| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 埃博拉病毒和埃博拉病毒病 | 第12-13页 |
| 1.2 埃博拉病毒的结构和基因组 | 第13-16页 |
| 1.2.1 VP35蛋白 | 第14-15页 |
| 1.2.2 VP24蛋白 | 第15-16页 |
| 1.3 蛋白质结构和维持蛋白结构的作用力[49,50] | 第16-17页 |
| 1.4 分子动力学模拟概述[51] | 第17-18页 |
| 1.5 本文的研究内容 | 第18-20页 |
| 第二章 理论与方法 | 第20-30页 |
| 2.1 经典的力学模型 | 第20-21页 |
| 2.2 能量优化 | 第21-22页 |
| 2.3 分子力场 | 第22-24页 |
| 2.4 常见的分子力场 | 第24页 |
| 2.5 约束条件 | 第24-25页 |
| 2.6 溶剂模型 | 第25-26页 |
| 2.7 周期性边界条件与镜像 | 第26-27页 |
| 2.8 非键截断值 | 第27页 |
| 2.9 长程静电相互作用的处理 | 第27-28页 |
| 2.10 主成分分析法 | 第28页 |
| 2.11 自由能计算 | 第28-30页 |
| 第三章 埃博拉病毒核蛋白与VP35蛋白的结合机制 | 第30-49页 |
| 3.1 研究背景及意义 | 第30-31页 |
| 3.2 材料和方法 | 第31-33页 |
| 3.2.1 模拟体系的构建 | 第31-32页 |
| 3.2.2 构象分析 | 第32页 |
| 3.2.3 MM-GB/SA自由能计算方法 | 第32-33页 |
| 3.2.4 结合自由能分解 | 第33页 |
| 3.2.5 丙氨酸扫描分析 | 第33页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第33-47页 |
| 3.3.1 NPNTD和VP35蛋白的结合模式 | 第33-35页 |
| 3.3.2 均方根偏差分析 | 第35-36页 |
| 3.3.3 均方根波动分析 | 第36-37页 |
| 3.3.4 结合口袋处的构象变化 | 第37-38页 |
| 3.3.5 构象转变 | 第38-39页 |
| 3.3.6 蛋白相互作用所涉及的重要氨基酸 | 第39-47页 |
| 3.4 结论 | 第47-49页 |
| 第四章 埃博拉病毒核蛋白与VP35蛋白突变体的结合机制研究 | 第49-74页 |
| 4.1 研究背景及意义 | 第49-50页 |
| 4.2 材料和方法 | 第50-53页 |
| 4.2.1 模拟体系的构建 | 第50页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第50-51页 |
| 4.2.3 轨迹文件分析 | 第51-52页 |
| 4.2.4 MM-GB/SA方法计算结合能 | 第52页 |
| 4.2.5 结合自由能分解 | 第52-53页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第53-71页 |
| 4.3.1 突变体系的均方根偏差分析 | 第53页 |
| 4.3.2 突变体系的均方根波动分析 | 第53-54页 |
| 4.3.3 突变体系的结合口袋的构象变化 | 第54-56页 |
| 4.3.4 各突变体系的二级结构分析 | 第56页 |
| 4.3.5 各突变体系的构象分析 | 第56-60页 |
| 4.3.6 各突变体系的结合自由能情况 | 第60-62页 |
| 4.3.7 各突变体系结合自由能的分解 | 第62-70页 |
| 4.3.8 氢键网络分析 | 第70-71页 |
| 4.4 结论 | 第71-74页 |
| 第五章 埃博拉病毒VP24蛋白与宿主核转运蛋白Alpha5的结合机制研究 | 第74-107页 |
| 5.1 研究背景及意义 | 第74-76页 |
| 5.2 研究材料与方法 | 第76-79页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第79-105页 |
| 5.4 结论 | 第105-107页 |
| 第六章 总结与展望 | 第107-111页 |
| 6.1 埃博拉病毒核蛋白与VP35蛋白结合机制的研究 | 第107-108页 |
| 6.2 埃博拉病毒核蛋白与VP35蛋白突变体结合机制的研究 | 第108-109页 |
| 6.3 埃博拉病毒VP24蛋白与宿主核转运蛋白Alpha5的结合机制研究 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第123页 |
