| 致谢 | 第5-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| 英文摘要 | 第8页 |
| 第一章 引言 | 第10-20页 |
| 1．1 研究生物大分子和配体小分子相互作用的意义 | 第10-11页 |
| 1．2 自由能计算方法 | 第11-20页 |
| 1．2．1 自由能计算问题 | 第11-14页 |
| 1．2．2 自由能计算方法的分类 | 第14-18页 |
| 1．2．3 绝对结合自由能计算 | 第18-20页 |
| 第二章 绝对结合自由能计算方法与应用 | 第20-34页 |
| 2．1 绝对结合自由能计算方法 | 第20-25页 |
| 2．1．1 约束方法 | 第20-23页 |
| 2．1．2 绝对结合自由能计算 | 第23-25页 |
| 2．2 胰蛋白酶与底物苯甲脒复合物的绝对结合自由能计算 | 第25-34页 |
| 2．2．1 胰蛋白酶与底物苯甲脒复合物的绝对结合自由能计算 | 第25-33页 |
| 2．2．2 小结 | 第33-34页 |
| 第三章 相对水化自由能计算与应用 | 第34-44页 |
| 3．1 ~（99m）Tc-N_2S_2类脑放射性药物的脑吸收值和生物功能 | 第34-35页 |
| 3．2 ~（99m）Tc-N_2S_2类脑放射性药物的溶剂效应和水化自由能的计算 | 第35-43页 |
| 3．3 小结 | 第43-44页 |
| 第四章 用分子对接方法预测复合物结构与结合自由能 | 第44-56页 |
| 4．1 分子对接方法与经验自由能函数介绍 | 第44-48页 |
| 4．1．1 分子对接方法 | 第44-45页 |
| 4．1．2 经验自由能函数 | 第45-48页 |
| 4．2 用分子对接方法研究HIV-1整合酶与金精三羧酸抑制剂的相互作用 | 第48-56页 |
| 4．2．1 研究HIV-1整合酶与底物小分子相互作用的意义 | 第48-49页 |
| 4．2．2 预测HIV-1整合酶与金精三羧酸抑制剂的相互作用 | 第49-55页 |
| 4．2．3 小结 | 第55-56页 |
| 结论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 发表论文目录 | 第63页 |
