| 图目录 | 第1-9页 |
| 表目录 | 第9-10页 |
| 摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-38页 |
| ·研究课题的背景和意义 | 第13-14页 |
| ·多样的非编码小RNA | 第14-30页 |
| ·miRNA | 第18-25页 |
| ·siRNA | 第25-28页 |
| ·piRNA | 第28-30页 |
| ·非编码小RNA有关的计算问题 | 第30-36页 |
| ·识别miRNA | 第30-32页 |
| ·预测miRNA靶基因 | 第32-35页 |
| ·寻找TAS基因 | 第35-36页 |
| ·本文的组织与结构 | 第36-38页 |
| 第二章 计算方法识别复细胞生物MIRNA | 第38-52页 |
| ·背景 | 第38-39页 |
| ·数据集和方法 | 第39-45页 |
| ·数据集 | 第39-41页 |
| ·特征提取及特征选取 | 第41-43页 |
| ·miRenSVM方法 | 第43-44页 |
| ·性能评价 | 第44-45页 |
| ·实验结果 | 第45-50页 |
| ·特征选取的结果 | 第45-47页 |
| ·SVM整合分类器的结果 | 第47-48页 |
| ·与现有方法比较的结果 | 第48-50页 |
| ·讨论 | 第50页 |
| ·小结 | 第50-52页 |
| 第三章 MIRNA家族归属的分类方法研究 | 第52-69页 |
| ·背景 | 第52-54页 |
| ·数据集和方法 | 第54-58页 |
| ·数据集 | 第54-56页 |
| ·特征向量 | 第56-57页 |
| ·多分类SVM(multiclass SVM) | 第57页 |
| ·多序列比对的实现和可视化 | 第57页 |
| ·性能评价指标 | 第57-58页 |
| ·实验结果 | 第58-66页 |
| ·单家族测试 | 第59-62页 |
| ·模拟数据测试 | 第59-60页 |
| ·真实数据测试 | 第60-62页 |
| ·多家族测试 | 第62-65页 |
| ·不同n-gram特征组合的影响 | 第63-64页 |
| ·训练集大小的影响 | 第64页 |
| ·miRNA成熟体的测试结果 | 第64-65页 |
| ·面向应用的大数据集测试 | 第65-66页 |
| ·讨论 | 第66-67页 |
| ·小结 | 第67-69页 |
| 第四章 集成方法预测拟南芥MIRNA靶基因 | 第69-83页 |
| ·背景 | 第69-71页 |
| ·数据集和方法 | 第71-76页 |
| ·数据集 | 第72页 |
| ·在线预测 | 第72-74页 |
| ·本地过滤 | 第74-75页 |
| ·输入输出 | 第75页 |
| ·代码实现 | 第75-76页 |
| ·实验结果 | 第76-81页 |
| ·在线预测方法的表现 | 第76-78页 |
| ·本地过滤器的表现 | 第78-80页 |
| ·全转录组的表现 | 第80-81页 |
| ·讨论 | 第81-82页 |
| ·小结 | 第82-83页 |
| 第五章 基于次代测序技术的拟南芥TA-SIRNA研究 | 第83-101页 |
| ·引言 | 第83-84页 |
| ·数据集和方法 | 第84-89页 |
| ·分选细胞并制备Illumina测序库 | 第84-85页 |
| ·预处理测序数据，确定miRNA的表达谱 | 第85-86页 |
| ·选择候选簇 | 第86页 |
| ·注释选中的簇 | 第86-87页 |
| ·构建miRNA库并预测其靶基因 | 第87页 |
| ·Ta-siRoot方法 | 第87-89页 |
| ·实验结果 | 第89-99页 |
| ·拟南芥根部包含大量的小RNA | 第89-90页 |
| ·ta-siRoot,一种新的寻找TAS基因的方法 | 第90-92页 |
| ·ta-siRoot优于现有方法 | 第92-94页 |
| ·miRNA与siRNA存在重叠 | 第94-95页 |
| ·次级双引物模型(Secondary two-hit trigger model) | 第95-99页 |
| ·小结 | 第99-101页 |
| 第六章 总结和展望 | 第101-105页 |
| ·总结 | 第101-102页 |
| ·展望 | 第102-105页 |
| 参考文献 | 第105-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 攻读博士学位期间发表（录用）论文情况 | 第125-126页 |
| 攻读博士学位期间参加科研学术活动情况 | 第126-127页 |
