牦牛基因组序列及其适应性进化
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 第一章 研究背景 | 第12-32页 |
| 1. 基因组学概述 | 第12-27页 |
| ·基因组学的研究基础 | 第12-13页 |
| ·基因组学的研究技术及进展 | 第13-20页 |
| ·基因组信息的解读 | 第20-27页 |
| 2. 牦牛 | 第27-30页 |
| ·牦牛的分类、起源与驯化 | 第27-28页 |
| ·牦牛对高原极端环境的适应性 | 第28-30页 |
| 3. 研究意义与科学问题 | 第30-32页 |
| ·牦牛基因组解析 | 第30-31页 |
| ·牦牛的适应性进化 | 第31-32页 |
| 第二章 材料与方法 | 第32-38页 |
| ·基因组测序及组装 | 第32-34页 |
| ·DNA文库的构建及测序 | 第32页 |
| ·RNA文库的构建及测序 | 第32页 |
| ·测序数据的基本分析和质量控制 | 第32-33页 |
| ·组装 | 第33-34页 |
| ·基因组杂合度分析 | 第34页 |
| ·注释 | 第34-36页 |
| ·重复序列注释 | 第34页 |
| ·非编码RNA注释 | 第34页 |
| ·基因注释 | 第34-35页 |
| ·基因功能注释 | 第35-36页 |
| ·进化分析 | 第36-38页 |
| ·全基因组比对 | 第36页 |
| ·基因家族分析 | 第36页 |
| ·分化时间评估 | 第36页 |
| ·同源基因集 | 第36-37页 |
| ·适应性进化分析 | 第37-38页 |
| 第三章 研究结果 | 第38-62页 |
| ·基因组测序与组装 | 第38-44页 |
| ·测序数据 | 第38页 |
| ·基因组组装 | 第38-39页 |
| ·基因组组装结果评估 | 第39-41页 |
| ·基因组大小 | 第41-42页 |
| ·GC含量 | 第42-43页 |
| ·基因组杂合度 | 第43-44页 |
| ·基因组注释 | 第44-48页 |
| ·重复序列注释 | 第44-45页 |
| ·非编码RNA注释 | 第45-46页 |
| ·基因注释 | 第46-48页 |
| ·比较基因组分析 | 第48-52页 |
| ·基因家族分析 | 第48-50页 |
| ·系统发育分析 | 第50-51页 |
| ·保守序列分析 | 第51页 |
| ·染色体重组分析 | 第51-52页 |
| ·适应性进化分析 | 第52-62页 |
| ·基因组核酸分化率 | 第52-53页 |
| ·同源基因集 | 第53页 |
| ·进化压力评估 | 第53-56页 |
| ·牛科快速进化基因 | 第56页 |
| ·牦牛谱系快速进化基因 | 第56-59页 |
| ·低氧应答和氧化磷酸化相关基因的适应性进化 | 第59-62页 |
| 第四章 讨论 | 第62-76页 |
| ·牦牛基因组 | 第62-67页 |
| ·基因组大小 | 第62-64页 |
| ·基因注释 | 第64页 |
| ·同源与谱系特异基因 | 第64-66页 |
| ·基因组变异 | 第66-67页 |
| ·牦牛的适应性进化 | 第67-75页 |
| ·适应性进化的分析方法 | 第67-69页 |
| ·牦牛和黄牛的遗传分化 | 第69-72页 |
| ·牦牛谱系分支的进化压力 | 第72-73页 |
| ·低氧应答相关基因的适应性进化 | 第73-74页 |
| ·线粒体氧化磷酸化相关基因的适应性进化 | 第74-75页 |
| 展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-87页 |
| 在学期间的研究成果 | 第87-88页 |
| 致谢 | 第88页 |
