| 摘要 | 第10-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第16-21页 |
| 1.1 酶简介 | 第16-19页 |
| 1.1.1 酶的基本概念 | 第16页 |
| 1.1.2 酶的化学本质 | 第16-17页 |
| 1.1.3 酶的组成及分类 | 第17-18页 |
| 1.1.4 酶的催化特性 | 第18-19页 |
| 1.1.5 酶的催化作用机制 | 第19页 |
| 1.2 酶催化反应的应用及前景 | 第19-20页 |
| 1.3 本论文的研究目的及内容 | 第20页 |
| 参考文献 | 第20-21页 |
| 第二章 理论基础及计算方法 | 第21-25页 |
| 2.1 分子对接 | 第21-22页 |
| 2.2 分子动力学 | 第22页 |
| 2.3 量子力学/分子力学(QM/MM)组合方法 | 第22-23页 |
| 参考文献 | 第23-25页 |
| 第三章 乙基丙二酸脑病蛋白质1催化氧化谷胱甘肽过硫化物反应机理的研究 | 第25-51页 |
| 3.1 前言 | 第25-26页 |
| 3.2 计算方法 | 第26-30页 |
| 3.2.1 体系的建立,对接和MD模拟 | 第26-27页 |
| 3.2.2 QM/MM计算 | 第27-28页 |
| 3.2.3 QM区的选择 | 第28-29页 |
| 3.2.4 自旋态的选择 | 第29页 |
| 3.2.5 可能的反应路径 | 第29-30页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第30-44页 |
| 3.3.1 对接结果和MD模拟 | 第30-31页 |
| 3.3.2 酶-底物复合物的自旋态 | 第31-35页 |
| 3.3.3 反应路径的确定 | 第35-41页 |
| 3.3.4 Patha的自旋交叉和电子特性 | 第41-44页 |
| 3.4 结论 | 第44页 |
| 参考文献 | 第44-51页 |
| 第四章 血清对氧磷酶1催化二氢香豆素水解机理的理论研究 | 第51-64页 |
| 4.1 前言 | 第51-53页 |
| 4.2 计算细节 | 第53-55页 |
| 4.2.1 模型构建 | 第53页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第53-54页 |
| 4.2.3 QM/MM计算方法 | 第54-55页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第55-59页 |
| 4.3.1 酶-底物复合物的结构 | 第55页 |
| 4.3.2 反应路径 | 第55-57页 |
| 4.3.3 His115和Glu53的突变 | 第57-59页 |
| 4.4 绪论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 第五章 蛋氨酸r-裂解酶催化L-蛋氨酸r-消除反应机理的理论研究 | 第64-78页 |
| 5.1 前言 | 第64-66页 |
| 5.2 计算方法 | 第66-68页 |
| 5.2.1 体系预处理 | 第66-67页 |
| 5.2.2 分子动力学(MD)模拟 | 第67页 |
| 5.2.3 QM/MM计算 | 第67-68页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第68-74页 |
| 5.3.1 酶-底物复合物的结构 | 第68-69页 |
| 5.3.2 反应机理 | 第69-74页 |
| 5.4 结论 | 第74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 硕士期间发表论文 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 附录 | 第80-100页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第100页 |
