| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-12页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第12-13页 |
| 1.4 本文的章节安排 | 第13-14页 |
| 第2章 关键技术综述 | 第14-22页 |
| 2.1 基因技术 | 第14-15页 |
| 2.1.1 基因表达及调控原理 | 第14页 |
| 2.1.2 基因芯片技术 | 第14页 |
| 2.1.3 微阵列技术 | 第14-15页 |
| 2.2 相关数据库 | 第15-19页 |
| 2.2.1 基因芯片数据库简介 | 第15-17页 |
| 2.2.1.1 GEO数据库 | 第15-17页 |
| 2.2.1.2 ArrayExpress数据库 | 第17页 |
| 2.2.1.3 Stanford MicroArray Database数据库 | 第17页 |
| 2.2.1.4 Genevestigator数据库 | 第17页 |
| 2.2.2 其他相关数据库 | 第17-19页 |
| 2.2.2.1 Allen数据库 | 第17-18页 |
| 2.2.2.2 GENECARDS数据库 | 第18页 |
| 2.2.2.3 STRING数据库 | 第18页 |
| 2.2.2.4 DAVID数据库 | 第18-19页 |
| 2.2.2.5 KEGG数据库 | 第19页 |
| 2.3 课题中用到的软件 | 第19-21页 |
| 2.3.1 Cytoscape | 第19-20页 |
| 2.3.2 Omics Bean | 第20-21页 |
| 2.4 本章小结 | 第21-22页 |
| 第3章 基因表达数据统计分析 | 第22-29页 |
| 3.1 实验数据 | 第22-24页 |
| 3.1.1 数据来源 | 第22页 |
| 3.1.2 数据的处理流程 | 第22-24页 |
| 3.2 特异性基因和蛋白发现方法概述 | 第24-25页 |
| 3.2.1 特异性基因获得方法 | 第24-25页 |
| 3.2.2 特异性蛋白获得方法 | 第25页 |
| 3.3 特异性基因和蛋白网络构建方法概述 | 第25-27页 |
| 3.3.1 特异性基因网络的构建 | 第26页 |
| 3.3.2 PPI网络构建 | 第26-27页 |
| 3.4 网络可靠性分析 | 第27-28页 |
| 3.5 本章小结 | 第28-29页 |
| 第4章 网络聚类和密集子图挖掘算法 | 第29-46页 |
| 4.1 聚类和密集子图挖掘的目的 | 第29页 |
| 4.2 聚类方法 | 第29-31页 |
| 4.3 常用聚类及密集子图挖掘算法分析 | 第31-32页 |
| 4.3.1 MOCDE算法 | 第31页 |
| 4.3.2 FAG-EC算法 | 第31-32页 |
| 4.3.3 HC-PIN算法 | 第32页 |
| 4.3.4 OH-PIN算法 | 第32页 |
| 4.3.5 IPCA算法 | 第32页 |
| 4.3.6 EAGLE算法 | 第32页 |
| 4.4 实验聚类结果分析与评估 | 第32-36页 |
| 4.4.1 聚类结果可视化展示 | 第32-33页 |
| 4.4.2 聚类结果 | 第33-36页 |
| 4.5 整体分析网络的生物学意义 | 第36-42页 |
| 4.6 整体分析网络的拓扑结构 | 第42-45页 |
| 4.6.1 基因拓扑结构特点分析 | 第42-44页 |
| 4.6.2 蛋白拓扑结构特点分 | 第44-45页 |
| 4.7 本章小结 | 第45-46页 |
| 第5章 功能及保守模块挖掘 | 第46-61页 |
| 5.1 功能模块挖掘 | 第46页 |
| 5.2 保守模块挖掘 | 第46-47页 |
| 5.3 保守模块挖掘算法分析 | 第47-60页 |
| 5.3.1 拓扑结构保守性分析 | 第47-51页 |
| 5.3.2 功能保守性分析 | 第51-52页 |
| 5.3.3 基于结构和功能保守性打分算法分析 | 第52-55页 |
| 5.3.4 保守和变异模块的进化比对 | 第55-60页 |
| 5.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 第6章 总结与展望 | 第61-62页 |
| 6.1 论文总结 | 第61页 |
| 6.2 工作展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-75页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |