| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 符号说明 | 第16-18页 |
| 1 文献综述 | 第18-40页 |
| 1.1 抗生素使用现状 | 第18-19页 |
| 1.2 微生物耐药性产生原因的研究 | 第19-20页 |
| 1.3 犊牛消化生理的研究 | 第20-21页 |
| 1.4 瘤胃发酵的研究进展 | 第21-23页 |
| 1.5 宏基因组技术的研究 | 第23-26页 |
| 1.5.1 分子鉴定技术的发展与优化 | 第24-25页 |
| 1.5.2 不同添加物对瘤胃微生物的影响 | 第25页 |
| 1.5.3 微生物菌制剂开发的研究 | 第25-26页 |
| 1.6 微生物与环境的关系 | 第26-31页 |
| 1.6.1 微生物适应环境机制的研究 | 第27-29页 |
| 1.6.2 微生物与疾病的关系 | 第29-31页 |
| 1.7 畜禽抗性基因的研究 | 第31-38页 |
| 1.7.1 畜禽体内的耐药菌及ARGs | 第31页 |
| 1.7.2 畜禽排泄物中的耐药菌及ARGs | 第31-32页 |
| 1.7.3 土壤中的耐药菌及ARGs | 第32-33页 |
| 1.7.4 ARGs的变化方式 | 第33-34页 |
| 1.7.5 ARGs影响机制 | 第34-38页 |
| 1.8 论文研究的目的与意义 | 第38页 |
| 1.9 研究思路 | 第38-40页 |
| 1.9.1 研究内容 | 第38-39页 |
| 1.9.2 研究技术路线 | 第39-40页 |
| 2 黑龙江省奶牛场有抗奶饲喂犊牛情况调查 | 第40-46页 |
| 2.1 调查方式和手段 | 第40页 |
| 2.1.1 问题设计 | 第40页 |
| 2.1.2 牛场选择与调查方式 | 第40页 |
| 2.1.3 数据处理 | 第40页 |
| 2.2 结果与分析 | 第40-43页 |
| 2.2.1 奶牛场基本情况 | 第40-41页 |
| 2.2.2 犊牛饲养情况调查 | 第41-42页 |
| 2.2.3 有抗奶及抗生素使用情况调查 | 第42-43页 |
| 2.3 讨论 | 第43-45页 |
| 2.3.1 奶牛场基本情况及犊牛饲养情况 | 第43-44页 |
| 2.3.2 有抗奶及抗生素使用情况 | 第44-45页 |
| 2.4 小结 | 第45-46页 |
| 3 β-内酰胺类抗生素有抗奶对犊牛生长发育影响的研究 | 第46-65页 |
| 3.1 材料与方法 | 第46-51页 |
| 3.1.1 试验时间与地点 | 第46页 |
| 3.1.2 试验设计 | 第46页 |
| 3.1.3 试验饲料 | 第46-47页 |
| 3.1.4 饲养管理 | 第47-48页 |
| 3.1.5 测定指标及方法 | 第48-50页 |
| 3.1.6 数据处理 | 第50-51页 |
| 3.2 结果与分析 | 第51-60页 |
| 3.2.1 犊牛体重测定结果与分析 | 第51-52页 |
| 3.2.2 犊牛体尺测定结果与分析 | 第52-53页 |
| 3.2.3 犊牛内脏重及pH值测定结果与分析 | 第53-60页 |
| 3.2.4 犊牛腹泻发病率 | 第60页 |
| 3.3 讨论 | 第60-64页 |
| 3.3.1 不同奶源类型对犊牛体重及体尺的影响 | 第60-62页 |
| 3.3.2 不同奶源类型对犊牛内脏重及pH值的影响 | 第62-63页 |
| 3.3.3 不同奶源类型对犊牛腹泻发病率的影响 | 第63-64页 |
| 3.4 小结 | 第64-65页 |
| 4 断奶犊牛瘤胃菌群多样性的研究 | 第65-74页 |
| 4.1 材料与方法 | 第65-68页 |
| 4.1.1 材料 | 第65-66页 |
| 4.1.2 方法 | 第66-68页 |
| 4.2 结果与分析 | 第68-73页 |
| 4.2.1 DNA提取及PCR扩增 | 第68页 |
| 4.2.2 断奶犊牛瘤胃细菌 16SrDNA基因克隆文库的分析 | 第68-69页 |
| 4.2.3 Rarefaction分析 | 第69-70页 |
| 4.2.4 断奶犊牛瘤胃 16S rDNA文库细菌多样性分析 | 第70-72页 |
| 4.2.5 进化树构建 | 第72-73页 |
| 4.3 讨论 | 第73页 |
| 4.4 小结 | 第73-74页 |
| 5 宏基因组学方法研究 β-内酰胺类抗生素有抗奶对犊牛瘤胃细菌菌群结构的影响 | 第74-91页 |
| 5.1 材料与方法 | 第74-76页 |
| 5.1.1 材料 | 第74-75页 |
| 5.1.2 方法 | 第75-76页 |
| 5.2 结果与分析 | 第76-88页 |
| 5.2.1 瘤胃液样品检测结果 | 第76页 |
| 5.2.2 数据过滤统计 | 第76-77页 |
| 5.2.3 过滤数据质量评估 | 第77-80页 |
| 5.2.4 序列拼接效果评估 | 第80-83页 |
| 5.2.5 物种丰度分析 | 第83-85页 |
| 5.2.6 不同组瘤胃细菌物种组成聚类分析 | 第85-87页 |
| 5.2.7 不同组瘤胃细菌物种组成PCA分析 | 第87-88页 |
| 5.3 讨论 | 第88-90页 |
| 5.4 小结 | 第90-91页 |
| 6 β-内酰胺类抗生素有抗奶对犊牛瘤胃菌群差异表达基因及代谢影响的研究 | 第91-103页 |
| 6.1 材料与方法 | 第91页 |
| 6.1.1 材料 | 第91页 |
| 6.1.2 方法 | 第91页 |
| 6.2 结果与分析 | 第91-101页 |
| 6.2.1 功能基因注释 | 第91-92页 |
| 6.2.2 代谢通路基因注释 | 第92-94页 |
| 6.2.3 碳水化合物活性酶注释 | 第94-95页 |
| 6.2.4 分级注释丰度差异分析 | 第95-96页 |
| 6.2.5 不同组间KEGG功能比较 | 第96-97页 |
| 6.2.6 差异基因的代谢通路分析 | 第97-100页 |
| 6.2.7 抗性基因种类和产生机制 | 第100-101页 |
| 6.3 讨论 | 第101-102页 |
| 6.4 小结 | 第102-103页 |
| 7 全文结论 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 附录 | 第125-128页 |
| 作者简历 | 第128页 |
