| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 线粒体基因组结构特征 | 第13页 |
| 1.2 线粒体起源与进化 | 第13-14页 |
| 1.3 动物线粒体基因组研究进展 | 第14-16页 |
| 1.3.1 分离线粒体DNA构建文库的传统方法 | 第14页 |
| 1.3.2 基于PCR扩增的线粒体基因组测序体系 | 第14-15页 |
| 1.3.3 基于总DNA的引物步移法 | 第15页 |
| 1.3.4 滚环扩增技术(RCA) | 第15页 |
| 1.3.5 基于高通量DNA测序技术 | 第15-16页 |
| 1.3.6 线粒体间接测序技术 | 第16页 |
| 1.3.7 基于转录组测序获得线粒体基因组数据的方法 | 第16页 |
| 1.4 比较线粒体基因组学研究 | 第16-17页 |
| 1.5 谱系组学研究 | 第17-19页 |
| 1.5.1 谱系基因组学研究概况 | 第17页 |
| 1.5.2 谱系转录组学研究概况 | 第17-18页 |
| 1.5.3 线粒体谱系基因组学研究概况 | 第18-19页 |
| 1.6 直翅目昆虫分子系统学研究概况 | 第19-21页 |
| 1.7 适应性进化 | 第21-23页 |
| 1.8 直翅目昆虫分类系统 | 第23-25页 |
| 1.8.1 蝗亚目分类系统 | 第23-24页 |
| 1.8.2 螽亚目分类系统 | 第24-25页 |
| 1.9 论文的研究目的及意义 | 第25-27页 |
| 第2章 材料及方法 | 第27-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.1.1 标本获得、保存及鉴定 | 第27页 |
| 2.1.2 实验试剂与仪器 | 第27-28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-31页 |
| 2.2.1 总DNA的提取及检测 | 第28-29页 |
| 2.2.2 PCR扩增与一代测序 | 第29-31页 |
| 2.2.3 高通量测序方法 | 第31页 |
| 2.3 线粒体DNA序列分析 | 第31-33页 |
| 2.3.1 线粒体DNA一代测序及组装 | 第31页 |
| 2.3.2 高通量测序、组装及注释 | 第31-32页 |
| 2.3.3 线粒体DNA序列注释 | 第32页 |
| 2.3.4 线粒体DNA序列MEGA分析 | 第32-33页 |
| 2.3.5 tRNA二级结构预测 | 第33页 |
| 2.4 比较基因组学分析 | 第33页 |
| 2.5 系统发育分析 | 第33-35页 |
| 第3章 11种直翅目昆虫线粒体基因组 | 第35-85页 |
| 3.1 僧帽佛蝗线粒体基因组 | 第35-39页 |
| 3.1.1 僧帽佛蝗线粒体基因组结构 | 第35页 |
| 3.1.2 线粒体基因组各数据集核苷酸组成 | 第35-37页 |
| 3.1.3 蛋白编码基因 | 第37-38页 |
| 3.1.4 tRNA二级结构预测 | 第38页 |
| 3.1.5 rRNA | 第38页 |
| 3.1.6 A+T丰富区 | 第38-39页 |
| 3.2 小凸额蝗线粒体基因组基本特征 | 第39-43页 |
| 3.2.1 线粒体基因组结构 | 第39-41页 |
| 3.2.2 线粒体基因组各数据集核苷酸组成 | 第41页 |
| 3.2.3 蛋白编码基因 | 第41-43页 |
| 3.2.4 tRNA二级结构预测 | 第43页 |
| 3.2.5 rRNA | 第43页 |
| 3.2.6 A+T富集区 | 第43页 |
| 3.3 印度橄蝗线粒体基因组 | 第43-48页 |
| 3.3.1 线粒体基因组的结构 | 第43-45页 |
| 3.3.2 线粒体基因组不同数据集的核苷酸组成 | 第45-46页 |
| 3.3.3 蛋白编码基因 | 第46-47页 |
| 3.3.4 tRNA二级结构预测 | 第47-48页 |
| 3.3.5 rRNA | 第48页 |
| 3.3.6 A+T丰富区 | 第48页 |
| 3.4 秦岭蹦蝗线粒体基因组基本特征 | 第48-53页 |
| 3.4.1 线粒体基因组的结构 | 第48-50页 |
| 3.4.2 线粒体基因组不同区域核苷酸组成 | 第50-51页 |
| 3.4.3 蛋白编码基因 | 第51-52页 |
| 3.4.4 tRNA二级结构预测 | 第52页 |
| 3.4.5 rRNA | 第52页 |
| 3.4.6 A+T富集区 | 第52-53页 |
| 3.5 素色异爪蝗线粒体基因组基本特征 | 第53-57页 |
| 3.5.1 线粒体基因组的结构 | 第53-55页 |
| 3.5.2 线粒体基因组碱基组成 | 第55页 |
| 3.5.3 蛋白编码基因 | 第55-56页 |
| 3.5.4 tRNA二级结构预测 | 第56-57页 |
| 3.5.5 rRNA | 第57页 |
| 3.5.6 A+T丰富区 | 第57页 |
| 3.6 拟短翅拟埃蝗线粒体基因组基本特征 | 第57-62页 |
| 3.6.1 线粒体基因组的结构 | 第57-60页 |
| 3.6.2 线粒体基因组碱基组成 | 第60页 |
| 3.6.3 蛋白编码基因 | 第60-61页 |
| 3.6.4 tRNA二级结构预测 | 第61页 |
| 3.6.5 rRNA | 第61页 |
| 3.6.6 A+T丰富区 | 第61-62页 |
| 3.7 秦岭小蹦蝗线粒体基因组基本特征 | 第62-66页 |
| 3.7.1 线粒体基因组的结构 | 第62-64页 |
| 3.7.2 线粒体基因组碱基组成 | 第64-65页 |
| 3.7.3 蛋白编码基因 | 第65-66页 |
| 3.7.4 tRNA二级结构预测 | 第66页 |
| 3.7.5 rRNA | 第66页 |
| 3.7.6 A+T富集区 | 第66页 |
| 3.8 黑角露螽线粒体基因组基本特征 | 第66-71页 |
| 3.8.1 线粒体基因组的结构 | 第66-68页 |
| 3.8.2 线粒体基因组碱基组成 | 第68-69页 |
| 3.8.3 蛋白编码基因 | 第69-70页 |
| 3.8.4 tRNA二级结构预测 | 第70页 |
| 3.8.5 rRNA | 第70-71页 |
| 3.8.6 A+T丰富区 | 第71页 |
| 3.9 拟叶螽Orophyllus sp.线粒体基因组基本特征 | 第71-75页 |
| 3.9.1 线粒体基因组的结构 | 第71-73页 |
| 3.9.2 线粒体基因组核苷酸组成 | 第73-74页 |
| 3.9.3 蛋白编码基因 | 第74-75页 |
| 3.9.4 tRNA二级结构预测 | 第75页 |
| 3.9.5 rRNA | 第75页 |
| 3.9.6 A+T富集区 | 第75页 |
| 3.10 日本黄脊蝗线粒体基因组结构特征 | 第75-80页 |
| 3.10.1 线粒体基因组结构组成 | 第75-77页 |
| 3.10.2 线粒体基因组不同数据集核苷酸组成分析 | 第77-78页 |
| 3.10.3 蛋白编码基因的起始和终止密码子及氨基酸组成分析 | 第78-79页 |
| 3.10.4 tRNA二级结构预测 | 第79页 |
| 3.10.5 rRNA二级结构预测 | 第79页 |
| 3.10.6 A+T富集区 | 第79-80页 |
| 3.11 武陵山蹦蝗线粒体基因组基本特征 | 第80-85页 |
| 3.11.1 线粒体基因组的结构 | 第80-82页 |
| 3.11.2 线粒体基因组不同数据集碱基组成 | 第82页 |
| 3.11.3 蛋白编码基因 | 第82-84页 |
| 3.11.4 tRNA二级结构预测 | 第84页 |
| 3.11.5 rRNA | 第84页 |
| 3.11.6 A+T富集区 | 第84-85页 |
| 第4章 蹦蝗属与小蹦蝗属线粒体基因组比较及系统发生分析 | 第85-95页 |
| 4.1 前言 | 第85页 |
| 4.2 实验结果及分析 | 第85-95页 |
| 4.2.1 线粒体基因组结构 | 第85-87页 |
| 4.2.2 核苷酸组成 | 第87页 |
| 4.2.3 PCGs | 第87-89页 |
| 4.2.4 tRNAs | 第89页 |
| 4.2.5 rRNAs | 第89-91页 |
| 4.2.6 A+T富集区 | 第91-92页 |
| 4.2.7 系统发生分析 | 第92-95页 |
| 第5章 直翅目昆虫比较线粒体基因组分析 | 第95-103页 |
| 5.1 直翅目昆虫线粒体基因组大小 | 第95页 |
| 5.2 直翅目昆虫线粒体基因组碱基组成分析 | 第95-96页 |
| 5.3 直翅目昆虫13个蛋白编码基因长度变化 | 第96-97页 |
| 5.4 直翅目昆虫线粒体基因间隔区和重叠区 | 第97-99页 |
| 5.5 直翅目昆虫线粒体蛋白编码基因的密码子使用 | 第99-100页 |
| 5.6 直翅目昆虫线粒体基因的重排及特殊结构 | 第100-101页 |
| 5.7 直翅目昆虫线粒体基因组tRNA和rRNA结构 | 第101-102页 |
| 5.8 线粒体基因组控制区 | 第102-103页 |
| 第6章 直翅目昆虫系统发育研究 | 第103-125页 |
| 6.1 直翅目昆虫线粒体基因组序列来源 | 第103页 |
| 6.2 数据处理 | 第103-113页 |
| 6.3 系统发育树构建既分析 | 第113-125页 |
| 6.3.1 螽亚目系统发育分析 | 第113-114页 |
| 6.3.2 蝗亚目系统发育分析 | 第114-125页 |
| 第7章 直翅目昆虫线粒体蛋白编码基因进化分析 | 第125-131页 |
| 7.1 自然选择检验的数据准备 | 第125页 |
| 7.2 PAML软件的参数设置 | 第125页 |
| 7.3 直翅目昆虫线粒体蛋白编码基因进化速率结果 | 第125-129页 |
| 7.4 讨论 | 第129-131页 |
| 第8章 结论 | 第131-133页 |
| 参考文献 | 第133-145页 |
| 致谢 | 第145-147页 |
| 攻读博士学位期间科研成果 | 第147-148页 |
