| 缩略词表 | 第1-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 第一部分 宏基因组测序在肠道菌群研究中的应用 | 第15-33页 |
| 第一章 不同处理条件下小鼠肠道菌群构成状况的研究 | 第16-24页 |
| 1.引言 | 第16页 |
| 2.材料和方法 | 第16-20页 |
| ·材料 | 第16-18页 |
| ·材料来源 | 第16-17页 |
| ·测序仪器 | 第17页 |
| ·试剂 | 第17-18页 |
| ·方法 | 第18-20页 |
| ·细菌核酸的 16S rDNA V3 V4区的扩增 | 第18页 |
| ·构建DNA文库和上机测序 | 第18-20页 |
| 3.结果 | 第20-23页 |
| ·DNA文库的质量 | 第20-21页 |
| ·测序数据概述 | 第21页 |
| ·物种丰度分析 | 第21-22页 |
| ·肠道菌群构成分析 | 第22-23页 |
| 4.讨论 | 第23-24页 |
| 第二章 难提取细菌基因组DNA提取方法的比较与优化 | 第24-33页 |
| 1.引言 | 第24-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-28页 |
| ·材料 | 第25-26页 |
| ·实验菌株 | 第25页 |
| ·主要试剂（盒）和仪器 | 第25-26页 |
| ·方法 | 第26-28页 |
| ·培养基和培养条件 | 第26页 |
| ·四种DNA提取方法的比较 | 第26页 |
| ·细菌DNA浓度检测 | 第26页 |
| ·细菌DNA纯度检测 | 第26-27页 |
| ·统计学分析 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-30页 |
| ·四种方法提取DNA浓度和纯度的比较 | 第28页 |
| ·不同方法提取DNA完整性分析 | 第28-29页 |
| ·宏基因组测序结果分析 | 第29-30页 |
| ·DNA测序文库质量评估 | 第29-30页 |
| ·测序结果概述 | 第30页 |
| 4 讨论 | 第30-33页 |
| 第二部分 宏基因组学在样本检测中的应用 | 第33-43页 |
| 1 引言 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-36页 |
| ·样品来源 | 第34页 |
| ·核酸提取 | 第34页 |
| ·反转录和多重置换扩增（MDA） | 第34-35页 |
| ·文库构建和高通量测序 | 第35-36页 |
| ·进化分析 | 第36页 |
| 3 结果 | 第36-41页 |
| ·测序数据质量 | 第36页 |
| ·多株Torque teno virus的发现 | 第36-39页 |
| ·高通量测序在病人样本中发现多种类型的噬菌体 | 第39-40页 |
| ·咽拭子样本中发现的其他病毒 | 第40-41页 |
| 4 讨论 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-53页 |
| 综述 肠道菌群与肥胖及相关代谢性疾病的关系 | 第53-61页 |
| 肠道菌群 | 第53-54页 |
| 肥胖与肠道菌群 | 第54-55页 |
| 肠道菌群的代谢功能 | 第55-56页 |
| 肥胖，慢性炎症和肠道菌群 | 第56页 |
| 结论与展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-61页 |
| 个人简历 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |