的分析 | 第43-44页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第44-47页 |
| 3.3.1 构造上调基因为中心的蛋白—蛋白相互作用网络 | 第44页 |
| 3.3.2 整合芯片数据和蛋白-蛋白相互作用网络 | 第44页 |
| 3.3.3 高置信功能模块找寻与分析 | 第44-47页 |
| 3.4 实验小结 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-55页 |
| 附录1 Affymetrix基因芯片中线粒体相关基因名称 | 第55-57页 |
| 附录2 乳腺癌上皮细胞差异表达的线粒体相关基因 | 第57-60页 |
| 附录3 乳腺癌上皮细胞差异表达线粒体相关基因GO注释 | 第60-64页 |
| 附录4 乳腺癌间质细胞差异表达的线粒体相关基因 | 第64-66页 |
| 附录5 乳腺癌间质细胞差异表达线粒体相关基因GO注释 | 第66-69页 |
| 附录6 GO术语 | 第69-71页 |
| 附录7 FH-Centered网络结点的权值 | 第71-73页 |
| 附录8 FH-Centered网络蛋白—蛋白相互作用 | 第73-81页 |
| 附录9 FH-Centered网络中功能模块富集分析 | 第81-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第86页 |
