| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| Abbreviations | 第13-14页 |
| Chapter 1 GENERNAL INTRODUCTION | 第14-38页 |
| 1.1 TOMATO CROP | 第14页 |
| 1.2 TOMATO ORIGIN, CLASSIFICATION, DOMESTICATION AND DISTRIBUTION | 第14-15页 |
| 1.3. ARCHITECTURE | 第15-16页 |
| 1.4. INTERNODES | 第16-20页 |
| 1.5. ASPECTS OF TRAITS AFFECTED BY INTERNODE | 第20-21页 |
| 1.6. MARKER SYSTEMS | 第21-23页 |
| 1.7. QUANTITATIVE TRAIT LOCI | 第23-24页 |
| 1.8. THE REQUIREMENTS FOR QTL MAPPING | 第24页 |
| 1.9. MARKER AND QUANTITATIVE TRAIT DATA STRUCTURE | 第24页 |
| 1.10. QTL DETECTION AND MAPPING | 第24-25页 |
| 1.11. BULKED SEGREGANT ANALYSIS FOR QTL MAPPING | 第25-27页 |
| 1.12. FACTORS AFFECTING RESULTS FROM QTL MAPPING | 第27页 |
| 1.13. MAPPING POPULATIONS | 第27-32页 |
| 1.13.1. Criteria for Developing Mapping Population in Linkage-Based Analysis | 第27-28页 |
| 1.13.2. Populations for Linkage-Based QTL Mapping | 第28-30页 |
| 1.13.2.1. F_2 Population | 第28页 |
| 1.13.2.2 Backcross Population | 第28页 |
| 1.13.2.3 Doubled Haploids | 第28-29页 |
| 1.13.2.4 Recombinant Inbred Lines | 第29-30页 |
| 1.13.2.5. Near-Isogenic Lines | 第30页 |
| 1.13.3 Populations to Exploit Linkage Disequilibrium | 第30-32页 |
| 1.13.3.1 Association Mapping Population | 第30页 |
| 1.13.3.2 Multi-parent Advanced Generation Inter-cros | 第30-31页 |
| 1.13.3.4 Population to Exploit Both Linkage and Linkage Disequilibrium | 第31页 |
| 1.13.3.5 Mapping Populations for Cross-Pollinating Species | 第31-32页 |
| 1.14. TOMATO GENOMICS | 第32-33页 |
| 1.15. GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDIES (GWAS) | 第33-34页 |
| 1.16. LOW-COVERAGE RESEQUENCING | 第34-35页 |
| 1.17. OBJECTIVES OF THE STUDY | 第35-38页 |
| 1.17.1. General Objective | 第35-37页 |
| 1.17.2. Specific Objectives | 第37-38页 |
| CHAPTER 2 GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDIES OF INTERNODELENGTH IN S. PIMPINELLIFOLIUM | 第38-47页 |
| 2.1. INTRODUCTION | 第38-40页 |
| 2.2 MATERIALS AND METHODS | 第40-42页 |
| 2.2.1 Plant materials | 第40页 |
| 2.2.2 Experimental design and trait measurements | 第40-41页 |
| 2.2.3 Sequencing | 第41页 |
| 2.2.4 SNP detection | 第41页 |
| 2.2.5 Genome-wide association analysis | 第41-42页 |
| 2.3 RESULTS | 第42-45页 |
| 2.3.1 Phenotypic analysis and population characterization | 第42-44页 |
| 2.3.2 QTL identification by GWAS approach | 第44-45页 |
| 2.4 DISCUSSION | 第45-46页 |
| 2.5. CONCLUSIONS | 第46-47页 |
| CHAPTER 3 QTL IDENTIFICATION OF INTERNODE LENGTH IN A TOMATORIL POPULATION DERIVED FROM S. PIMPINELLIFOLIUM | 第47-58页 |
| 3.1. INTRODUCTION | 第47-49页 |
| 3.2 Materials and methods | 第49-51页 |
| 3.2.1 Plant materials | 第49-50页 |
| 3.2.2 Phenotypic Evaluation | 第50页 |
| 3.2.3 Genotyping | 第50-51页 |
| 3.2.3.1 Preparation of genomic DNA | 第50页 |
| 3.2.3.2 SNP genotyping | 第50页 |
| 3.2.3.3 Bin construction of the Recombinant | 第50-51页 |
| 3.2.4 Genome-wide association studies | 第51页 |
| 3.2.5 Statistical analysis | 第51页 |
| 3.3 RESULTS | 第51-55页 |
| 3.3.1 Variation of internode length in RIL population | 第51-53页 |
| 3.3.2 QTLs identification for internode length | 第53-54页 |
| 3.3.3 Candidates analysis of internode length | 第54-55页 |
| 3.4 DISCUSSION | 第55-56页 |
| 3.5 CONCLUSION | 第56-58页 |
| CHAPTER 4 FINE MAPPING OF MAJOR-EFFECT QTL CONTROLLING THEINTERNODE LENGTH IN (S. LYCOPERSICUM) TOMATO | 第58-72页 |
| 4.1. INTRODUCTION | 第58-60页 |
| 4.2 MATERIALS AND METHODS | 第60-62页 |
| 4.2.1 Plant materials | 第60页 |
| 4.2.2 DNA extraction and genomic analysis | 第60-61页 |
| 4.2.3 Molecular markers and PCR amplification | 第61页 |
| 4.2.4 Linkage mapping and QTL analysis | 第61-62页 |
| 4.2.5 Statistical analysis | 第62页 |
| 4.3. RESULTS | 第62-68页 |
| 4.3.1. Phenotypic data analysis | 第62-63页 |
| 4.3.2 Frequency distributions of internode length in the segregating generations | 第63-64页 |
| 4.3.3 Inheritance of internode length | 第64页 |
| 4.3.4 Genetic linkage analysis and QTL identification | 第64-66页 |
| 4.3.5 Refining the map position of the sil locus | 第66-67页 |
| 4.3.6 Prediction of candidate genes | 第67-68页 |
| 4.4. DISCUSSIONS | 第68-71页 |
| 4.4.1 Internode length Inheritance pattern in tomato | 第68-69页 |
| 4.4.2 A major QTL for internode length in tomato | 第69页 |
| 4.4.3 Candidate gene for Internode length | 第69-71页 |
| 4.5. CONCLUSIONS | 第71-72页 |
| CHAPTER 5 OVERALL CONCLUSION | 第72-73页 |
| REFERENCES | 第73-88页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第88-90页 |
| CURRCICULUM VITAE | 第90-93页 |
