| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-34页 |
| 1.1 奶牛乳腺上皮细胞的泌乳功能和外泌体的分泌 | 第15-16页 |
| 1.1.1 上皮细胞的泌乳功能 | 第15页 |
| 1.1.2 外泌体 | 第15-16页 |
| 1.1.3 牛奶中的外泌体 | 第16页 |
| 1.2 奶牛乳腺炎的主要病原菌 | 第16-19页 |
| 1.2.1 奶牛乳腺炎 | 第16-17页 |
| 1.2.2 乳腺炎的检测 | 第17-18页 |
| 1.2.3 引起乳腺炎的病原菌 | 第18-19页 |
| 1.3 葡萄球菌SCCmec分型及传播机制 | 第19-23页 |
| 1.3.1 葡萄球菌分类 | 第19-20页 |
| 1.3.2 葡萄球菌的危害 | 第20页 |
| 1.3.3 耐药葡萄球菌的出现和耐药机理 | 第20-21页 |
| 1.3.4 SCCmec的分型 | 第21-22页 |
| 1.3.5 重组和SCCmec的转移 | 第22-23页 |
| 1.4 非编码RNA的生物学特征 | 第23-30页 |
| 1.4.1 非编码RNA的介绍 | 第23页 |
| 1.4.2 MiRNA的简介以及功能 | 第23-27页 |
| 1.4.3 LncRNA的简介以及功能 | 第27-30页 |
| 1.5 奶牛mi RNA和lncRNA的研究进展 | 第30-33页 |
| 1.5.1 奶牛mi RNA的研究进展 | 第30-32页 |
| 1.5.2 奶牛lncRNA的研究进展 | 第32-33页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 正常牛奶和乳腺炎牛奶中外泌体miRNA测序及差异分析 | 第34-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第34-35页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第34页 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器 | 第34-35页 |
| 2.2 实验方法 | 第35-39页 |
| 2.2.1 奶样采集 | 第35页 |
| 2.2.2 正常牛奶和金黄色葡萄球菌感染的乳腺炎牛奶样本的筛选 | 第35页 |
| 2.2.3 牛奶中外泌体的提取与鉴定 | 第35页 |
| 2.2.4 小RNA文库的构建和测序 | 第35页 |
| 2.2.5 测序数据预处理 | 第35-36页 |
| 2.2.6 数据比对 | 第36页 |
| 2.2.7 新的mi RNA的预测 | 第36页 |
| 2.2.8 MiRNA差异表达分析 | 第36页 |
| 2.2.9 MiRNA靶基因GO和KEGG注释 | 第36页 |
| 2.2.10 差异表达的miRNAs的验证 | 第36-39页 |
| 2.3 结果 | 第39-47页 |
| 2.3.1 外泌体的鉴定结果 | 第39页 |
| 2.3.2 测序质量分析及长度分布 | 第39-40页 |
| 2.3.3 数据比对结果 | 第40-41页 |
| 2.3.4 小RNA的分类 | 第41-42页 |
| 2.3.5 新mi RNA的预测 | 第42页 |
| 2.3.6 MiRNA差异表达分析 | 第42-43页 |
| 2.3.7 已知差异mi RNA靶基因预测 | 第43页 |
| 2.3.8 已知差异mi RNA靶基因GO和KEGG注释 | 第43-46页 |
| 2.3.9 差异mi RNA的RT-PCR验证 | 第46-47页 |
| 2.4 讨论 | 第47-48页 |
| 2.5 小结 | 第48-49页 |
| 第三章 正常牛奶和乳腺炎牛奶中外泌体lncRNA测序及差异分析 | 第49-57页 |
| 3.1 实验材料 | 第49页 |
| 3.1.1 实验动物 | 第49页 |
| 3.1.2 主要试剂和仪器 | 第49页 |
| 3.2 实验方法 | 第49-52页 |
| 3.2.1 奶样采集 | 第49-50页 |
| 3.2.2 正常牛奶和金黄色葡萄球菌感染的乳腺炎牛奶样本的筛选 | 第50页 |
| 3.2.3 牛奶中外泌体的提取与鉴定 | 第50页 |
| 3.2.4 测序文库的构建和测序 | 第50页 |
| 3.2.5 测序数据预处理 | 第50页 |
| 3.2.6 测序数据的基因组比对和组装 | 第50页 |
| 3.2.7 LncRNA的预测 | 第50-51页 |
| 3.2.8 LncRNA差异表达分析 | 第51页 |
| 3.2.9 差异lncRNA cDNA的合成 | 第51-52页 |
| 3.2.10 实时荧光定量PCR检测lncRNA的表达水平 | 第52页 |
| 3.3 结果 | 第52-55页 |
| 3.3.1 测序质量分析 | 第52页 |
| 3.3.2 测序数据的基因组比对和组装 | 第52-53页 |
| 3.3.3 LncRNA的预测 | 第53-54页 |
| 3.3.4 LncRNA差异表达分析 | 第54页 |
| 3.3.5 差异lncRNA的RT-PCR验证 | 第54-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-56页 |
| 3.5 小结 | 第56-57页 |
| 第四章 乳腺炎相关bta-miR213p靶基因鉴定和功能研究 | 第57-71页 |
| 4.1 实验材料 | 第57-58页 |
| 4.1.1 菌株 | 第57页 |
| 4.1.2 主要试剂和仪器 | 第57-58页 |
| 4.1.3 培养基及主要试剂配置 | 第58页 |
| 4.2 实验方法 | 第58-63页 |
| 4.2.1 金黄色葡萄球菌感染乳腺上皮细胞模型的建立 | 第58页 |
| 4.2.2 感染后差异miRNA的鉴定 | 第58-59页 |
| 4.2.3 Bta-miR213p的生物信息学分析和靶基因预测 | 第59页 |
| 4.2.4 PsiCHECK2重组载体构建及鉴定 | 第59-62页 |
| 4.2.5 荧光素酶实验验证 | 第62页 |
| 4.2.6 SDS-PAGE聚丙烯凝胶电泳 | 第62-63页 |
| 4.3 结果 | 第63-68页 |
| 4.3.1 感染后差异miRNA的鉴定 | 第63页 |
| 4.3.2 Bta-miR213p的生物信息学分析靶基因预测 | 第63-64页 |
| 4.3.3 Bta-miR213p的靶基因分析 | 第64-66页 |
| 4.3.4 靶基因 3'UTR区域的PCR扩增 | 第66页 |
| 4.3.5 PsiCHECK2重组载体的构建及鉴定 | 第66-67页 |
| 4.3.6 双荧光素酶实验验证 | 第67-68页 |
| 4.3.7 Bta-miR213p对IL-25 蛋白水平的变化 | 第68页 |
| 4.4 讨论 | 第68-70页 |
| 4.5 小结 | 第70-71页 |
| 第五章 乳腺上皮细胞基因间lncRNA分析 | 第71-82页 |
| 5.1 实验材料 | 第71-72页 |
| 5.1.1 主要试剂和仪器 | 第71页 |
| 5.1.2 引物合成与序列 | 第71-72页 |
| 5.2 实验方法 | 第72-73页 |
| 5.2.1 实验数据的下载 | 第72页 |
| 5.2.2 测序数据预处理 | 第72页 |
| 5.2.3 测序数据的基因组比对和组装 | 第72页 |
| 5.2.4 基因间lncRNA的预测 | 第72页 |
| 5.2.5 基因间lncRNA在QTL上面的定位 | 第72-73页 |
| 5.2.6 基因间lncRNA的功能预测和注释 | 第73页 |
| 5.2.7 RT-PCR验证结果 | 第73页 |
| 5.3 结果 | 第73-79页 |
| 5.3.1 测序数据预处理 | 第73-74页 |
| 5.3.2 测序数据的基因组比对和组装 | 第74页 |
| 5.3.3 基因间lncRNA的预测 | 第74-75页 |
| 5.3.4 基因间lncRNA在QTL上面的定位 | 第75-76页 |
| 5.3.5 基因间lncRNA的功能预测和注释 | 第76-78页 |
| 5.3.6 RT-PCR验证结果 | 第78-79页 |
| 5.4 讨论 | 第79-81页 |
| 5.5 小结 | 第81-82页 |
| 第六章 奶牛乳腺炎葡萄球菌精氨酸分解代谢移动元件研究 | 第82-91页 |
| 6.1 实验材料 | 第82-84页 |
| 6.1.1 菌株 | 第82页 |
| 6.1.2 主要试剂和仪器 | 第82页 |
| 6.1.3 引物和序列 | 第82-84页 |
| 6.1.4 培养基及主要试剂配置 | 第84页 |
| 6.2 实验方法 | 第84-85页 |
| 6.2.1 奶样采集 | 第84页 |
| 6.2.2 葡萄球菌的分离 | 第84页 |
| 6.2.3 葡萄球菌的分子鉴定 | 第84页 |
| 6.2.4 基因组测序 | 第84-85页 |
| 6.2.5 细菌最低抑菌浓度（MIC）的测定 | 第85页 |
| 6.2.6 ACME的测定 | 第85页 |
| 6.2.7 SCCmec全序列拼接 | 第85页 |
| 6.3 结果 | 第85-89页 |
| 6.3.1 奶源葡萄球菌的分离结果 | 第85-86页 |
| 6.3.2 表皮葡萄球菌Y24的全基因组测序 | 第86-87页 |
| 6.3.3 表皮葡萄球菌Y24 SCCmec的组成和抗性特征 | 第87-88页 |
| 6.3.4 表皮葡萄球菌Y24的最低抑菌浓度结果 | 第88页 |
| 6.3.5 表皮葡萄球菌Y24的重金属抗性 | 第88-89页 |
| 6.3.6 表皮葡萄球菌Y24 ACME- SCCmec元件的比较基因组学研究 | 第89页 |
| 6.4 讨论 | 第89-90页 |
| 6.5 小结 | 第90-91页 |
| 第七章 论文总结 | 第91-93页 |
| 7.1 研究结论 | 第91页 |
| 7.2 创新点 | 第91-92页 |
| 7.3 进一步研究的思路 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-109页 |
| 附录 | 第109-137页 |
| 附录1 培养基和主要试剂的配置方法 | 第109-112页 |
| 附录2 细菌基因组的提取 | 第112页 |
| 附录3 总RNA的提取 | 第112-113页 |
| 附录4 被鉴定出的新的miRNA | 第113-122页 |
| 附录5 基因间lncRNA在牛奶和乳腺炎相关QTL的定位 | 第122-134页 |
| 附录6 质粒提取 | 第134页 |
| 附录7 DNA片段回收 | 第134-135页 |
| 附录8 大肠杆菌感受态DH5a的制备和转化 | 第135-136页 |
| 附录9 Western Blot检测蛋白表达水平 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137-138页 |
| 作者简介 | 第138页 |
